【zhou2009個(gè)人文集】極性鍵電子密度差Δρ的解析
極性鍵電子密度差Δρ的解析
(2010-3-8)
一、前言:
在以前的帖子中,曾經(jīng)通過(guò)對(duì)極性鍵(如HF分子)電子密度差Δρ計(jì)算、作圖,認(rèn)為原子在成鍵前后發(fā)生了三種變化:原子以基組形式(廣義雜化)參與成鍵、電子在不同電負(fù)性原子之間轉(zhuǎn)移、電子向鍵(鍵軸)中間移動(dòng)聚集(為了與原子間“轉(zhuǎn)移”區(qū)別還稱之為“中移”)。然而怎樣確定這轉(zhuǎn)移、中移的具體電子量或說(shuō)電荷量呢?因?yàn)橹挥械竭@一步,這電荷才能從定性到定量證明它是真實(shí)地反映了客觀存在、以致得到實(shí)際應(yīng)用。
這首先要解析Δρ的各部分變化的屬性,是轉(zhuǎn)移或者是中移,并分別對(duì)它們的電荷量進(jìn)行計(jì)算。前帖《電子密度差Δρ深入計(jì)算的一例:HCl》中,就是這種嘗試。但此帖只說(shuō)了Δρ形成的各個(gè)部分電荷如何分別去計(jì)算,并沒(méi)有指認(rèn)它們的屬性。因?yàn)檫@種屬性并不是單一的,總有某種電荷疊加,分離這種疊加并不容易,必須找到分離的突破口,且說(shuō)來(lái)話長(zhǎng),便寫(xiě)了此帖。
需要指明的是,文獻(xiàn)上已有的各種電荷布居方法,是將分子中電子的分布抽象為位于原子的點(diǎn)電荷,本帖對(duì)電荷的計(jì)算,它仍是屬于分子中原子所在空間的,只是將空間分布的電荷具體數(shù)值求出而已,并沒(méi)有刻意將它們抽象為位于原子的點(diǎn)電荷。
二、電子密度差Δρ各部分的屬性和定量:
為了使問(wèn)題簡(jiǎn)化,我們選擇了與H成鍵的各種原子。從計(jì)算的一系列分子來(lái)看,如HF、HCl、H2O、NH3、CH4等等,它們?chǔ)う训幕靖窬、架?gòu)是大致相同的,只是在量上有差別,如果不指明,我們將很難認(rèn)出這個(gè)Δρ是誰(shuí)的。
這是因?yàn)樗鼈兊某涉I,都同樣是由H的s型基組與另外原子的s、p型基組融合而成的。我們的Δρ解析也自然會(huì)以此作為根據(jù)。
還是舉HCl的Δρ為例,它的得到在前帖已經(jīng)專門(mén)介紹了,只是這次會(huì)進(jìn)一步討論它。下圖便是HCl的Δρ一個(gè)有代表性的截面。我們可以清楚地看到,成鍵后電子發(fā)生了什么樣的凈變化?偟目磥(lái),電子大量地由H轉(zhuǎn)移的Cl上了,H、Cl之間也有一點(diǎn)中移電子。
為了分析Δρ所展示的電荷,從下圖看,從左到右依次是四個(gè)部分:正值(電荷增加,標(biāo)記為A區(qū))、負(fù)值(電荷減少,標(biāo)記為B區(qū))、正值(電荷中移,標(biāo)記為C區(qū))、負(fù)值(電荷減少,標(biāo)記為D區(qū))。

這時(shí)要注意,我們雖然直觀看到的只是Δρ的一個(gè)有代表性的截面,然而我們考慮的、計(jì)算的卻是三維空間的Δρ。說(shuō)到Δρ,有時(shí)是指三維空間的,有時(shí)只是一個(gè)有代表性的截面,這在行文中自然能分清楚。
