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青檸檬PCR新蟲 (正式寫手)
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[求助]
pcr 已有1人參與
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想問下有沒有人在設(shè)計(jì)引物時(shí),以環(huán)裝質(zhì)粒為模板6300bp,幾乎要擴(kuò)增下來(lái)整個(gè)片段,然后引物r為61bp,gc含量62.3%,Tm99.8,f為41bp,gc含量53.7%,Tm86,然后用了高保真和pcr enhancer,結(jié)果有個(gè)1300左右的條帶, 想問下是什么問題 @biostar2009 @飛約瘋?cè)嗽?/u> @wizardfan @youlinglyw 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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為什么要搞這么長(zhǎng)的引物?都是特異匹配的嗎?以環(huán)狀質(zhì)粒做定點(diǎn)突變,也是要擴(kuò)增下整個(gè)質(zhì)粒。并不難。你再摸索一下條件吧,1300說明引物退火到非目的序列了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |

新蟲 (正式寫手)
新蟲 (正式寫手)
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明白了,你加的6his或者其他酶切位點(diǎn)或保護(hù)堿基都不要算,Tm要以嚴(yán)格與模板堿基互補(bǔ)配對(duì)的靠近3'端計(jì)算,一般這段序列不超過30bp就夠了。我猜你程序退火高了。以質(zhì)粒做模板相比基因組是非常好擴(kuò)增的實(shí)驗(yàn),注意不要加太多質(zhì)粒模板吧 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |

禁蟲 (初入文壇)
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新蟲 (正式寫手)
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退貨溫度55度,那個(gè)一步同源要和同源壁重合20左右,特異引物也要20bp,再加酶切位點(diǎn)什么的,18bphis夠長(zhǎng),這個(gè)退火溫度要改嗎,看有人加DMSO 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
新蟲 (正式寫手)
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當(dāng)然要改啊,只算3端匹配的。你要不想計(jì)算直接無(wú)腦65℃touchdown 10個(gè)循環(huán),然后55退火好了,除非引物太糟糕,這個(gè)基本會(huì)work的 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |


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