3-5個，看是動物樣本還是臨床樣本。

沒有什么規(guī)定，看問題，比如研究對象就是某個細胞系，這種最多送兩個重復，甚至沒有重復也可以。再比如研究的是某個疾病，采用不同病人的樣品，那么你可能需要送好多個病人樣品，從中找到一致趨勢。

曾經(jīng)有一篇文章討論過這個問題，主要觀點如下，
二代測序及基因芯片技術(shù)使得過去的十多年涌現(xiàn)出大量關(guān)于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人員沒有注意到，基因表達的異質(zhì)性不僅僅是由技術(shù)誤差導致的�；�因表達是一個相對隨機的過程，同一類型樣本中的不同個體，基因的表達可能會不一樣。一般來說，基因表達的異質(zhì)性（Var(Expr)）可以被分解為以下三個部分：




Var(Expr) = Across Group Variability + Measurement Error + Biological Variability。



Across Group Variability即由于不同的處理或不同的細胞類型等導致的表達水平差異，即通常所說的組間差異。例如，腫瘤樣本與正常樣本之間的表達差異。



Measurement Error指實驗或測序過程中的技術(shù)誤差。技術(shù)誤差會導致一定的基因表達異質(zhì)性，但其可以通過對同一樣本進行多次實驗/測序（即技術(shù)重復）來消除。



Biological Variability指同一分組的不同樣本之間的表達差異。即使排除掉Measurement Error，這種樣本間的表達差異也是存在的，即無法通過測序來消除Biological Variability。



在實驗設(shè)計中，如果關(guān)注的是組間差異（Across Group Variability），那么Measurement Error和Biological Variability就會成為影響分析結(jié)果的因素。



Measurement Error可以通過技術(shù)重復來消除，但是Biological Variability為何不能通過測序來消除。因此只要你關(guān)注組間差異，不論是哪種測序數(shù)據(jù)都需要重復樣本。具體關(guān)于甲基化的數(shù)據(jù)，你可以去檢索一下易基因的公眾號，他們專門做甲基化的，我記得里面有專門的文章解讀了需不需要重復的問題

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請問如果實驗組和對照組都是臨床樣本的混樣，設(shè)置兩個技術(shù)重復可行嗎？