得到一株菌的全基因組，怎么知道和哪個(gè)已公布的菌株關(guān)系最近？
請(qǐng)問能否在NCBI上提交全基因組進(jìn)行blast？
提交部分序列的話到是能出結(jié)果，但提交不同序列結(jié)果也不一樣，我想最準(zhǔn)的應(yīng)該是全基因組blast，但提交后網(wǎng)頁(yè)總是刷新出不來結(jié)果，1小時(shí)后網(wǎng)頁(yè)就出錯(cuò)了。不知是我這個(gè)思路不對(duì)，還是目前的技術(shù)不支持？是不是有其他的方法？
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
這個(gè)幾乎不可能，基因組序列太大，blast比對(duì)無法完成，最好的辦法是進(jìn)行本地blast
全基因組不要用blast，試下ani 或者mash
先比較16S或18S，同源性高的菌種下載基因組序列，在線分析ANI和GGDC
JSpecies Web Server (https://jspecies.ribohost.com/jspeciesws)
genome-to-genome distance calculator (GGDC) website (https://ggdc.dsmz.de/distcalc2.php)，
比較16S或18S就夠了