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月只藍(lán)主管區(qū)長(zhǎng) (職業(yè)作家)
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[求助]
MS Discover計(jì)算純表面的問(wèn)題 已有1人參與
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一直用MS Discover模塊，沒(méi)有注意過(guò)這個(gè)問(wèn)題，直到今天有個(gè)同學(xué)問(wèn)起。 問(wèn)題是這樣的，MS Discover自帶的教程，該教程目錄如下 Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface 跟著這個(gè)教程，一步步地做，一直做到附圖1中的紅框部分，此時(shí)教程的意思是，優(yōu)化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶體導(dǎo)入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地對(duì)該晶面進(jìn)行優(yōu)化(沒(méi)有做諸如添加真空層之類(lèi)的操作)。 優(yōu)化完后，得到如附圖2的結(jié)果，從附圖2中的紅框可以看到，優(yōu)化前后，該晶面確實(shí)被優(yōu)化了，因?yàn)榭偰芰繌某跏嫉?456左右，下降到了-8532左右。 問(wèn)題是這樣出現(xiàn)的，既然上面說(shuō)到該晶面被優(yōu)化了，而且優(yōu)化能量變化得很大，那么應(yīng)該能從優(yōu)化前后的結(jié)構(gòu)中觀察到區(qū)別，觀察結(jié)果如附圖3所示，附圖3中，左邊的晶面是優(yōu)化之后的，右邊的是優(yōu)化之前的，目測(cè)來(lái)看，看不見(jiàn)差異，一點(diǎn)差異都看不出來(lái)�？紤]到目測(cè)的誤差，于是，計(jì)算優(yōu)化后的晶面的能量，如附圖4中所示，附圖4中，左圖是優(yōu)化前后的能量對(duì)比，右圖優(yōu)化后的晶面的能量，可以看到，優(yōu)化后的晶面的能量，與優(yōu)化前的一模一樣！ 也就是說(shuō)，對(duì) (0 0 -1)晶面作優(yōu)化后，輸出的晶面結(jié)構(gòu)和初始的是一樣的。這個(gè)時(shí)候，我們會(huì)想到，是不是優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)沒(méi)有及時(shí)地更新呢？同時(shí)考慮到，優(yōu)化計(jì)算的過(guò)程時(shí)間很短，所以，在discover的setup中，作了如附圖5的設(shè)置。 結(jié)果還是和上述的一樣：Discover對(duì)純晶面優(yōu)化的時(shí)候，盡管輸出文件.out中，會(huì)給出優(yōu)化前后能量的差異，但是輸出的結(jié)構(gòu)不會(huì)更新。 為了排除教程所涉及體系的特殊性，又對(duì)其他的晶體進(jìn)行了類(lèi)似計(jì)算，發(fā)現(xiàn)Discover 對(duì)不添加真空層的純表面，全部出現(xiàn)上述情況。 而且，我使用MS6.0 MS6.1兩個(gè)版本重復(fù)了上述計(jì)算，出現(xiàn)一模一樣的情況。 但是一旦給這個(gè)晶面加上真空層，使其從二維變到三維后，結(jié)算后輸出的結(jié)構(gòu)就會(huì)更新。 綜上所述，現(xiàn)在的問(wèn)題是，Discover對(duì)純晶面優(yōu)化后，輸出的結(jié)構(gòu)不會(huì)更新，今天被這個(gè)問(wèn)題困擾了。 請(qǐng)使用Discover的朋友給予解答，金幣奉上！ 1.png 2.png 3.png 4.png 5.png [ Last edited by 月只藍(lán) on 2013-10-20 at 18:51 ] |
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