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Y/XT新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
ENCUT收斂性腳本測(cè)試問(wèn)題 已有2人參與
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各位大神好 小弟是vasp小白 請(qǐng)問(wèn)大家 如何將侯博有關(guān)vaspENCUT收斂性測(cè)試的腳本用在自己的run文件中啊 小弟是連在服務(wù)器上計(jì)算的 所以需要執(zhí)行任務(wù)的腳本文件 懇請(qǐng)各位大神指導(dǎo) 謝謝 以下是小弟的PBS執(zhí)行文件 和侯博的ENCUT文件 #!/bin/bash #========================================# # PBS Job submission script for VASP #========================================# # 1. PBS job control #PBS -S /bin/bash #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -q long #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=480:00:00 #PBS -V #========================================# # 2. Job specification cd ${PBS_O_WORKDIR} inputfile="INCAR" #========================================# export MKL_SERIAL=YES export MKL_NUM_THREADS=1 export OMP_NUM_THREADS=1 export GOTO_NUM_THREADS=1 echo this jobs runs on the following machines: echo `cat $PBS_NODEFILE | uniq ` PROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cat $PBS_NODEFILE | uniq > user.$PBS_JOBID NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` ## for Intel MPI ## /opt/openmpi-1.4.4/bin/mpirun -np $NP -machinefile user.$PBS_JOBID ~/bin/vasp >& out ======================================================================================= #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ echo $i $E >>comment done |
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【答案】應(yīng)助回帖
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#!/bin/bash #========================================# # PBS Job submission script for VASP #========================================# # 1. PBS job control #PBS -S /bin/bash #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -q long #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -l walltime=480:00:00 #PBS -V #========================================# # 2. Job specification cd ${PBS_O_WORKDIR} inputfile="INCAR" #========================================# export MKL_SERIAL=YES export MKL_NUM_THREADS=1 export OMP_NUM_THREADS=1 export GOTO_NUM_THREADS=1 echo this jobs runs on the following machines: echo `cat $PBS_NODEFILE | uniq ` PROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cat $PBS_NODEFILE | uniq > user.$PBS_JOBID NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` ## for Intel MPI ## /opt/openmpi-1.4.4/bin/mpirun -np $NP -machinefile user.$PBS_JOBID ~/bin/vasp >& out ======================================================================================= #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ echo $i $E >>comment done 直接複製進(jìn)去就可以嘍，命名為XX.sh chmod +x XX.sh就可以了吧 另外注意那個(gè)是 E=‘grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk ’{printf "%12.6f \n", $5 }’‘ ‘這個(gè)符號(hào)是ESC那面那個(gè)東西 |
13樓2018-04-13 12:17:48
wlandy
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5樓2018-04-12 18:40:58
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10樓2018-04-13 11:23:13
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