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[交流]
［NAMD］利用NAMD模擬拉伸石墨烯 已有4人參與
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按照教程簡單熟悉了NAMD的使用流程，現(xiàn)在想要模擬水平拉伸石墨烯，遇到的問題是共價鍵無法斷裂，如圖所示，分別是拉伸開始與結束時的圖像�？梢娛┠Ｐ蛶缀醣焕搅�，但是共價鍵還是沒有斷裂，這似乎不符合實際情況，想要問一下這是什么原因造成的，從什么地方可以設定共價鍵斷裂的條件。本人是初學者，希望各位師兄師姐能夠不吝賜教。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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力場造成的呀，分子力場拉斷，lammps有個距離判斷斷bond，你也可以這樣操作，bond大于某一距離，就斷掉，不知道namd有這功能么 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2017-08-25 15:07:01
4樓2017-08-25 15:18:00
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我覺得有的，因為我以前看過一篇用NAMD模擬石墨烯拉伸的文章，他那個拉伸到一定程度就出現(xiàn)裂紋了，而我這個像橡皮筋一樣，拉伸到60000步都沒有斷裂的跡象。我在conf文件里設定了cutoff 距離為1.5，但是貌似并沒有起到作用。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2017-08-25 16:21:03
6樓2017-08-25 16:23:39
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