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youxx189銅蟲 (小有名氣)
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用ONIOM關(guān)鍵詞算吸收，請問可以看分子軌道嗎？ 已有1人參與
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用ONIOM關(guān)鍵詞算吸收，請問可以看分子軌道嗎？得到的chk文件轉(zhuǎn)化成fchk文件會(huì)造成數(shù)據(jù)丟失，在Gaussview里無法打開。 輸入文件： %chk=packing1_guest_abs_ONIOM.chk %nprocshared=20 %mem=12000MB #p oniom(PBE1PBE/genecp td=(singlets,nstates=20,direct):uff)=embedcharge test absorption 0 1 0 1 0 1 C 26.8564499443,11.2974579201,22.535374973 L C 26.4312706227,12.5897273583,22.1656391631 L C 25.079756231,12.9545921491,22.2751903325 L C 24.1694372817,11.9921553489,22.7275839214 L C 24.5970630014,10.7317662379,23.1036871816 L C 25.9390511173,10.3569276904,23.0333609336 L H 27.8993300059,11.0327314821,22.4387729637 L 中間略到好多原子 C 33.1316875537,25.2458454493,20.5017776507 L H 34.6438528841,23.5215656048,22.9626666632 L H 34.5537458777,23.6020072384,20.5486274853 L C 33.0912226367,25.4397359482,19.0253450849 L O 33.7582638392,24.7213374764,18.3023322806 L O 32.3461046073,26.4006128366,18.4698156726 L C H N O 0 6-31G** **** Ir 0 LANL2DZ **** Ir 0 LANL2DZ |
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youxx189
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2020-06-22 15:21:45, 883.99 K
8樓2020-06-22 15:22:09
wzhsun
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2樓2020-06-22 11:38:10
paramecium86
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如果你的chk文件本身很大 比如說上G大小了 那轉(zhuǎn)換一般會(huì)內(nèi)存不夠用導(dǎo)致出錯(cuò)。可以在環(huán)境變量里加上 export GAUSS_MEMDEF=4000000000 把內(nèi)存調(diào)成可用4 GB應(yīng)該就能解決問題。 TD計(jì)算chk文件中的分子軌道的信息就是基態(tài)分子軌道的信息 并沒有什么特殊之處 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
3樓2020-06-22 12:03:37
youxx189
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謝謝老師 我加了環(huán)境變量還是報(bào)錯(cuò) [youxx@mu01 guest-abs]$ module unload gauss/g09d01 [youxx@mu01 guest-abs]$ module load gauss/g16a03 [youxx@mu01 guest-abs]$ export GAUSS_MEMDEF=4000000000 [youxx@mu01 guest-abs]$ formchk packing1ONIOM_dimer1-2.chk Read checkpoint file packing1ONIOM_dimer1-2.chk Write formatted file packing1ONIOM_dimer1-2.fchk Missing data for FChkPn. Error termination via Lnk1e at Mon Jun 22 13:36:29 2020. Error: segmentation violation rax 0000000000000000, rbx 0000000002b377e0, rcx ffffffffffffffff rdx 000000000001ef4c, rsp 00007ffe7319ed28, rbp 00007ffe7319ed80 rsi 000000000000000b, rdi 000000000001ef4c, r8 00002b4517b60ac0 r9 00002b4517b60ac0, r10 00007ffe7319e120, r11 0000000000000206 r12 000000000000000c, r13 0000000000000001, r14 0000000000000001 r15 0000000000000000 /lib64/libpthread.so.0(+0xf6d0) [0x2b4517d366d0] /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x2b451827b547] formchk() [0x497ec9] formchk() [0x46f560] formchk() [0x46b8af] formchk() [0x453755] formchk() [0x4516a8] formchk() [0x450af4] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5) [0x2b4518267445] formchk() [0x4509e9] Aborted |
4樓2020-06-22 13:40:46
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