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bay__gulf

金蟲 (著名寫手)

劉蘇州

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lei0736(金幣+2):謝謝 2010-03-24 10:37

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Originally posted by 200472027 at 2010-03-19 20:30:14:
計算RMSD的腳本中
for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } {
set sel [atomselect top "protein and backbone and noh" frame $i]
set all [atomselect top all frame $i]
$all mov ...

這步不可以省略
蛋白質(zhì)在run 的過程中會發(fā)生平移和旋轉(zhuǎn), 這些運動不影響結(jié)構(gòu)變化
這句就是扣除這兩種運動方式

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141樓2010-03-19 21:45:49

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200472027

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142樓2010-03-19 23:15:49

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zh1987hs

金蟲 (著名寫手)

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Bay兄好，我在進行一個含有NAD的脫氫酶的分子動力學模擬，利用VMD進行PSF文件的準備，整個過程是這樣的，利用Pymol加氫，在TOP文件中除了默認的那個之外還加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str,加水盒，再寫NAMD的CONFIG文件時，par文件同樣加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str，可是在最后的運行中出現(xiàn)了能量最小化無法進行，問題程序如下：

D:\namd>namd2 BphBW.namd
Charm++: standalone mode (not using charmrun)
Info: NAMD 2.6 for Win32-i686
Info: Based on Charm++/Converse 50900 for net-win32-smp
Info: Built Wed Aug 30 14:13:15 2006 by administrator on malta
Info: Running on 1 processors.
Info: 0 kB of memory in use.
Info: Memory usage based on nothing
Info: Configuration file is BphBW.namd
TCL: Suspending until startup complete.
Info: SIMULATION PARAMETERS:
Info: TIMESTEP             1
Info: NUMBER OF STEPS       0
Info: STEPS PER CYCLE       20
Info: LOAD BALANCE STRATEGY  Other
Info: LDB PERIOD          4000 steps
Info: FIRST LDB TIMESTEP    100
Info: LDB BACKGROUND SCALING 1
Info: HOM BACKGROUND SCALING 1
Info: MAX SELF PARTITIONS 50
Info: MAX PAIR PARTITIONS 20
Info: SELF PARTITION ATOMS 125
Info: PAIR PARTITION ATOMS 200
Info: PAIR2 PARTITION ATOMS  400
Info: MIN ATOMS PER PATCH 100
Info: INITIAL TEMPERATURE 298
Info: CENTER OF MASS MOVING INITIALLY? NO
Info: DIELECTRIC          1
Info: EXCLUDE             SCALED ONE-FOUR
Info: 1-4 SCALE FACTOR    1
Info: DCD FILENAME          D:/namd/BphBW.dcd
Info: DCD FREQUENCY       50
Info: DCD FIRST STEP       50
Info: XST FILENAME          D:/namd/BphBW.xst
Info: XST FREQUENCY       50
Info: NO VELOCITY DCD OUTPUT
Info: OUTPUT FILENAME       D:/namd/BphBW
Info: RESTART FILENAME    D:/namd/BphBW.restart
Info: RESTART FREQUENCY    1000
Info: SWITCHING ACTIVE
Info: SWITCHING ON          9
Info: SWITCHING OFF       10
Info: PAIRLIST DISTANCE    12
Info: PAIRLIST SHRINK RATE 0.01
Info: PAIRLIST GROW RATE    0.01
Info: PAIRLIST TRIGGER    0.3
Info: PAIRLISTS PER CYCLE 2
Info: PAIRLISTS ENABLED
Info: MARGIN                0
Info: HYDROGEN GROUP CUTOFF  2.5
Info: PATCH DIMENSION       14.5
Info: ENERGY OUTPUT STEPS 100
Info: CROSSTERM ENERGY INCLUDED IN DIHEDRAL
Info: TIMING OUTPUT STEPS 1000
Info: USING VERLET I (r-RESPA) MTS SCHEME.
Info: C1 SPLITTING OF LONG RANGE ELECTROSTATICS
Info: PLACING ATOMS IN PATCHES BY HYDROGEN GROUPS
Info: NONBONDED FORCES EVALUATED EVERY 2 STEPS
Info: RANDOM NUMBER SEED    1269358131
Info: USE HYDROGEN BONDS? NO
Info: COORDINATE PDB       D:/namd/BphBW.pdb
Info: STRUCTURE FILE       D:/namd/BphBW.psf
Info: PARAMETER file: CHARMM format!
Info: PARAMETERS          D:/Program Files/University of Illinois/VMD/plugins
/noarch/tcl/readcharmmpar1.1/par_all27_prot_lipid_na.inp
Info: PARAMETERS          D:/namd/toppar/stream/toppar_all27_na_nad_ppi.str
Info: USING ARITHMETIC MEAN TO COMBINE L-J SIGMA PARAMETERS

