【求助】請教如何用DMOL3計算有機分子的表面吸附過程？
att，就比如乙醇在Pd表面的吸附過程。文獻里面寫著，逐漸少掉H原子，然后吸附構(gòu)型發(fā)生變化，吸附能變化，因此構(gòu)建出一條反應(yīng)路徑。
俺是新手，看了很多文獻，大概有點明白了，但是目前卡殼在第一步，就是如何讓一個分子吸附到固體表面？用DMOL3
看到有人說先優(yōu)化吸附質(zhì)，和吸附劑，然后將吸附質(zhì)copy到吸附劑附近，在構(gòu)建可能的吸附位……但是我優(yōu)化好乙醇和pd，再將乙醇直接copy到pd.xsd時，位置根本就是不可調(diào)的呀……
優(yōu)化好表面后，如何加入吸附質(zhì)？主要是有機氧化物，乙醇、苯酚之類。
還有些反應(yīng)過程的中間體，如CH3CH3O*這樣的，如何和表面連接呢？
望高人指點一二，不勝感激！
返回小木蟲查看更多
今日熱帖
京公網(wǎng)安備 11010802022153號
1 把被吸附原子或分子移到吸附原子的位置附近，注意二者之間的距離調(diào)節(jié)，優(yōu)化后看結(jié)合能，找到最穩(wěn)定的位置（能量最�。�，這步可能需要大量的計算（我們組做石墨烯吸附就是這樣的，實驗不同的吸附位置，主要找到吸附位置；然后根據(jù)成健情況判斷是物理還是化學吸附）。2 你的情況很可能是化學吸附，你先去掉被吸附分子的H原子，然后和PD成健，你的問題大概是找哪個H空位的問題即吸附構(gòu)型的確定。3關(guān)于你說的位置不可調(diào)的問題，你可以根據(jù)優(yōu)化好的參數(shù)直接在吸附模型PD上添加被吸附的分子，注意放分子時的調(diào)節(jié)要細心。我不是太懂你的方向，可能說的不對，還希望高手指正。
非常感謝。呵呵，我的研究方向是水蒸汽催化重整制取氫氣。
請問，“把被吸附原子或分子移到吸附原子的位置附近”是如何操作呀？
^_^
發(fā)現(xiàn)，將分子拖到超晶胞里面之后，之間運行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的話，出現(xiàn)先讓關(guān)閉對稱性，才能運行優(yōu)化，這是為啥呀？如何關(guān)閉對稱性？
1操作過程：選中增加原子按鈕，選擇元素，彈出一個對話框，輸入坐標即可。但是此方法需要精確定位，需要事先計算每個原子的位置，但是此法是比較精確的方法；
2方法二：點擊工具欄中的原子按鈕，然后點擊你吸附位置的原子，按住鼠標左鍵向上拉，這需要精細調(diào)節(jié)，很難控制，但是可以在左邊的工具欄里進行微調(diào)，方法是點擊類似小手的按鈕，里面有上下左右，旋轉(zhuǎn)的調(diào)節(jié)按鈕。這個方法比較快，關(guān)鍵是細心
不知道說的是否清楚，上網(wǎng)的電腦沒安裝ms，無法截圖，抱歉了，其實摸索幾下就能找到竅門。
嗯，很清楚，非常感謝，呵呵。
我想一個一個手動加原子是否是適合于小分子的化合物，如CO、H2、NO等，因為第一個原子相對于表面的位置好添加，但是第二個原子以上是否就很難添加了？不僅涉及到長度，還有角度，尤其是角度，該如何添加？因為有時候吸附的都是乙醇、丙酮等稍微大一些的分子。是否有這樣的操作：先在一個.xsd文檔中構(gòu)建好吸附質(zhì)分子，然后拖到構(gòu)建好的表面上，再調(diào)節(jié)相對位置？如果這樣該如何操作？
另外一處是，比如吸附質(zhì)的位置放好了，然后怎么設(shè)置，軟件才會知道進行吸附計算呢？進而給出優(yōu)化的吸附位，吸附能？
非常感謝
，
分子放置到吸附的原子附近，運行優(yōu)化，跑了一個晚上，總是失敗，是否還需要一些設(shè)置？我是直接用了Dmol3的默認設(shè)置。
請高手相告，不勝感激。
總是失敗的話要不你試試把Methfessel-Paxton smearing中的數(shù)值改大點？比如設(shè)為0.010Ha
吸附位置放好了，你直接優(yōu)化構(gòu)型就行，然后在輸出文件中，找到優(yōu)化后的能量，吸附能有計算公式，然后要自己算出來，很多吸附的文獻中都有吸附能的公式
我也是新手，就這么點小幫助