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[交流]
Hmmer search得到的結(jié)果怎么分析
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想從注釋的蛋白組數(shù)據(jù)中篩選出一個(gè)基因家族的成員，用了blastp，還用HMM build 構(gòu)建了參考的模型，然后用這個(gè)模型對(duì)蛋白組數(shù)據(jù)進(jìn)行了搜索，得到的結(jié)果如下 # hmmsearch :: search profile(s) against a sequen ce database # HMMER 3.0 (March 2010); http://hmmer.org/ # Copyright (C) 2010 Howard Hughes Medical Instit ute. # Freely di stributed under the GNU General Public License (G PLv3). # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # query HMM file: CCR.hmm # target se quence database: Smoellendorffi i_91_v1.0.p rotein.fa sta # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Q uery: clustal-ccr [M=338] S cores for complete sequences (score includes all domains): #NAME? sequence --- --- best 1 domain --- -#dom- E-value score bias E-value score bias exp N Sequence Description ------- ------ ----- ------- ------ ----- ---- -- -------- ----------- 3.10E-151 503.4 0.4 3.4e-151 503.2 0.3 1.0 1 271114 pacid=15420855 transcript=271114 locus=271114 ID=27 8.20E-122 406.6 0.1 9.1e-122 406.5 0.1 1.0 1 134883 pacid=15414495 transcript=134883 locus=134883 ID=13 4.20E-120 401.0 0.2 4.7e-120 400.9 0.2 1.0 1 85242 pacid=15418444 transcript=85242 locus=85242 I D=8524 2.30E-118 395.3 0.0 2.5e-118 395.2 0.0 1.0 1 175949 pacid=15402139 transcript=175949 locus=175949 ID=17 7.80E-108 360.7 0.0 9.3e-108 360.4 0.0 1.0 1 234633 pacid=15404604 transcript=234633 locus=234633 ID=23 9.80E-104 347.2 0.1 1.1e-103 347.1 0.1 1.0 1 227661 pacid=15406323 transcript=227661 locus=227661 ID=22 4.00E-100 335.3 0.0 4.4e-100 335.2 0.0 1.0 1 227659 pacid=15406304 transcript=227659 locus=227659 ID=22 3.60E-90 302.6 0.0 4.1e-90 302.4 0.0 1.0 1 74610 pacid=15411358 transcript=74610 locus=74610 I D=7461 1.40E-89 300.7 0.0 1.5e-89 300.6 0.0 1.0 1 135301 pacid=15413377 transcript=135301 locus=135301 ID=13 8.20E-89 298.1 0.0 9.1e-89 298.0 0.0 1.0 1 413044 pacid=15411442 transcript=413044 locus=413044 ID=41 6.80E-88 295.1 0.0 7.6e-88 295.0 0.0 1.0 1 80798 pacid=15407661 transcript=80798 locus=80798 I D=8079 7.80E-85 285.1 0.1 1.1e-83 281.2 0.1 1.9 1 172432 pacid=15411880 transcript=172432 locus=172432 ID=17 1.30E-79 267.9 0.5 2e-78 264.0 0.3 2.0 1 97473 pacid=15410827 transcript=97473 locus=97473 I D=9747 3.60E-79 266.5 0.3 7.7e-78 262.1 0.2 2.0 1 92506 pacid=15419134 transcript=92506 locus=92506 I D=9250 9.50E-79 265.1 0.2 2.1e-77 260.7 0.2 2.0 1 97205 pacid=15409059 transcript=97205 locus=97205 I D=9720 8.30E-57 192.9 0.1 3.4e-56 190.9 0.1 1.9 1 402428 pacid=15404190 transcript=402428 locus=402428 ID=40 7.30E-55 186.5 2.0 1.3e-34 120.0 0.9 2.5 2 412487 pacid=15411666 transcript=412487 locus=412487 ID=41 1.30E-53 182.4 1.6 5.2e-52 177.2 1.1 2.0 1 141996 pacid=15413678 transcript=141996 locus=141996 ID=14 1.60E-21 76.9 0.0 1.8e-21 76.7 0.0 1.0 1 36792 pacid=15411703 transcript=36792 locus=36792 I D=3679 2.50E-21 76.3 0.0 2.7e-21 76.2 0.0 1.0 1 81627 pacid=15409759 transcript=81627 locus=81627 I D=8162 1.30E-19 70.6 0.3 1.4e-19 70.5 0.2 1.0 1 39033 pacid=15414990 transcript=39033 locus=39033 I D=3903 2.10E-19 70.0 0.0 3.8e-19 69.1 0.0 1.4 1 111632 pacid=15411934 transcript=111632 locus=111632 ID=11 3.40E-15 56.1 0.1 4.3e-15 55.8 0.0 1.2 1 421752 pacid=15418113 transcript=421752 locus=421752 ID=42 3.40E-12 46.3 0.1 7.3e-12 45.2 0.1 1.5 1 37017 pacid=15409001 transcript=37017 locus=37017 I D=3701 后面還有一些就省略了，我想請(qǐng)教一下這個(gè)結(jié)果怎么看，以什么為依據(jù)來(lái)進(jìn)一步篩選呢？ |
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6樓2016-10-17 08:58:30
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