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zhuyuzhu123新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
高斯過(guò)渡態(tài)跑irc求助 已有1人參與
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如題，我做的是巰基乙醇合成機(jī)理的探究，利用環(huán)氧乙烷和硫化氫反應(yīng)生成巰基乙醇。倆個(gè)反應(yīng)物優(yōu)化過(guò)了，產(chǎn)物也優(yōu)化過(guò)了，用的是opt=qst3方法，所以猜測(cè)的過(guò)渡態(tài)也掛了并優(yōu)化過(guò)了。過(guò)渡態(tài)確實(shí)有一個(gè)虛頻-270多。然后就是跑irc了。按照我老師給我的命令# b3lyp/6-31g scf=tight irc=calcfc 這個(gè)計(jì)算后只有8幅圖，畫(huà)面是羥基在轉(zhuǎn)動(dòng)。 之后我嘗試過(guò)修改命令# b3lyp/6-31g IRC=（Max point=10,rcfc) 或者# b3lyp/6-31g IRC=（stepsize =20,maxcyc =200,rcfc) 或者# b3lyp/6-31g IRC=（stepsize =40,maxcyc=400,maxpoint =20,rcfc) 但是這些最后的效果都跟第一次嘗試的一樣，變化的只是圖片的幅數(shù)而已。所以我想問(wèn)下應(yīng)該怎么修改命令才能讓過(guò)渡態(tài)往反應(yīng)物，產(chǎn)物那邊跑的更遠(yuǎn)一點(diǎn)。還是說(shuō)我找到的過(guò)渡態(tài)是錯(cuò)的？在線等，挺急的。 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
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你別不高興，我直接說(shuō)了，這樣是不可以的。 IRC不能連接反應(yīng)物和產(chǎn)物是不對(duì)的，例外情況是分子中個(gè)別官能團(tuán)旋轉(zhuǎn)且旋轉(zhuǎn)能壘極低。 之所以找不到需要的過(guò)渡態(tài)，首先需要好好考慮一下設(shè)計(jì)的反應(yīng)機(jī)理是否有問(wèn)題，是不是合理；其次，你的體系很小，可以做個(gè)柔性搜索，看看是否存在過(guò)渡態(tài)；再者，如果是兩個(gè)自由基反應(yīng)，很可能就沒(méi)有過(guò)渡態(tài)。 如果僅以一個(gè)虛頻就認(rèn)定過(guò)渡態(tài)，是不夠的，弄一個(gè)虛頻出來(lái)太容易了，你把要斷的鍵或要形成的鍵設(shè)定成實(shí)際鍵長(zhǎng)的1.2~1.3倍，固定整個(gè)鍵長(zhǎng)，然后部分優(yōu)化，完成后，將優(yōu)化生成的結(jié)構(gòu)中固定的鍵解除，算一下頻率，大都會(huì)得到只有一個(gè)虛頻的結(jié)構(gòu)，你跑這個(gè)結(jié)構(gòu)的IRC，不一定能連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。 從你貼的圖看，你的機(jī)理應(yīng)該是分步設(shè)計(jì)，如果按一步反應(yīng)考慮，你貼的結(jié)構(gòu)根本不可能是過(guò)渡態(tài)。 如果考慮是一步完成的，我會(huì)考慮如下結(jié)構(gòu)來(lái)做猜測(cè)的結(jié)構(gòu)： |
zhuyuzhu12317樓2017-05-21 10:42:43
lkk1213
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