看到壇子里經(jīng)常有人求助畫晶體結(jié)構(gòu)的軟件及相關(guān)的使用說明，通過自己的學(xué)習(xí)過程寫一些心得和大家一起交流。一般在拿到晶體數(shù)據(jù)時，我們利用其中的ｃｉｆ文件畫圖，主要利用的軟件有：ｓｈｅｌｘ，ｍｅｒｃｕｒｙ，ｄｉａｍｏｎｄ這三種，以下我來分別介紹一下自己的使用心得：
1.shelx的使用，這個軟件是大家最為常用的，因?yàn)樗�即可解晶體又可畫圖，這個軟件的使用需要記住相應(yīng)的命令，早期要在ｄｏｓ下，現(xiàn)在的在ｘｐ下使用已經(jīng)較方便了。先總結(jié)一下相關(guān)的基本命令：
read xxx(cif 的文件名)
fmol
kill $h(若想圖看起來清晰，可以不畫ｈ原子時用這個命令)
ｐｒｏｊ
這時看到的是基本的配位環(huán)境圖
若不需要的原子就可用kill刪去，
若配位環(huán)境還達(dá)不到你想要說明的可以利用ｇｒｏｗ命令
matr1
pack
這時看到的是從ａ方向的晶胞堆積圖，不但可以看到各個原子的配位情況，若有氫鍵作用，也可以看到；matr2,3是分別從ｂ，ｃ方向，這時就看你的選擇是要從什么角度說明了，當(dāng)然在ｍａｔｒ的命令后，我們看到的圖可以通過左手方向的旋轉(zhuǎn)按鈕來選擇其他的角度，只要能說明問題就好。
ｅｓｃ后
ｔｅｌｐ　０－３０（數(shù)字的選擇是在畫ｏｒｔｅｐ是的比例一般是３０或５０；若不輸入數(shù)字，系統(tǒng)會有自動的默認(rèn)，若想畫帶有晶胞的圖用telp cell 命令）
接下來回讓你起個name, 什么都好，比如：１
ｄｒａｗ�。保ù藭r畫的就是ａ方向看的堆積圖）
接下來就是標(biāo)記各原子的名字（若不想標(biāo)記在ｔｅｌｐ命令前加ｌａｂｌ０命令）
然后問你要畫的圖存成什么格式，多是選擇ｈ
再來就是是問你畫彩圖還是黑白圖
然后問你選擇的紙張大小
以上就是ｓｈｅｌｘ的基本命令了，還有一些復(fù)雜的大家可以參看陳小明等編寫的《單晶衍射分析》這本書。
利用這個軟件的好處在與它同時可以解晶體，當(dāng)數(shù)據(jù)有些不合理的地方可以在重新解；我覺得最便利的是這個軟件在表達(dá)氫鍵作用時非常好，所以我經(jīng)常利用它畫含氫鍵作用的結(jié)構(gòu)圖�，F(xiàn)在一些好的雜志發(fā)表的圖，利用這個軟件畫圖的很多，多集中表達(dá)是畫配位環(huán)境的ORTEP圖。還有一些是表達(dá)pi-pi作用的結(jié)構(gòu)圖。

