gromacs計算速度
實驗室有兩臺工作站，cpu相同，均沒有g(shù)pu，只有內(nèi)存差別，一個256g，一個384g，但是我在兩臺機(jī)器上計算一樣的模型速度差別很大，內(nèi)存高的快很多，但我看計算時，內(nèi)存占用率并不高，cpu占用率都是一樣的，是什么原因呢？慢的那臺是不是安裝gromacs的時候哪里設(shè)置不對，還是計算速度與內(nèi)存關(guān)系很大？望高手指點
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可能是gromacs單雙精度問題，?不確定雙精度是否會慢
跟內(nèi)存條數(shù)量可能有關(guān)系。
沒有GPU，你還想要多快
跟內(nèi)存條數(shù)量可能有關(guān)系。不知道你的cpu型號，我們最近配置了一臺96線程的工作站，我這個cpu貌似是16通道的，所以在傳輸數(shù)據(jù)的時候，如果16個內(nèi)存條都插滿，就可以一起傳輸。但是如果沒有插滿，比如只有10個，那其他6個傳輸?shù)臅r候，就要先等那10傳輸完，再傳輸。所以10跟16g的內(nèi)存雖然一共有160g的內(nèi)存，但是傳輸速率還不如16個4g的，雖然后者只有前者不到一半的內(nèi)存。就好比，你拿10量卡車把16本書運送到16個地方，就不如我用16個小火車運送16本書。反正總量始終是超過的，那個數(shù)就很重要了。
非常感謝您的回復(fù)，我今天看了下我們的工作站，其中一臺16個插槽，插了12個32g的內(nèi)存條，總共384g，另一臺也是16個插槽，插了16個16g的內(nèi)存條，總共256g但是有四個插槽識別不了，可能是壞了，可用只有192g，也就是12個16g，跟那臺電腦插的內(nèi)存條數(shù)量應(yīng)該是一樣的，只有單個內(nèi)存條大小不一樣，但是運行速度確實慢很多倍，我們的cpu都是一樣的，型號是Intel Xeon E5-2630 v3 2.4GHz *2 16核 32線程，還是不知道什么原因慢5倍左右
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