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[求助]
將糖鏈的PDB生成PSF文件 已有1人參與
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| 我是剛開(kāi)始接觸用NAMD動(dòng)力學(xué)分析這塊，現(xiàn)在需要把一個(gè)糖鏈生成psf文件，可是生成后放到VMD里看有問(wèn)題，各個(gè)殘基斷開(kāi)了，就是不是一條鏈了，不是只加氫嗎，為什么也多加了氧把鏈拆開(kāi)了？就是糖生成psf需要注意什么呢？謝謝高手解答我的疑問(wèn) |
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916756502
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10樓2014-10-29 15:28:22
gn02530640
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2樓2014-10-25 10:05:59
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?????????????л????????top????????л??????г??? BMA---BMAN MAN---AMAN NAG?????????BGLCNA?????top??????кü?????????塣??????????NAG??????6?????????????????????????5???????????????????????????????????????????? ???????????????????????psf??????????pdb??? |
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- 附件 2 : tang.pdb
2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3樓2014-10-27 08:56:30
gn02530640
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【答案】應(yīng)助回帖
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YAYA_Z: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝幫助 2014-10-27 14:41:10
YAYA_Z: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝幫助 2014-10-27 14:41:10
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完成了，請(qǐng)樓主先看一下我做出來(lái)的文件是否可行。 壓縮文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我將原本的 tang.pdb 還有 top_all36_carb.rtf 部分內(nèi)容修改過(guò)后的檔案，而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 則是用 psfgen 所生成的檔案。 關(guān)于殘基斷開(kāi)的問(wèn)題： 在利用 psfgen 生成 psf 文件時(shí)，必須注意到，pdb 的 atom name 和 residue name 必須和 top 文件里的定義完全相同。 舉例來(lái)說(shuō)，必須將 pdb 文件中的 BMA 殘基名稱改成 top 文件所定義的 BMAN， 此外，pdb 文件中 NAG 殘基的 C7 C8 N2 O7 這幾個(gè)原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分別是 C CT N O， 因此也有必要將 atom name 作修改。 另外，由于 pdb 的 residue name 最長(zhǎng)似乎只能用4個(gè)字母代表，因此我將top文件 BGLCNA 殘基的名稱改成 BGL，基本上只要注意別跟其他殘基名稱重復(fù)就行了。 大致上就這樣  |
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2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4樓2014-10-27 14:13:57
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