autodock配體結(jié)構(gòu)化學(xué)鍵錯亂
使用autodock進行分子對接使，打開的配體結(jié)構(gòu)化學(xué)鍵錯亂（如下圖），但在pymol和chimera里面打開是對的，請問是什么原因呢？求助各位，非常感謝！
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看不見圖，不知道你的小分子是什么格式的，有可能是不兼容
本來是sdf格式，在pymol里打開保存成pdb格式了。
沒找到上傳圖片的地方。。。￣□￣｜｜
，
autodock可以識別pdb格式，但是化學(xué)鍵會錯配，sdf格式識別不了。
可能是分子結(jié)構(gòu)沒有處理好，百度搜索【小工具教程 準(zhǔn)備化合物結(jié)構(gòu)】處理下。推薦用DOCK 6來對接，免費而且計算準(zhǔn)確。搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子對接(DOCK6)】計算教程，簡單操作，能分析八大經(jīng)典相互作用。