求助單茂金屬配合物的過渡態(tài)，茂環(huán)不旋轉(zhuǎn)的問題
尋找烯烴配位到單茂金屬配合物上的過渡態(tài)，由于茂環(huán)不是對稱的，環(huán)戊二烯上取代了四個(gè)甲基和一個(gè)三甲基硅基，我在尋找過渡態(tài)時(shí)，看優(yōu)化過程發(fā)現(xiàn)茂環(huán)并沒有沿著茂環(huán)中點(diǎn)與中心金屬的連線轉(zhuǎn)動(dòng)，盡管這樣找出來的過渡態(tài)的振動(dòng)方向和IRC都符合預(yù)期。但茂環(huán)的位置會(huì)影像能量計(jì)算，怎樣才能找到最低點(diǎn)呢？
輸入文件和輸出文件已經(jīng)提供。
求解該如何應(yīng)對？
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
原理上來說 IRC曲線是沿著反應(yīng)方向維度的勢能曲線。而在其它坐標(biāo)維度上應(yīng)該就是最低點(diǎn)，既然曲線上不發(fā)生旋轉(zhuǎn)，很大可能就是本來就是處于最穩(wěn)定的位置了。你可以對當(dāng)前的過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)做一個(gè)剛性掃描看看。人為的旋轉(zhuǎn)一下那個(gè)環(huán) 算算不同結(jié)構(gòu)下的單點(diǎn)能 看看能量怎么變化。
只要你IRC兩側(cè)的中間體已經(jīng)處于能量最低點(diǎn) （這個(gè)只能用剛性掃描去轉(zhuǎn)角度驗(yàn)證。 相當(dāng)于就是找能量最低的構(gòu)象。） 那么整個(gè)IRC這條曲線上的所有點(diǎn)就都會(huì)是在在旋轉(zhuǎn)二面角這個(gè)維度上的能量最低點(diǎn)了。并不需要一一驗(yàn)證這條IRC上的所有點(diǎn)了
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