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大家?guī)臀铱纯催@個圖怎么回事? 已有1人參與
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做植物組織CHIP實(shí)驗(yàn),超聲之前條帶總是這么亮,而且不是彌散狀態(tài),大家有知道的嗎 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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ChIP實(shí)驗(yàn)中超聲的優(yōu)化一般從如下幾個方面考慮 1 不建議重復(fù)已發(fā)表的剪切方案而不進(jìn)行優(yōu)化。當(dāng)儀器不同于文獻(xiàn)中所使用的儀器時,尤其如此。 2 目前有各種超聲破碎儀器,水浴和基于探頭的。在使用基于探頭的超聲破碎儀時,選擇一個適用于您的樣品體積的探頭。 3 在任何情況下,剪切參數(shù)都應(yīng)當(dāng)根據(jù)您的樣品體積、細(xì)胞密度和細(xì)胞類型而優(yōu)化。 4 優(yōu)化應(yīng)當(dāng)包括功率設(shè)置(超聲時間 vs. 間隙時間/休息時間)以及獲得長度為200 – 1000 bp的DNA片段所需的剪切循環(huán)數(shù),每個優(yōu)化實(shí)驗(yàn)只優(yōu)化一種參數(shù); 5 注意時間和功率設(shè)置。過度破碎和太高功率設(shè)置會損害在免疫沉淀步驟中的表位。降低ChIP信號。 6 始終保持裂解液冰冷,間斷超聲,而不是連續(xù),因?yàn)槌曁幚懋a(chǎn)生熱量會使染色質(zhì)變性。 7 在超聲破碎過程中避免氣泡。泡沫會導(dǎo)致蛋白質(zhì)的表面變性,可能使染色質(zhì)損失在氣泡中。為了避免這種情況,一開始設(shè)為較低功率,再逐步提高。 8 在優(yōu)化條件時,每個超聲破碎循環(huán)后通過瓊脂糖凝膠電泳分析DNA片段的長度。剪切不足所產(chǎn)生大的不溶蛋白質(zhì) NA:RNA復(fù)合物可能堵塞瓊脂糖凝膠的孔,并延緩電泳過程。通過消化蛋白質(zhì)、逆轉(zhuǎn)交聯(lián)、酚:氯仿提取和沉淀來純化DNA。 |

新蟲 (初入文壇)
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