當(dāng)然為了劃分更加嚴(yán)格分明,實(shí)際的具體操作是將GsGrid的三維坐標(biāo)格點(diǎn)文件在Excel中打開(kāi),并將這個(gè)ρ值列進(jìn)一步分為正值、負(fù)值各一列。并對(duì)正值、負(fù)值各作出相應(yīng)的截面圖,在圖上分別找到兩個(gè)正值和兩個(gè)負(fù)值的分界點(diǎn)。然后對(duì)兩個(gè)正值分別加和,兩個(gè)負(fù)值分別加和,再乘以空間微元dv,得到各自的電荷量。這時(shí)兩個(gè)正值、兩個(gè)負(fù)值都嚴(yán)格分開(kāi),之間是較寬闊的空間(為0),分界點(diǎn)不須嚴(yán)格選定。由于計(jì)算都是采用的原子單位,ρ是bolr^3中出現(xiàn)的電子量,空間微元dv也是以bolr^3為單位的,GsGrid會(huì)自動(dòng)輸出dv的大小。
現(xiàn)在要將這四個(gè)部分分別指認(rèn)它的屬性并算出相應(yīng)的電荷量來(lái),并進(jìn)一步計(jì)算出轉(zhuǎn)移、中移的電荷量來(lái)。
首先,突破口選C區(qū),只有這部分電荷單純,只是中移,沒(méi)有不同性質(zhì)電荷的疊加。然而把它說(shuō)明白卻不那么容易,這還要從頭說(shuō)起。
在分子中,不同電負(fù)性原子成鍵時(shí),電子會(huì)發(fā)生轉(zhuǎn)移,電負(fù)性大的原子得到部分電子、電子對(duì)核的屏蔽增強(qiáng),使得電負(fù)性降低,能級(jí)升高,電負(fù)性小的原子失去部分電子、屏蔽減弱,使得電負(fù)性升高,能級(jí)降低,從而達(dá)到電負(fù)性均衡、能級(jí)均衡,不再有電子流動(dòng)。這就是電負(fù)性均衡原理的主要內(nèi)容。
然而我們看到的這個(gè)在鍵中間形成的所謂中移,我曾經(jīng)在《關(guān)于電子密度差Δρ》專門(mén)討論過(guò),通常認(rèn)為,對(duì)于共價(jià)鍵,由于成鍵軌道的重疊,電子會(huì)往鍵中間聚集,于是就會(huì)拿Δρ圖作為有力的證明,電子果然在鍵中間有聚集成團(tuán)的形象,于是教材上指著這個(gè)Δρ圖說(shuō):共價(jià)鍵就是就是這個(gè)樣子!然而這樣說(shuō)是錯(cuò)誤的。ㄔ斠(jiàn)該帖)
實(shí)際上,所有的成鍵都只是一個(gè)彌合波形之間不吻合、填補(bǔ)波形之間存在的稀缺,又因同時(shí)受到兩個(gè)核的吸引,電子向鍵軸方向濃集,形成平滑、溝通、均衡的MO的過(guò)程。鍵中間的電子密度都是平滑過(guò)渡而沒(méi)有額外成團(tuán)堆積的。這個(gè)中移只不過(guò)是填平了兩個(gè)雜化基組之間不吻合的稀缺之處,被Δρ前后相差捕捉到而已。
值得指出的是,這個(gè)中移與通常所說(shuō)的重疊集居在概念、來(lái)源和數(shù)值上都是不同的。中移只是一個(gè)成鍵前后的變化差值而已,這點(diǎn)要細(xì)細(xì)推敲明白。
這個(gè)中移,既是在成鍵雙方原子電負(fù)性相等的情況下發(fā)生的,從圖形看它近似于一個(gè)橢圓的球,我們有理由認(rèn)為它是由成鍵雙方原子對(duì)等共同提供電荷的,如果不對(duì)等,將會(huì)形成新的電負(fù)性不均衡,F(xiàn)在又需要均分了!
