Siesta 分子動(dòng)力學(xué)模擬，10x10x10的盒子里將氫分子旋轉(zhuǎn)90度，控溫效果為什么會(huì)不同？
在10x10x10的盒子里，做單個(gè)H2分子動(dòng)力學(xué)模擬，目標(biāo)溫度為30k。在input.fdf文件里只改變了H2的坐標(biāo)（鍵長(zhǎng)不變，僅僅旋轉(zhuǎn)一定角度），控溫效果卻完全不同: 兩個(gè)氫原子沿著y方向，溫度在8到31 k范圍內(nèi)波動(dòng)；旋轉(zhuǎn)為沿著z方向，溫度在28到31 k范圍內(nèi)波動(dòng)。我用了不同的熱浴方法，結(jié)果差不多。單個(gè)水分子也存在這種情況。有哪位大佬知道是什么原因？
返回小木蟲查看更多
今日熱帖
京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
暫時(shí)似乎難判斷。是否嘗試過對(duì)分子平移很小的一個(gè)長(zhǎng)度，看看是否有差異？如果仍然差異明顯我覺得可能是密度網(wǎng)格或其他精度不足引起的。
我還跑過2個(gè)H2和2個(gè)H2O分子的，也會(huì)出現(xiàn)上面的情況
一個(gè)是基組試一下用平滑的限制勢(shì)產(chǎn)生，另一個(gè)就是網(wǎng)格稍微密集一些，你看下旋轉(zhuǎn)之后能量和力有什么變化，先排除一下這方面原因試試
，
不太明白“基組試一下用平滑的限制勢(shì)產(chǎn)生”