有人用sparcc做過microbiome network analysis嗎
如題,
手上有細(xì)菌16S rRNA的擴(kuò)增子測序數(shù)據(jù)。打算看看OTU之間的相關(guān)性如何
(主要有三個(gè)感興趣的OTU,想了解它們對(duì)宿主上的其他菌十分有促進(jìn)或抑制作用,所以想從正負(fù)相關(guān)上推斷下)。
翻看網(wǎng)頁似乎用得比較多的是sparcc
想請(qǐng)教有相關(guān)經(jīng)驗(yàn)的大神具體代碼和參數(shù),可私信我!
謝謝
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