利用MEGA建立發(fā)育樹，有幾株目標(biāo)菌株在樹里總是沒(méi)有相似序列
目標(biāo)菌株N3 N12 N13 N14這幾個(gè)總是游離在外，不管如何增刪序列，求助如何解決這個(gè)問(wèn)題
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
我認(rèn)為你建樹的挑的序列有問(wèn)題。如果你這些菌株不是同一種菌，應(yīng)該分別建樹，每一棵樹，用的都是同一種菌的序列。在一棵樹上把多種菌都列出來(lái)，我是沒(méi)見(jiàn)過(guò)。你在知網(wǎng)上搜一下“16S 分離鑒定”，基本上出來(lái)的文章里都有建樹，自己分析以下每一個(gè)研究者建樹所選擇的序列。如有誤，請(qǐng)大家批評(píng)指正，
你可以檢查下用的序列，是否“反向互補(bǔ)了”。我之前做分類的時(shí)候，就是因?yàn)楣痉到o我的測(cè)序數(shù)據(jù)是反向互補(bǔ)的，建樹就一直游離在外面。如果沒(méi)有反向互補(bǔ)，建議到NCBI上進(jìn)行blast，確定是哪個(gè)屬，以防材料被污染。