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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 請問怎么找到各個分子的偶極矢量
| 查看: 901 | 回復: 14 | |||
yeahhanpei金蟲 (正式寫手)
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[交流]
請問怎么找到各個分子的偶極矢量
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如圖中文字所述，要找到AC 分子的偶極矢量夾角與質心坐標的關系，有兩個問題: 1.在MS中怎么樣才能找到分子的偶極矢量方向？ 2.如何可以找到質心，因為分子比較多，一個一個的找很繁瑣，想問下有木有簡單的方法可以全部找出來？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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具體是什么分子呢？還有，你的很多分子有多少？是用動力學處理的嗎 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2017-07-24 09:43:22
dingweilu
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yeahhanpei: 金幣+3 2017-07-23 09:23:41
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就是計算分子偶極距投影到垂直于分子吸附表面軸上的分量 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-07-22 23:45:46
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5樓2017-07-24 11:00:08
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7樓2017-07-26 09:09:34
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8樓2017-07-26 09:41:16
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具體來說就是我?guī)湍銉?yōu)化了丙酮，發(fā)現(xiàn)它的羰基碳原子就是質心，那我覺得可以這樣，偶極距的其中一個分量正好是處在羰基鍵伸縮方向的，所以對于軌跡生成的系列構象的坐標寫腳本或者導入excel用公式編輯，但是默認質心不變，這樣只需要對有變化的構象求cos角就夠了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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9樓2017-07-26 09:46:35
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10樓2017-07-26 09:47:02
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