以HCl為例來(lái)說(shuō),對(duì)這個(gè)中移部分單獨(dú)進(jìn)行計(jì)算(計(jì)算方法見(jiàn)前帖:《電子密度差Δρ深入計(jì)算的一例:HCl》),它的值是0.0229,其一半是0.0115,是由H這一方提供的。
第二、看看D區(qū):這里是H的電荷減少,計(jì)算值為0.296,它包含兩個(gè)內(nèi)容:轉(zhuǎn)移走的電荷和中移走的電荷?鄢闹幸谱叩碾姾0.0115,轉(zhuǎn)移走的電荷為0.2845。這時(shí),H的中移電荷約只有它的轉(zhuǎn)移電荷量的4%。
(以HF為例來(lái)說(shuō),H的轉(zhuǎn)移電荷為0.3664,它提供的一半中移電子為0.0124,只是它的轉(zhuǎn)移電荷量的3%。)
第三、再看看B區(qū):這里是Cl的電荷減少,它也包含兩個(gè)內(nèi)容:中移走的電荷0.0115,另外大量的減少是基組廣義雜化引起的。
和以前討論過(guò)的HF分子例一樣,有趣的是,通常說(shuō)s、p雜化,說(shuō)是用增大的一瓣去成鍵以增大重疊能力。但在HF、HCl中,MO的基組中s、p卻是反位相地雜化,即F、Cl以縮小的一瓣去成鍵,而用增大的一瓣去裝轉(zhuǎn)移過(guò)來(lái)的過(guò)多電子,這轉(zhuǎn)移電子妥善安排在離鍵遠(yuǎn)的外面集結(jié)。這B區(qū)所表現(xiàn)出來(lái)的電荷大量的減少,正是s、p反位相地雜化在這一瓣區(qū)的結(jié)果。
經(jīng)過(guò)計(jì)算,HCl的B區(qū)的總減少量為0.2170,扣除中移走的電荷0.0115,反位相地雜化引起的電荷減少為0.2055。
第四、最后再看A區(qū):經(jīng)過(guò)計(jì)算,HCl的A區(qū)的總增加量為0.4960,扣除因反位相地雜化引起的電荷增加,HCl中電子轉(zhuǎn)移量為0.2905。
(如果所取的空間足夠大,格點(diǎn)足夠密,即與上面由C區(qū)、D區(qū)計(jì)算的轉(zhuǎn)移量應(yīng)是相等的。)
至此,得到HCl原子之間的轉(zhuǎn)移電荷為0.2845,中移電荷是0.0229。
三、另外的電荷計(jì)算設(shè)想:
象上面這樣對(duì)整個(gè)分子與相應(yīng)的分子片,作密度差以及作截面圖來(lái)進(jìn)行觀察,并不總是方便易行的,從上面例子看,我們只須對(duì)C區(qū)、D區(qū)進(jìn)行計(jì)算,就可以得知電荷的轉(zhuǎn)移量和中移量這樣的信息,因此在上篇帖子《從量子化學(xué)圖形解讀CH2O電子結(jié)構(gòu)》中提出了“部分密度差”的設(shè)想,因?yàn)橹粚?duì)分子中的H作密度差,簡(jiǎn)單記為HDD。
如果設(shè)分子為R-H,可以作出R-H的電子密度來(lái):RH-D.cub,這時(shí)這個(gè)指定的H是發(fā)生了電子得失變化了的。再作處于分子R-H中坐標(biāo)的孤立的H電子密度:H-D.cub。
在GsGrid程序中作RH-D.cub減去H-D.cub,即得到H這一部分的密度差:RH-HDD.cub,當(dāng)R的電負(fù)性大于H時(shí),只有這個(gè)指定的H處空間在RH-HDD.cub中為負(fù)值,進(jìn)入GsGrid后會(huì)自動(dòng)計(jì)算出H處負(fù)值的具體量。這個(gè)量當(dāng)然包含了轉(zhuǎn)移電荷和中移電荷。由于中移電荷只是轉(zhuǎn)移電荷的4%(HCl中)、3%(HF中)、1%(OH中),0.2%(NH中)。這計(jì)算出的H處負(fù)值,特別是在同系物時(shí),基本上就可以作為由于R的誘導(dǎo)效應(yīng),H失去的電荷量,以此來(lái)研究系列R的誘導(dǎo)效應(yīng)大小,并進(jìn)一步從H處負(fù)值導(dǎo)出基團(tuán)R的電負(fù)性。當(dāng)然我們還可以分別扣除中移電荷,作更精確一點(diǎn)的計(jì)算。此外,我們還可以分別對(duì)分子中各種選定的H作這種HDD,來(lái)考察分子各處的性質(zhì)。
當(dāng)然,如果發(fā)現(xiàn)有孤對(duì)電子lp向H上有反饋電荷,需要象上篇帖子那樣,將孤對(duì)電子lp略去,只考慮σ誘導(dǎo)電荷。它們是不同性質(zhì)、不同層次的電荷流動(dòng),要分別考慮。
四、這些電荷的真實(shí)又如何呢?
