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mgqqlwq銅蟲 (著名寫手)
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[求助]
求教我的二氧化硅體系的弛豫應(yīng)該采用nvt系綜還是npt系綜 已有3人參與
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我用VMD建立了SiO2的盒子，LAMMPS里面三個邊界都選為周期性的，初始化和定義力場之后，利用minimize和npt（或者nvt）系綜對體系進行弛豫，in文件如下，區(qū)別是一種采用nvt系綜而另一種采用npt系綜，根據(jù)結(jié)果來看兩種弛豫的主要區(qū)別在于100000步之后的壓力區(qū)別比較大。本人小白有兩個問題求教一下各位模擬的大神和壇友。 1. minimize應(yīng)該是在0K下的結(jié)構(gòu)最優(yōu)化嗎？velocity create之后體系原子的溫度已經(jīng)是300K了，這時候做最小化是否合理？ 2. 采用nvt系綜100000步之后的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 100000 299.99624 -1786635.5 0 -1776212.1 38516.104 而采用npt系綜的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 100000 300.35095 -1789725.2 0 -1779289.5 -126.32433 4191230.7 從結(jié)果看主要的區(qū)別是壓力值差別非常大。請問對體系弛豫的時候應(yīng)該采用哪一種系綜呢？ 我對minimize命令和系綜的使用概念還不是很清楚，還請各位模擬高手多多指導(dǎo)和幫助。 我的in文件如下： echo both variable T equal 300 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style full read_data silicondioxide.data pair_style tersoff pair_coeff * * SiO.tersoff O Si timestep 0.001 thermo 10 velocity all create $T 38168 rot yes mom yes dist gaussian dump 1 all custom 1000 dump.silicondioxide.minimize id type x y z min_style cg minimize 0 0 100000 100000 reset_timestep 0 undump 1 dump 2 all custom 5000 dump.silicondioxide.nvt id type x y z fix nvt_relax all nvt temp $T $T 0.1 drag 0.2 #fix npt_relax all npt temp $T $T 0.1 iso 0 0 1 drag 0.2 #兩種方法的區(qū)別是另一種采用NPT系綜 run 100000 unfix nvt_relax |
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21樓2018-01-08 11:25:45
hongyingwu
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hongyingwu
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3樓2018-01-05 09:51:24
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4樓2018-01-05 11:00:47
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