Warning: DUPLICATE ANGLE ENTRY FOR CPH1-NR1-CPH2
PREVIOUS VALUES  k=130  theta0=107.5 k_ub=0 r_ub=0
USING VALUES  k=130  theta0=107 k_ub=0 r_ub=0
Info: SKIPPING rtf SECTION IN STREAM FILE
Warning: SKIPPING PART OF PARAMETER FILE AFTER RETURN STATEMENT
Info: SUMMARY OF PARAMETERS:
Info: 307 BONDS
Info: 769 ANGLES
Info: 1254 DIHEDRAL
Info: 81 IMPROPER
Info: 6 CROSSTERM
Info: 190 VDW
Info: 0 VDW_PAIRS
Info: ****************************
Info: STRUCTURE SUMMARY:
Info: 57466 ATOMS
Info: 39760 BONDS
Info: 25471 ANGLES
Info: 11235 DIHEDRALS
Info: 692 IMPROPERS
Info: 279 CROSSTERMS
Info: 0 EXCLUSIONS
Info: 172395 DEGREES OF FREEDOM
Info: 19860 HYDROGEN GROUPS
Info: TOTAL MASS = 349765 amu
Info: TOTAL CHARGE = -5 e
Info: *****************************
Info: Entering startup phase 0 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 1 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 2 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 3 with 0 kB of memory in use.
Info: PATCH GRID IS 5 BY 8 BY 6
Info: REMOVING COM VELOCITY 0.0200817 -0.00200932 -0.0315461
Info: LARGEST PATCH (101) HAS 340 ATOMS
Info: CREATING 4195 COMPUTE OBJECTS
Info: Entering startup phase 4 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 5 with 0 kB of memory in use.
Info: Entering startup phase 6 with 0 kB of memory in use.
Measuring processor speeds... Done.
Info: Entering startup phase 7 with 0 kB of memory in use.
Info: CREATING 4195 COMPUTE OBJECTS
Info: NONBONDED TABLE R-SQUARED SPACING: 0.0625
Info: NONBONDED TABLE SIZE: 705 POINTS
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN FAST TABLE ENERGY: 1.69407e-021 AT 9.89634
Info: RELATIVE IMPRECISION IN FAST TABLE ENERGY: 1.52418e-014 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN FAST TABLE FORCE: 8.47033e-022 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN FAST TABLE FORCE: 6.77309e-016 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWA TABLE ENERGY: 1.57772e-030 AT 9.89634
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWA TABLE ENERGY: 4.54938e-015 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWA TABLE FORCE: 5.91646e-031 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWA TABLE FORCE: 5.6823e-016 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWB TABLE ENERGY: 4.71751e-025 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWB TABLE ENERGY: 1.45371e-014 AT 9.94673
Info: ABSOLUTE IMPRECISION IN VDWB TABLE FORCE: 6.20385e-025 AT 9.94673
Info: RELATIVE IMPRECISION IN VDWB TABLE FORCE: 5.97512e-016 AT 9.94673
Info: Entering startup phase 8 with 0 kB of memory in use.
Info: Finished startup with 0 kB of memory in use.
TCL: Minimizing for 1000 steps
Warning: Bad global exclusion count, possible error!
Warning: Increasing cutoff during minimization may avoid this.
ETITLE:    TS          BOND       ANGLE       DIHED       IMPRP
      ELECT          VDW    BOUNDARY          MISC       KINETIC
      TOTAL          TEMP       TOTAL2       TOTAL3       TEMPAVG

ENERGY:    0 5244966.2491       -1.#IND       1.#QNB       1.#QNB
-199915.8640  99999999.9999       0.0000       0.0000       0.0000
      1.#QNB       0.0000       1.#QNB       1.#QNB       0.0000

OPENING EXTENDED SYSTEM TRAJECTORY FILE
INITIAL STEP: 1e-006
GRADIENT TOLERANCE: 1.#QNAN
在這里就進行不下去，推測原因如程序中提到的，增大CUTOFF值貌似也不好用，請Bay兄指點一下可能的原因~謝謝

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143樓2010-03-23 23:40:57

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lei0736(金幣+2):謝謝 2010-03-24 10:37

引用回帖:

Originally posted by zh1987hs at 2010-03-23 23:40:57:
Bay兄好，我在進行一個含有NAD的脫氫酶的分子動力學模擬，利用VMD進行PSF文件的準備，整個過程是這樣的，利用Pymol加氫，在TOP文件中除了默認的那個之外還加上了toppar_all27_na_nad.ppi.str,加水盒，再寫NAMD的C ...

最可能是par 文件有問題,也可能是構(gòu)形的問題

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144樓2010-03-24 08:48:25

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-03-24 08:48:25:

最可能是par 文件有問題,也可能是構(gòu)形的問題

bay兄，我在打開那個含有NAD的str文件后，上面說應該先讀入XX.RTF和XX.PRM文件，意思是不是說我在載入STR文件前，應當先吧上述兩個文件加到TOP文件和PAR文件的選項里？出現(xiàn)之前問題的原因還有沒有可能是我沒有給分子加PATCH?

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145樓2010-03-24 14:01:30

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146樓2010-03-25 19:21:58

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lei0736(金幣+3):謝謝 2010-03-26 09:07

可以把力放在xyz列中,這個pdb文件就是存儲力而不是坐標的了
如果給每個水(OH2)施加+z 方向的0.02大小的力
$all set {x y z} {0 0 0}
$wat set {x y z} {0 0 0.02}

如果要做跨膜傳輸, 記得膜中的水不要加力

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147樓2010-03-25 20:14:26

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148樓2010-03-25 20:25:01

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lei0736(金幣+3):謝謝 2010-03-26 09:07

分子模擬文集:膜蛋白的MD模擬

至于蛋白晶體結(jié)構(gòu)中的水是否要刪除,這個看情況.那些不可或缺的水在晶體中往往起著橋連的作用,刪除后外部的水再次進入需要一定時間,蛋白在這段時間可能會發(fā)生變形.而如前所述,蛋白在膜中和晶體中的結(jié)構(gòu)往往不同,如果在膜中的結(jié)構(gòu)不需要那些水,則應該刪除.如果不能確定可以按照前者的建議,但此時還需注意水的segname.

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149樓2010-03-25 22:25:42

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150樓2010-03-25 22:33:55

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