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JZZ3090

新蟲 (初入文壇)

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[求助] 請(qǐng)教rescue experiment 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法已有1人參與

最近做了x基因敲除的細(xì)胞系，然后在這個(gè)細(xì)胞系中瞬時(shí)表達(dá)GFP-x基因,同時(shí)檢測(cè)某表型是否回歸正常水平，也就是rescue experiment（不知道中文叫什么，援救實(shí)驗(yàn)嗎？），現(xiàn)在在做顯著性分析，對(duì)統(tǒng)計(jì)方法產(chǎn)生了疑問(wèn)。

我設(shè)計(jì)了三組實(shí)驗(yàn)并對(duì)其表型進(jìn)行了定量
1，對(duì)照組細(xì)胞（無(wú)敲除）表達(dá)GFP，
2，x基因敲除細(xì)胞系表達(dá)GFP，
3，x基因敲除細(xì)胞系表達(dá)GFP-x基因
我需要對(duì)比三組數(shù)據(jù)的表型，即，檢驗(yàn)第二組與第一組有是否顯著差異，第三組與第二組是否有顯著差異，以及第三組是否回歸到第一組的水平。

我應(yīng)該用哪種統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行顯著差異分析？
是否應(yīng)該將三組數(shù)據(jù)拆成兩兩一組，分別進(jìn)行mann whitney test（數(shù)據(jù)不符合正態(tài)分布），還是應(yīng)該選擇其他檢驗(yàn)方法？
我也考慮了kruskal-wallis test和two-way ANOVA
kruskal-wallis的問(wèn)題是，我的數(shù)據(jù)中，表型受兩種因素影響（細(xì)胞系和表達(dá)的基因），并非單因素分析
用two-way ANOVA的話，缺少了一組【對(duì)照組細(xì)胞表達(dá)GFP-x】的數(shù)據(jù)，無(wú)法進(jìn)行分析，而且我覺(jué)得這組數(shù)據(jù)對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)論沒(méi)有影響

不知道有沒(méi)有對(duì)統(tǒng)計(jì)學(xué)比較了解的或者做過(guò)此類實(shí)驗(yàn)的人能幫忙解答一下我的問(wèn)題。

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1樓 2021-01-31 14:43:33

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fuyuandj86

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【答案】應(yīng)助回帖

第一組和第三組比較確實(shí)不夠嚴(yán)謹(jǐn)，這個(gè)得看審稿人對(duì)于數(shù)據(jù)的嚴(yán)謹(jǐn)性要求有多嚴(yán)格了。
如果對(duì)照組是一個(gè)敲除對(duì)照會(huì)好一些，也就是說(shuō)對(duì)照組也轉(zhuǎn)了Cas9和一個(gè)不能針對(duì)任何基因的sgRNA。
當(dāng)然還有一種策略是用siRNA敲低，對(duì)照組轉(zhuǎn)一個(gè)不能針對(duì)任何基因的對(duì)照siRNA。這樣就保證了三組都用同一個(gè)細(xì)胞系。

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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.

4樓2021-02-02 10:19:21

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

"檢驗(yàn)第二組與第一組有是否顯著差異，第三組與第二組是否有顯著差異，以及第三組是否回歸到第一組的水平"
就按照這個(gè)做三次t檢驗(yàn)就好了，不用搞那么復(fù)雜

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2樓2021-01-31 22:43:49

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2樓: Originally posted by fuyuandj86 at 2021-01-31 22:43:49
"檢驗(yàn)第二組與第一組有是否顯著差異，第三組與第二組是否有顯著差異，以及第三組是否回歸到第一組的水平"
就按照這個(gè)做三次t檢驗(yàn)就好了，不用搞那么復(fù)雜

謝謝解答，因?yàn)榻饚挪粔蛩詻](méi)能及時(shí)回復(fù)。。。
請(qǐng)問(wèn)第一組與第三組比較也可以用t檢驗(yàn)嗎？細(xì)胞系和表達(dá)的基因都不一樣。

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3樓2021-02-02 10:02:03

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4樓: Originally posted by fuyuandj86 at 2021-02-02 10:19:21
第一組和第三組比較確實(shí)不夠嚴(yán)謹(jǐn)，這個(gè)得看審稿人對(duì)于數(shù)據(jù)的嚴(yán)謹(jǐn)性要求有多嚴(yán)格了。
如果對(duì)照組是一個(gè)敲除對(duì)照會(huì)好一些，也就是說(shuō)對(duì)照組也轉(zhuǎn)了Cas9和一個(gè)不能針對(duì)任何基因的sgRNA。
當(dāng)然還有一種策略是用siRNA敲低 ...

謝謝您的回復(fù)。
siRNA的策略確實(shí)做了，但由于一些原因放棄了這個(gè)方法，所以在用Cas9做。
比較麻煩的是沒(méi)有時(shí)間再做對(duì)照細(xì)胞系了，所以想找一個(gè)合適的統(tǒng)計(jì)方法。
請(qǐng)問(wèn)，不對(duì)比第一組和第三組，只對(duì)比第二組與第一組，和第二組與第三組的數(shù)據(jù)，如果都有顯著性差異是否能說(shuō)明結(jié)論？

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5樓2021-02-02 14:14:22

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