2.dimond的畫圖使用心得，這個軟件不用說，大家也知道畫出來的圖那是相當(dāng)?shù)钠�亮，所以我們看到那些雜志發(fā)得漂亮的圖多是用ｄｉａｍｏｎｄ完成的。它的功能很齊全，可以畫圖，計(jì)算距離，扭轉(zhuǎn)角等等，但這個軟件在初學(xué)時給人的感覺是無從下手，不要緊慢慢琢磨后，發(fā)現(xiàn)這個軟件是這三種畫圖軟件中，個人認(rèn)為最好的。它的基本步驟：
　　選擇一個ｃｉｆ文件利用ｄｉａｍｏｎｄ打開
　　接下來是ｄｉａｍｏｎｄ程序自帶的畫圖幫助窗口，一直 “下一步”到問你是畫單獨(dú)的配位圖，還是晶胞堆積圖等幾種選擇，根據(jù)自己的要求，點(diǎn)“完成”
　　然后，出現(xiàn)的圖美觀程度達(dá)不到我們要求的，這時就是精細(xì)修改的過程，ｄｉａｍｏｎｄ中都有相關(guān)的命令，若是發(fā)文章要畫的圖，ｄｉａｍｏｎｄ還可以設(shè)置分辨率，底色，輸出圖的格式。在畫孔洞方面的圖時，可以加入假原子，改變假原子大小，來表達(dá)孔洞的大��；對于具有螺旋結(jié)構(gòu)的物質(zhì)，還可以畫出螺旋軸；特別是在討論拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)時，利用這個軟件過濾掉不需要的原子或加上假原子畫出的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)非常漂亮。
　　還有更值得一提的是，它可以制作小的動畫短篇，如結(jié)構(gòu)的旋轉(zhuǎn)圖等等，我們把這些動畫與ｐｐｔ相結(jié)合，會是你的答辯更精彩。

3. ｍｅｒｃｕｒｙ的是使用，三個軟件中，個人認(rèn)為命令最簡化的就是這個軟件，但是它最大的缺點(diǎn)就是畫出來的圖的清晰度達(dá)不到有些雜志要求的，發(fā)在ｗｏｒｄ文檔中的感覺總是有些虛，若是作畢業(yè)論文用這個軟件畫圖很方便，也比較好看，但是發(fā)文章的圖還是用diamond好。我經(jīng)常利用這個軟件來看圖，也就是說，當(dāng)你要說明一個結(jié)構(gòu)時，你得知道這個結(jié)構(gòu)有什么特點(diǎn)，我經(jīng)常利用這個軟件來找出結(jié)構(gòu)得特點(diǎn)，因?yàn)槊�令簡單。剛打開時我們就可以看到基本得一個配位環(huán)境圖，然后點(diǎn)幾個命令就可知你得結(jié)構(gòu)有沒有氫鍵，是幾維得；值得指出得是這個軟件在算結(jié)構(gòu)中有沒有ｐｉ－ｐｉ堆積是最快的，不像ｓｈｅｌｘ要記�。疃嗟拿�令，所以當(dāng)看到芳香環(huán)較近時，就利用這個軟件看有沒有ｐｉ－ｐｉ堆積吧，同時還可以計(jì)算距離，角度只需鼠標(biāo)右鍵。壇子里有發(fā)這個軟件的破解版，還可以搜索看到別人收錄在ｃｃｄｃ的晶體數(shù)據(jù)，真的是很方便。所以我經(jīng)常用這個軟件來了解結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)，用ｄｉａｍｏｎｄ畫圖。
　　另外，值得指出的是diamond和ｍｅｒｃｕｒｙ都可以模擬ＸＲＤ衍射，不過后者模擬出來的更好看些，前者模擬的圖形樣式可以根據(jù)設(shè)置改，后者卻不能。還有就是這兩個軟件都有自己的默認(rèn)鍵長，在配位化學(xué)領(lǐng)域存在著一些不完全配位，在這兩個軟件中會以實(shí)線表達(dá)，這和配位鍵是一樣的，若大家想用虛線表達(dá)不完全配位，在ｄｉａｍｏｎｄ里是可以辦得到的；而ｓｈｅｌｘ在不完全配位方式的表達(dá)是沒有任何連線的，會讓我們誤解沒有配位，所以在觀察一個結(jié)構(gòu)時最好用ｓｈｅｌｘ和ｍｅｒｃｕｒｙ相結(jié)合來找出配位特點(diǎn)。
　總之，我們在畫圖時或觀察結(jié)構(gòu)特點(diǎn)時這三個軟件相結(jié)合，因?yàn)楦饔懈鞯奶攸c(diǎn)，在加上我們自己要多努力琢磨，我們一樣可以畫出漂亮的圖，自己的文筆不太好，大家見諒。

[ Last edited by bloveocean on 2007-8-29 at 09:07 ] 返回小木蟲查看更多