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cauTmac銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于RAxML，BlackBox ML分析 已有1人參與
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求問(wèn)：RAxML BlackBox怎么使用不同基因進(jìn)化速率的不同模型進(jìn)行ML分析？具體參數(shù)應(yīng)該如何設(shè)置？在線等，特別急！謝謝 |
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專家顧問(wèn) (著名寫手)
科學(xué)怪人
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專家經(jīng)驗(yàn): +140 - MolEPI: 2
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
- 管轄: 分子生物
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2015-01-18 15:07:41
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kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2015-01-18 15:07:41
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若當(dāng)前已經(jīng)有比對(duì)好的序列，名為 test1.phy 文件 raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST 將以上語(yǔ)句粘貼到記事本中，另存為 test1.bat 文件，保存到 raxmlHPC.exe 相同的文件夾，雙擊 test1.bat 即可運(yùn)行。 運(yùn)行結(jié)束后，程序?qū)⒆詣?dòng)關(guān)閉。 -x 用快速方法進(jìn)行 Bootstrap -p 設(shè)定隨機(jī)數(shù) -# Bootstrap100 次 -m GTRGAMMA 模型 -o out1 將 out1 序列設(shè)置為外類群 -s test1.phy 輸入的 phy 文件為 ex_al.phy -n TEST 輸出的各結(jié)果文件中包含 TEST -q gennames 設(shè)定的基因的各位點(diǎn)分割位置 -f d rapid hill-climbing algorithm |
2樓2015-01-18 11:15:57
cauTmac
銅蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 4.9
- 帖子: 25
- 在線: 8.9小時(shí)
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- 注冊(cè): 2012-07-12
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3樓2015-01-21 18:14:30
做自己的點(diǎn)點(diǎn)
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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4樓2017-08-04 09:27:44
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