我們目前還不能把這種電荷作為一種物理量的具體數(shù)值測(cè)定出來(lái),所以尚無(wú)法確認(rèn)這個(gè)問(wèn)題。
我們只能算一系列的分子來(lái)研究這個(gè)問(wèn)題,看這種電荷的計(jì)算值是因分子而異的、相互之間沒(méi)有可比性的呢,還是具有普遍的一致性和定量可比性的呢?
我們將借助經(jīng)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)方法得到的電負(fù)性來(lái)驗(yàn)證上面求得的電荷與電負(fù)性是否有相關(guān)性和一致性,F(xiàn)在得到的結(jié)論是肯定的。近幾篇帖子只是下篇帖子的計(jì)算方法準(zhǔn)備,下篇帖子暫名為《電荷計(jì)算與電負(fù)性》。
或者還可以將這種分子中H原子電荷的計(jì)算量與H的NMR關(guān)聯(lián)起來(lái)考察,看相關(guān)性。
[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:25 ]
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不怕課題神一樣,就怕領(lǐng)導(dǎo)豬一樣.呵呵,樓上英明。LZ神武,學(xué)習(xí)了
thank you very much
不錯(cuò)哦,頂
好,很好,就是好
還是不太明白呵呵。
想向樓主請(qǐng)教:
具體用什么軟件得到計(jì)算結(jié)果呢?
是否可以計(jì)算帶電荷體系的電荷轉(zhuǎn)移情況?
具體操作主要步驟是:
1、首先要得到Δρ。這可參見(jiàn)我前面的帖子“《關(guān)于電子密度差Δρ》
(http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1653436&fpage=1”)操作是:
用GS計(jì)算得到全分子的wfn文件,wfn在Multiwfn程序中計(jì)算出全分子的電子密度ρ(1.cube文件);
然后分別用GS得到該分子中的各原子(或基團(tuán)、分子片)的wfn文件,wfn在Multiwfn程序中計(jì)算出它們各自的電子密度ρ(2.cube、3.cube、4.cube等);
在GsGrid程序(或Multiwfn程序中)用1.cube逐一減去2.cube、3.cube、4.cube等,得到10.cube,這就是Δρ。
10.cube在GV(或Multiwfn)可以看到Δρ的等值面圖或截面圖。在GsGrid程序(或Multiwfn程序中)得到的截面等值線圖,可以在sigmaplot程序中繪出精妙的圖。
2、將三維的10.cube在excel程序中打開(kāi),并觀察Δρ的截面圖,分清圖中各部分的x坐標(biāo)值的分界值,在excel中對(duì)三維的10.cube各段值求和,進(jìn)一步得到Δρ各段的電荷值。具體操作本帖已經(jīng)舉例說(shuō)明了,
,由于材料出身,對(duì)于電荷密度差就是老師說(shuō)的所謂的看著很漂亮,解釋起來(lái),頂多照抄別人,兩句話就是極限了!多多學(xué)習(xí)呀