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月只藍(lán)主管區(qū)長 (職業(yè)作家)
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[求助]
MS Discover計算純表面的問題 已有1人參與
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一直用MS Discover模塊，沒有注意過這個問題，直到今天有個同學(xué)問起。 問題是這樣的，MS Discover自帶的教程，該教程目錄如下 Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface 跟著這個教程，一步步地做，一直做到附圖1中的紅框部分，此時教程的意思是，優(yōu)化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶體導(dǎo)入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地對該晶面進(jìn)行優(yōu)化(沒有做諸如添加真空層之類的操作)。 優(yōu)化完后，得到如附圖2的結(jié)果，從附圖2中的紅框可以看到，優(yōu)化前后，該晶面確實(shí)被優(yōu)化了，因為總能量從初始的-456左右，下降到了-8532左右。 問題是這樣出現(xiàn)的，既然上面說到該晶面被優(yōu)化了，而且優(yōu)化能量變化得很大，那么應(yīng)該能從優(yōu)化前后的結(jié)構(gòu)中觀察到區(qū)別，觀察結(jié)果如附圖3所示，附圖3中，左邊的晶面是優(yōu)化之后的，右邊的是優(yōu)化之前的，目測來看，看不見差異，一點(diǎn)差異都看不出來�？紤]到目測的誤差，于是，計算優(yōu)化后的晶面的能量，如附圖4中所示，附圖4中，左圖是優(yōu)化前后的能量對比，右圖優(yōu)化后的晶面的能量，可以看到，優(yōu)化后的晶面的能量，與優(yōu)化前的一模一樣！ 也就是說，對 (0 0 -1)晶面作優(yōu)化后，輸出的晶面結(jié)構(gòu)和初始的是一樣的。這個時候，我們會想到，是不是優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)沒有及時地更新呢？同時考慮到，優(yōu)化計算的過程時間很短，所以，在discover的setup中，作了如附圖5的設(shè)置。 結(jié)果還是和上述的一樣：Discover對純晶面優(yōu)化的時候，盡管輸出文件.out中，會給出優(yōu)化前后能量的差異，但是輸出的結(jié)構(gòu)不會更新。 為了排除教程所涉及體系的特殊性，又對其他的晶體進(jìn)行了類似計算，發(fā)現(xiàn)Discover 對不添加真空層的純表面，全部出現(xiàn)上述情況。 而且，我使用MS6.0 MS6.1兩個版本重復(fù)了上述計算，出現(xiàn)一模一樣的情況。 但是一旦給這個晶面加上真空層，使其從二維變到三維后，結(jié)算后輸出的結(jié)構(gòu)就會更新。 綜上所述，現(xiàn)在的問題是，Discover對純晶面優(yōu)化后，輸出的結(jié)構(gòu)不會更新，今天被這個問題困擾了。 請使用Discover的朋友給予解答，金幣奉上！ 1.png 2.png 3.png 4.png 5.png [ Last edited by 月只藍(lán) on 2013-10-20 at 18:51 ] |
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dis里初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)果原子的限定狀態(tài)不一樣 在forcite里，初始結(jié)構(gòu)fix，最終結(jié)構(gòu)也限定了 這點(diǎn)上感覺dis不是很靠譜…… forcite數(shù)據(jù) 1、不限定原子 幾何優(yōu)化前后能量是差異不大 ---- Initial structure ---- Total enthalpy : -21161.553598 kcal/mol External pressure term : 0.000000 kcal/mol Total energy : -21161.553598 kcal/mol ---- Final structure ---- Total enthalpy : -21218.565110 kcal/mol External pressure term : 0.000000 kcal/mol Total energy : -21218.565110 kcal/mol 2、限定原子 幾何優(yōu)化前后能量是差異不大 ---- Initial structure ---- Total enthalpy : -4791.154883 kcal/mol External pressure term : 0.000000 kcal/mol Total energy : -4791.154883 kcal/mol ---- Final structure ---- Total enthalpy : -4819.258852 kcal/mol External pressure term : 0.000000 kcal/mol Total energy : -4819.258852 kcal/mol |
13樓2014-03-04 09:53:35
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4樓2013-10-22 08:50:33
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6樓2014-03-02 22:24:49
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