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ms分子動力學(xué)模擬NVT及NPT應(yīng)用問題？ 已有1人參與
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大家好！ 我最近在做水的分子動力學(xué)模擬，網(wǎng)上文獻(xiàn)在對模擬結(jié)果性質(zhì)進(jìn)行分析時，會提到具體溫度T和壓力P。但是在實際模擬過程中，用NPT系綜是很難準(zhǔn)確達(dá)到我們所設(shè)定的壓力，P一般都會在設(shè)定值附近漲落，那么我們是不是就可以認(rèn)為此時(雖然壓力有波動但能量曲線已經(jīng)相對穩(wěn)定時)的性質(zhì)就是對應(yīng)的我們所設(shè)定的T和P下的性質(zhì)呢？ 還有一個問題就是做分子動力學(xué)模擬時，如果我們要使體系達(dá)到需要的密度和溫度狀態(tài)，是不是只要NVT一個系綜就行了？或者是NVT+NVE（因為一旦有NPT加入，密度就和初始設(shè)定值不一樣了）？但是這樣的話最終的壓力波動會很大 如果我們要要使體系達(dá)到需要的溫度和壓力狀態(tài)，是用NPT算平衡再用NVT計算性質(zhì)對嗎？ 我是新書，上面這些只是我自己根據(jù)所學(xué)的一些猜測，希望大家不吝賜教�。�！ 衷心感謝�。。。。� |
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4樓2018-03-12 21:04:07
brucefan
專家顧問 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaozihao: 金幣+50, ★★★★★最佳答案 2018-03-09 00:02:32
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jiaozihao: 金幣+50, ★★★★★最佳答案 2018-03-09 00:02:32
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總的評論：你的問題不局限于任何MD軟件。 我最近在做水的分子動力學(xué)模擬，網(wǎng)上文獻(xiàn)在對模擬結(jié)果性質(zhì)進(jìn)行分析時，會提到具體溫度T和壓力P。 但是在實際模擬過程中，用NPT系綜是很難準(zhǔn)確達(dá)到我們所設(shè)定的壓力，P一般都會在設(shè)定值附近漲落， 那么我們是不是就可以認(rèn)為此時(雖然壓力有波動但能量曲線已經(jīng)相對穩(wěn)定時)的性質(zhì)就是對應(yīng)的我們所設(shè)定的T和P下的性質(zhì)呢？ 回答：當(dāng)瞬時壓強(qiáng)在目標(biāo)壓強(qiáng)上下漲落，而且瞬時壓強(qiáng)的平均值等于目標(biāo)壓強(qiáng)時，就可以認(rèn)為系統(tǒng)的壓強(qiáng)等于目標(biāo)壓強(qiáng)。 溫度得情形也類似。這是MD模擬的最基本假設(shè)，即任何物理量的測量值等于其時間平均值。 還有一個問題就是做分子動力學(xué)模擬時，如果我們要使體系達(dá)到需要的密度和溫度狀態(tài)，是不是只要NVT一個系綜就行了？ 或者是NVT+NVE（因為一旦有NPT加入，密度就和初始設(shè)定值不一樣了）？但是這樣的話最終的壓力波動會很大 回答，如果事先就知道要達(dá)到怎樣的密度，那么事先就會知道盒子的大�。ㄈ绻訑�(shù)確定了的話）。此時，用NVT系綜 模擬即可。沒有NVT+NVE這樣的說法。不要管壓力波動大還是小，因為它肯定是有波動的，而且它的波動與體系粒子數(shù) 有很大關(guān)系。越大的體系波動越小。 如果我們要要使體系達(dá)到需要的溫度和壓力狀態(tài)，是用NPT算平衡再用NVT計算性質(zhì)對嗎？ 回答：如果要達(dá)到特定的溫度和壓強(qiáng)，就得用NPT系綜模擬。當(dāng)達(dá)到目標(biāo)狀態(tài)（平衡態(tài)）后，用什么系綜 模擬來計算性質(zhì)，取決于研究目標(biāo)。 |
2樓2018-03-08 23:25:30
3樓2018-03-09 00:04:22
5樓2018-03-16 00:32:06
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