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[求助]
如何利用GULP擬合分子間勢能曲線得出力場參數(shù) 已有1人參與
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想利用兩個(gè)分子間相互作用力做出的勢能曲線擬合得出各個(gè)原子之間力場參數(shù)，不知GULP能否擬合出結(jié)果？ 看到Gulp的observable中關(guān)于能量的energy，這個(gè)應(yīng)該是total energy，能否通過設(shè)置力場參數(shù)使得分子間作用力 （這個(gè)應(yīng)該可能通過設(shè)置力場參數(shù)使之為0）、靜電作用力（設(shè)置電荷為0）、原子本身能量為0，從而使得energy的值就是分子間作用力？但原子本身能量怎樣才能設(shè)置為0？ Gulp中有一個(gè)reaction energy，不知能否把兩分子間作用力理解為reaction energy，來進(jìn)行擬合呢？ 看到mannual中有一句話：Unless these values have been converted to a binding or lattice energy with reference to the dissociated state of the species within the system then it is inappropriate to fit the absolute values of the energies. Consequently, the easiest solution is to include an additive energy shift parameter in the fit, such that only relative energies are actually fitted. 不知這個(gè)如何實(shí)現(xiàn)？ 多謝高人指點(diǎn)！ [ Last edited by hjlyyc on 2013-7-29 at 05:28 ] |
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2樓2013-07-29 21:47:23
3樓2013-07-31 20:54:39
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
hjlyyc: 金幣+5, ★★★很有幫助, 多謝！manual說的太簡單了，沒有多少例子分析，這個(gè)忽略分子內(nèi)能量，是不是加個(gè)intermolecule關(guān)鍵詞��？ 2013-12-15 17:57:23
hjlyyc: 金幣+5, ★★★很有幫助, 多謝！manual說的太簡單了，沒有多少例子分析，這個(gè)忽略分子內(nèi)能量，是不是加個(gè)intermolecule關(guān)鍵詞��？ 2013-12-15 17:57:23
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gulp就是專門擬合力場的，里面的設(shè)置可以滿足你所以的要求，只不過設(shè)置起來有些麻煩。如果你用的量化勢能面，就需要個(gè)好像是shift的參數(shù)，分子內(nèi)的能量可以用幾種方法，例如直接設(shè)置忽略分子內(nèi)能量，或給成鍵作用設(shè)距離的cutoff等等。具體怎么設(shè)置記不得了，可以查manual。 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
10樓2013-12-15 10:49:31
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