印度檀香是一種重要的熱帶常綠樹種，因其心材提煉的芳香精油及用作木刻的木材而聞名。檀香（Santalum album L. ）為檀香科植物的心材。常綠小喬木，高6～9米，具寄生根。分布印度、馬來西亞、澳大利亞及印度尼西亞等地。中國(guó)臺(tái)灣亦有栽培。全年可采。檀香樹被稱為“黃金之樹”，因?yàn)樗�全身幾乎都是寶。采得后切成小段，除去邊材（制造檀香器具時(shí)，剩下的碎材，亦可利用）。檀香還具有重要的藥用價(jià)值。

        作者整合了基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)以及蛋白組學(xué)的方法用以組裝和注釋印度檀香的基因組。通過這一系列的方法，作者獲得了目前為止木本植物中最小的一個(gè)基因組草圖，基因大小為221Mb。基因組注釋共預(yù)測(cè)到了38119個(gè)蛋白編碼基因和27.42%的重復(fù)序列元件。深入的蛋白組分析鑒定了72325個(gè)特有的多肽，并驗(yàn)證了10076個(gè)預(yù)測(cè)的基因。另外的轉(zhuǎn)錄組和蛋白組分析共鑒定了53個(gè)新的基因，并糾正了34注釋錯(cuò)誤。蛋白組學(xué)的分析還重新定義了之前的1348個(gè)非編碼RNA作為真的蛋白編碼mRNA。RNA和蛋白水平的基因表達(dá)模式顯示肽測(cè)序可以作為捕獲由核或者細(xì)胞器基因編碼的蛋白的有效方法。

        基于質(zhì)譜分析的蛋白鑒定提供了一個(gè)無偏蛋白鑒定方法，可用于鑒定由細(xì)胞器所編碼的蛋白。由于轉(zhuǎn)錄組僅能夠富集含poly-A尾巴的mRNA，所以這些蛋白在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中會(huì)丟失。綜上，利用多組學(xué)的綜合鑒定方法增加了非模式植物的組裝和注釋質(zhì)量。本文所提供的基因組、轉(zhuǎn)錄組以及蛋白組的信息有利于以后對(duì)于印度檀香的基因組輔助育種、種質(zhì)鑒定以及保存。 返回小木蟲查看更多