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薛TAT新蟲 (初入文壇)
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[求助]
同源基因，基因定位 已有1人參與
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我想找到擬南芥基因在龍葵中的同源基因，在龍葵沒有測序的情況下，怎么樣有效的找到同源基因，求教大神。 @biostar2009 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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yudaoqian88
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2017-03-30 22:42:19
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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2017-03-30 22:42:19
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用ncbi里面的blast，用蛋白比對(duì)，提前選擇好物種，然后對(duì)比，找到和擬南芥對(duì)應(yīng)的蛋白相似性最高的蛋白片段，然后找到cds區(qū)，記得看看他的標(biāo)注里面是否是全長，我只知道這么多啦。不是的話可能要做race。 想想有基因組確實(shí)很方便。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-03-30 19:21:36
薛TAT
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3樓2017-03-31 09:54:31
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【答案】應(yīng)助回帖
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那只能看ncbi數(shù)據(jù)庫里是否有你要找的同源蛋白了，不知道你的這個(gè)基因在你的材料里同源基因多不多，我們做棉花的，有些基因在棉花里有好幾個(gè)對(duì)應(yīng)的同源基因，雖然進(jìn)化關(guān)系顯示在一個(gè)小組里面，但有些分支比較遠(yuǎn)。如果庫里面是它真的同源蛋白，那就可以克隆對(duì)應(yīng)的片段，如果是他同源家族里面別的基因，估計(jì)你克隆它也可以做，因?yàn)橐话阋粋�(gè)家族的基因功能往往相似。因?yàn)闆]有基因組數(shù)據(jù)，這點(diǎn)我不知道是否可以確定。 |
4樓2017-03-31 11:27:13
yudaoqian88
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5樓2017-03-31 11:27:33
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