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zhangguangping

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zzy870720z(金幣+1):謝謝提示 2010-07-15 19:17:37

引用回帖:

Originally posted by 雁兒霏霏 at 2010-07-14 07:42:50:

按照你的方法操作后ssh 192.168.0.2，并沒有出現(xiàn)提示，直接出現(xiàn)Last login: Jul 14 09:53:18 2008，接著并行siesta還是
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
Trying krb4 rsh...
conn ...

沒有這么復(fù)雜吧，你用mpich-1.2.7應(yīng)該挺好用的。
-prefix=/home/zgp/software/mpich-1.2.7 -fc=ifort -f90=ifort –f77=ifort -rsh=ssh這個(gè)是我用ifort編譯mpich的時(shí)候用的參數(shù)。后面的rsh=ssh這個(gè)是不是你編譯的時(shí)候沒有加這個(gè)�。�

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11樓2010-07-15 10:44:26

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引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-07-14 17:04:41:

那就把免密碼登錄的過程重復(fù)來一次�？赡苤虚g出問題了。這樣生成的是節(jié)點(diǎn)內(nèi)部并行的。不是跨節(jié)點(diǎn)并行的。

這是etc中host文件的內(nèi)容：
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost
192.168.0.1          node1
192.168.0.2          node2
192.168.0.3          node3

免密碼登錄的過程重復(fù)了一次后
ssh 192.168.0.2，并沒有出現(xiàn)提示，直接出現(xiàn)Last login:  Jul  14 09:53:18 2008
但我執(zhí)行
ssh 127.0.0.1
The authenticity of host '127.0.0.1 (127.0.0.1)' can't be established.
RSA key fingerprint is dd:ca:6e:f1:fe:c9:b3:22:e7:99:5f:ba:d1:99:ca:92.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added '127.0.0.1' (RSA) to the list of known hosts.
Last login: Thu Jul 15 09:26:42 2010 from node2
然后ssh 127.0.0.1
Last login: Thu Jul 15 09:36:56 2010 from localhost.localdomain

執(zhí)行并行仍出現(xiàn)
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
Trying krb4 rsh...
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
trying normal rsh (/usr/bin/rsh)
node2: Connection refused

快崩潰了，謝謝！

[ Last edited by 雁兒霏霏 on 2010-7-15 at 14:24 ]

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引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-07-15 10:44:26:

沒有這么復(fù)雜吧，你用mpich-1.2.7應(yīng)該挺好用的。
-prefix=/home/zgp/software/mpich-1.2.7 -fc=ifort -f90=ifort –f77=ifort -rsh=ssh這個(gè)是我用ifort編譯mpich的時(shí)候用的參數(shù)。后面的rsh=ssh這個(gè)是不是你編譯 ...

似乎沒有加rsh=ssh，機(jī)房開了門我去看看，謝謝！

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Originally posted by 雁兒霏霏 at 2010-07-15 07:24:31:

似乎沒有加rsh=ssh，機(jī)房開了門我去看看，謝謝！

你們安裝軟件需要到機(jī)房去安裝嗎？不能遠(yuǎn)程安裝��！

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14樓2010-07-15 15:47:28

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引用回帖:

Originally posted by zhangguangping at 2010-07-15 15:47:28:

你們安裝軟件需要到機(jī)房去安裝嗎？不能遠(yuǎn)程安裝��！

機(jī)房沒有網(wǎng)線，不能遠(yuǎn)程，現(xiàn)在我執(zhí)行
/home/bin/mpiexec -np 2 ./siesta h2o.defaultcell.out
No species found!!!
ERROR STOP from Node: 0
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!
出現(xiàn)下上面的提示，程序能運(yùn)行，但是只用了一個(gè)核，不知道是啥原因，
用同樣的命令其他程序能夠雙核并行。唯獨(dú)siesta有這個(gè)問題。

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15樓2010-07-20 17:55:09

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lvjian8596(金幣+3):感謝交流！ 2010-07-20 21:11:07

引用回帖:

Originally posted by 雁兒霏霏 at 2010-07-20 10:55:09:

機(jī)房沒有網(wǎng)線，不能遠(yuǎn)程，現(xiàn)在我執(zhí)行
/home/bin/mpiexec -np 2 ./siesta h2o.defaultcell.out
No species found!!!
ERROR STOP from Node: 0
[0] MPI Abort by user Abor ...

No species found這說明你沒有定義元素，或者相應(yīng)元素的贗勢文件你沒有放在計(jì)算目錄里面。

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16樓2010-07-20 18:06:07

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