分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化之前如何掃描
求助各位大神，我做了個分子結(jié)構(gòu)優(yōu)化，有條審稿意見是
The studied molecule can present several minina, a scan on the dihedral angle 4-3-10-15 is necessary before proceeding to the other calculations.
請問這個scan要怎么做呢？謝謝大家
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號
在gjf文件里用內(nèi)坐標(biāo)，不要用直角坐標(biāo)，然后用關(guān)鍵詞opt=modredundant，末尾加上二面角的掃描范圍
具體方法可以看我這個教程的1.10.3節(jié) http://www.gaoyang168.com/t-14242735-1，具體如截圖。
同時這個帖子的附件6就是一個如何用GaussView設(shè)置柔性掃描的動圖。
QQ截圖20200721091154.png
你好，請問掃描的目的是什么，掃描完之后需要做什么呢？
所謂掃描的意思是 高斯按照你設(shè)置的變量 每隔一個角度或者長度算一次能量然后把它們畫成一張圖。你可以看到能量隨著你掃描的變量變化的曲線 這個曲線出現(xiàn)的低點(diǎn)就是可能存在的穩(wěn)定結(jié)構(gòu) 。你把所有可能的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)都做一次結(jié)構(gòu)優(yōu)化 算出來能量 比較一下誰高誰低 或者用boltzman distribution算算看每一個穩(wěn)定結(jié)構(gòu)的占比是多少
版主的回復(fù)對我?guī)椭艽螅浅８兄x，現(xiàn)在迷惑的是我用B3LYP/6-311G掃描勢能在-1992左右，而用b3lyp/lanl2dz掃描的勢能在-656左右，基組不同，勢能會差異這么大嗎？
一個是全電子基組 一個是贗勢基組 比較絕對的能量一定是差很多的。而且一般元素周期表前三行的元素不使用贗勢基組比如 lanl2dz。 而從第四周期開始的元素 則不使用6-311G系列。如果你的分子中輕重原子都有 那就應(yīng)該對不同原子使用不同的基組，也就是混合基組。
版主，我做的勢能掃描如圖片，可以直接認(rèn)為紅圈所標(biāo)注的點(diǎn)就是穩(wěn)定結(jié)構(gòu)嗎？非常感謝
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