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li李曉曉

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8樓: Originally posted by 月只藍(lán) at 2016-03-30 12:43:01
不需要兩個(gè)階段一起完成，分開也不影響。
不要人為規(guī)定計(jì)算用多少時(shí)間，如果系統(tǒng)沒平衡，再計(jì)算一段時(shí)間即可。平衡階段用時(shí)應(yīng)當(dāng)有彈性，直到平衡達(dá)到了，再進(jìn)行下一步的數(shù)據(jù)分析。
此外，建議舍棄用Discover模塊， ...

我看Forcite模塊里面沒有minimizer，那是不是可以不用結(jié)構(gòu)優(yōu)化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味著結(jié)構(gòu)最優(yōu)了，我能把結(jié)構(gòu)優(yōu)化和松弛過程理解為可以合二為一嗎？

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11樓2016-03-30 16:16:35

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沒用過Forcite，分析軌跡的時(shí)候可以選取范圍嗎?

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12樓2016-03-30 16:18:28

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7樓: Originally posted by zmy0714 at 2016-03-30 12:30:02
一般是一步完成，根據(jù)構(gòu)象的穩(wěn)定性，確定提取數(shù)據(jù)的范圍。只有大致穩(wěn)定了就行。

樓主意思是我在進(jìn)行軌跡分析的時(shí)候是可以自己設(shè)定分析范圍的嗎?

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13樓2016-03-30 16:19:55

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10樓: Originally posted by czj1019 at 2016-03-30 16:09:58
請(qǐng)問你是怎么設(shè)置的
...

Dynamics模塊里邊先設(shè)定跑100ps，結(jié)束后用當(dāng)下的模型再跑100ps

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14樓2016-03-30 16:22:34

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★ ★ ★ ★ ★
li李曉曉: 金幣+5, ★★★很有幫助 2016-03-30 16:27:48

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11樓: Originally posted by li李曉曉 at 2016-03-30 16:16:35
我看Forcite模塊里面沒有minimizer，那是不是可以不用結(jié)構(gòu)優(yōu)化就直接跑平衡呢，平衡是不是就意味著結(jié)構(gòu)最優(yōu)了，我能把結(jié)構(gòu)優(yōu)化和松弛過程理解為可以合二為一嗎？...

Discover中minimizer和Forcite 中幾何優(yōu)化功能是一樣的。
Forcite模塊的功能完全覆蓋Discover，如果沒記錯(cuò)的話，新版MS已經(jīng)移除了Discover這個(gè)模塊。
幾何優(yōu)化之后再跑平衡的目的是為了讓平衡更快達(dá)到，不作幾何優(yōu)化，直接跑MD以平衡，也沒什么問題。

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15樓2016-03-30 16:24:23

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12樓: Originally posted by li李曉曉 at 2016-03-30 16:18:28
沒用過Forcite，分析軌跡的時(shí)候可以選取范圍嗎?...

Forcite模塊的MD結(jié)果分析功能只會(huì)比Discover中的強(qiáng)大。
難道你的MS版本里面，Discover模塊還有自帶的結(jié)果分析功能？
如果有的話，你的MS版本就太舊了。至少升級(jí)到MS6.0以上。
MS 7.0擴(kuò)充了COMPASS力場(chǎng)，8.0提升了Dmol3的計(jì)算效率，這些都是很顯著的功能升級(jí)。

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16樓2016-03-30 16:26:54

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13樓: Originally posted by li李曉曉 at 2016-03-30 16:19:55
樓主意思是我在進(jìn)行軌跡分析的時(shí)候是可以自己設(shè)定分析范圍的嗎?...

可以。

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17樓2016-03-30 16:27:11

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16樓: Originally posted by 月只藍(lán) at 2016-03-30 16:26:54
Forcite模塊的MD結(jié)果分析功能只會(huì)比Discover中的強(qiáng)大。
難道你的MS版本里面，Discover模塊還有自帶的結(jié)果分析功能？
如果有的話，你的MS版本就太舊了。至少升級(jí)到MS6.0以上。
MS 7.0擴(kuò)充了COMPASS力場(chǎng)，8. ...

是的呢，我用的5.5版本，因?yàn)橹耙恢庇X得Forcite不好用，最開始學(xué)的是Discover模塊，F(xiàn)orcite是不是鍵能、鍵長(zhǎng)、分子質(zhì)心移動(dòng)這些都可以算哈

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18樓2016-03-30 16:49:39

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17樓: Originally posted by 月只藍(lán) at 2016-03-30 16:27:11
可以。...

哦，功能這么強(qiáng)大，也謝謝你這么耐心詳細(xì)的回復(fù)哦，等金幣多了，多送你幾多小紅花，謝謝！

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19樓2016-03-30 16:54:05

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Forcite里面有一個(gè)Geometry optiminization ,是用這個(gè)進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化吧

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20樓2016-04-05 14:22:35

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