如何利用MS計(jì)算水的自擴(kuò)散系數(shù)
各位老師和科研兄弟姐妹們，我想用MS計(jì)算水的自擴(kuò)散系數(shù)，但是算的值一直比實(shí)驗(yàn)值2.39e-9大兩倍左右。計(jì)算方法如下。
1.Amorphous建立含有500個(gè)水分子的體系并進(jìn)行g(shù)eometry優(yōu)化，
2.NPT系綜，COMPASS力場(chǎng)，控溫veolicity-scale,控壓-berendsen,靜電作用-Ewald, VDW-atom based,cut-off為盒子的一半，500ps模擬
3.密度穩(wěn)定后，切換到NVT系綜，控溫NHL,非鍵作用同上，1000ps模擬
4.設(shè)置sets后，對(duì)XTD進(jìn)行MSD再計(jì)算斜率
不知哪里出了問(wèn)題，請(qǐng)各位指點(diǎn)一二。
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500ps夠么
500ps跑完之后做了RDF，g(r)=1了已經(jīng)
，
新手求教，請(qǐng)問(wèn)你解決這個(gè)問(wèn)題了嗎？我計(jì)算的npt系綜之后密度變小，溫度升高，算出來(lái)的擴(kuò)散系數(shù)也差不多是實(shí)驗(yàn)值的兩倍。。。請(qǐng)問(wèn)怎么解決啊