真核轉(zhuǎn)錄組測序
想要做真菌的有參轉(zhuǎn)錄組測序，已經(jīng)做了該菌基因組的de nove的二三代聯(lián)用測序。但是有點(diǎn)不太明白，轉(zhuǎn)錄組測序平臺(tái)使用的是二代測序平臺(tái)，那基因組做三代測序有什么意義嗎？
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三代測序read更長，有利于assemble參考基因組
那我們做的二三代聯(lián)用基因組測序，還是二代測序結(jié)果為基礎(chǔ)，三代測序只是做了進(jìn)一步的完善。是這個(gè)意思嗎？我有些搞不懂用二代三代聯(lián)用獲得的基因組測序數(shù)據(jù)是什么含義。而且既然轉(zhuǎn)錄組測序是二代的，那么用這種方法是如何進(jìn)行分析的？非常感謝
我覺得你的描述中涉及到兩個(gè)不太相關(guān)的問題，不應(yīng)該兩個(gè)問題混在一起討論。1）二代+三代基因組測序是一個(gè)問題，二三代一起測，可以更好的assemble一個(gè)參考基因組。因?yàn)槎鷾y序很準(zhǔn)，但由于太短（最長一般也就2*250bp左右），很難解決基因組中的重復(fù)區(qū)域的assemble。三代測序雖然錯(cuò)誤率比較高，但測序比較長，在assemble過程中可以起到指向標(biāo)的作用，幫助解決重復(fù)區(qū)域拼接的問題。2）轉(zhuǎn)錄組測序可以用二代或三代，但轉(zhuǎn)錄本一般沒有那么長（三代可以到1Mb以上），且三代的錯(cuò)誤率比較高。因此目前一般用二代測序轉(zhuǎn)錄組。后續(xù)分析可以用常規(guī)流程：表達(dá)量定量、差異表達(dá)基因?qū)ふ摇⒐δ芨患�、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等
，
是這樣，我們基因組測序用的是華大的BGI平臺(tái)，但是其他公司使用的是Illumina平臺(tái)。如果我們轉(zhuǎn)錄組想去別的公司去做，有的公司說，平臺(tái)不一樣，雖然可以分析，但是可能會(huì)有影響。有的公司說沒有關(guān)系。所以就比較混亂。希望能指導(dǎo)一下。非常感謝�。�！
理論上講不同平臺(tái)測出的序列應(yīng)該是一致的（本來就應(yīng)該這樣），但由于平臺(tái)有各自的bias，所以測出的結(jié)果稍微不同。但這個(gè)不同對(duì)分析結(jié)果的影響有多大，我覺得在不同分析中可能不同，但總體可能沒有那么大的影響。
此外，數(shù)據(jù)已經(jīng)測了，如果不能重新測序（換成一致的平臺(tái)），數(shù)據(jù)還是得分析，即不管有沒有影響，你還是得做分析。
所以，我覺得先分析吧，具體的看分析結(jié)果。保持一致的平臺(tái)，可能被質(zhì)疑的概率小一些。