基因片段測(cè)序的問(wèn)題
放線菌的保守序列PCR用來(lái)鑒別物種，用的通用引物，目標(biāo)16S片段理論上應(yīng)該是1500 bp左右，PCR之后和marker對(duì)照也是在1500 bp左右，但是送去華大基因測(cè)序之后返回的結(jié)果只有1250 bp左右，測(cè)了兩次都是這樣，PCR產(chǎn)物是用割膠回收的方法純化后送樣測(cè)序的。這個(gè)問(wèn)題可能是出在什么地方呢？謝謝。
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
有可能仍存在非特異性擴(kuò)增，由于1500bp和1250bp差距不大，通過(guò)膠回收不一定能有效的將兩者區(qū)分開。建議做TA克隆。另外做鑒別物種，通過(guò)比對(duì)即可，不一定非要1500bp啊。
嗯，因?yàn)槭氰b定細(xì)菌的保守序列，一般不會(huì)有這種非特異性擴(kuò)增�，F(xiàn)在想會(huì)不會(huì)是測(cè)序的問(wèn)題？長(zhǎng)度大于1000bp 一個(gè)反應(yīng)測(cè)不通。 鑒別物種倒可以，就是上傳序列到NCBI 時(shí)一直提示序列有問(wèn)題。說(shuō)是有嵌合體（chimera）的存在
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