蛋白質(zhì)小分子結(jié)合解析
各位大神，小弟最近接觸蛋白質(zhì)小分子相互作用分析，想請(qǐng)教一下用什么方法可以測(cè)定蛋白質(zhì)和小分子如何共價(jià)結(jié)合？
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
共價(jià)結(jié)合？變性膠電泳看條帶遷移，或者一級(jí)質(zhì)譜，可以證明共價(jià)結(jié)合了。二級(jí)質(zhì)譜可以分析結(jié)合位點(diǎn)。
您好，目前我可以確認(rèn)是共價(jià)結(jié)合，我現(xiàn)在想要探究到底結(jié)合位點(diǎn)是什么，您講的二級(jí)質(zhì)譜是？哪里可以測(cè)試？
二級(jí)質(zhì)譜就是將蛋白酶切之后鑒定肽段序列，第一級(jí)看肽段總分子量，二級(jí)看該肽段斷裂之后的碎片，從而鑒定出小分子修飾的位置、理想情況下可以看出具體修飾在哪個(gè)氨基酸上面。
我是用系里自己的質(zhì)譜，不對(duì)外。您可以看看您所在機(jī)構(gòu)有沒有相應(yīng)的儀器。
好的，謝謝指點(diǎn)。另外，想請(qǐng)教一下您如果小分子和蛋白質(zhì)是非共價(jià)結(jié)合，是否能在結(jié)合后跑SDS膠，最終還能在目標(biāo)蛋白膠條中找到小分子
，
理論上不會(huì)，但實(shí)際上是有一定可能性的，取決于結(jié)合強(qiáng)度。比如streptavidin和biotin的結(jié)合，sds-Page也分不開。