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計(jì)算的魅力

11樓2010-04-25 09:25:50

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wo8165827

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剛運(yùn)行了下，出錯(cuò)了。錯(cuò)誤提示：
./run:/bin/bash:bad interpreter:沒有那個(gè)文件。
可以幫忙下嗎？
還有一個(gè)就是
你在程序中的
while [ $OK -eq 0 ]
do
vasp > log${try} &
wait
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{printf "%f \n", $5}'')
OK=$(grep $char log${try} |wc -l )
cp CONTCAR POSCAR
try=$(( try+1 ))
done
提取能量是我加的。不知道正確嗎？

計(jì)算的魅力

12樓2010-04-25 10:03:22

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tjyl

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用grep 搜索含有關(guān)鍵字的行，然后使用 awk 提取出這行指定的列就是了

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 09:25:50:

能量哪里是用grep 提取就可以了嗎？

13樓2010-04-25 10:11:45

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wo8165827

金蟲 (小有名氣)

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引用回帖:

Originally posted by tjyl at 2010-04-25 10:11:45:
用grep 搜索含有關(guān)鍵字的行，然后使用 awk 提取出這行指定的列就是了

提示錯(cuò)誤了�？梢詭兔纯聪聠幔�

計(jì)算的魅力

14樓2010-04-25 11:05:17

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gavinliu7390

木蟲 (著名寫手)

葉落鷹飛

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兩種方法的結(jié)果應(yīng)該相等。
出現(xiàn)不同一般有三種情況。
1，收斂參數(shù)精度不夠.
2, 有時(shí)候一次收斂是不夠的,也就是先設(shè)nsw=100,收斂后, 再進(jìn)行一次優(yōu)化,基本就可以達(dá)到基態(tài)了.
3, 因?yàn)閮?yōu)化的時(shí)候是有算法的,你每次停止后,前面儲(chǔ)存的信息都沒了,自然會(huì)重新找路徑優(yōu)化,所以路徑上部會(huì)太一樣. 也有可能結(jié)構(gòu)發(fā)生了變化,也就是空間群發(fā)生了變化, 這個(gè)需要注意.
既然boss說了, 那就沒辦法了. Since boss is always right!

真理是一點(diǎn)點(diǎn)接近的！

15樓2010-04-25 12:23:43

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tjyl

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腳本開頭是頂格寫
#!/bin/bash

沒有bash你不寫這行也無所謂的，反正又沒有用什么bash特有的語法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{printf "%f \n", $5}")

這行有點(diǎn)問題,要注意 ' ,"這些細(xì)節(jié)的地方
energy[$try]=$( grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk '{print $5}' )
在使用awk中的print和printf時(shí)，print類似echo,只是直接輸出，當(dāng)需要更多格式控制的時(shí)候使用printf, 其實(shí)你這里沒有必要用printf，直接print還省事點(diǎn)的。

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 10:03:22:

剛運(yùn)行了下，出錯(cuò)了。錯(cuò)誤提示：
./run:/bin/bash:bad interpreter:沒有那個(gè)文件。
可以幫忙下嗎？
還有一個(gè)就是
你在程序中的
while [ $OK -eq 0 ]
do
vasp > log${try} &
wait
...

16樓2010-04-25 15:26:38

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Originally posted by gavinliu7390 at 2010-04-25 12:23:43:
兩種方法的結(jié)果應(yīng)該相等。
出現(xiàn)不同一般有三種情況。
1，收斂參數(shù)精度不夠.
2, 有時(shí)候一次收斂是不夠的,也就是先設(shè)nsw=100,收斂后, 再進(jìn)行一次優(yōu)化,基本就可以達(dá)到基態(tài)了.
3, 因?yàn)閮?yōu)化的時(shí)候是有算法的,你每 ...

呵呵，是啊。BOSS的話不聽不行啊。呵呵。謝謝你的提示。。。

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17樓2010-04-25 19:07:07

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Originally posted by tjyl at 2010-04-25 15:26:38:
腳本開頭是頂格寫
#!/bin/bash

沒有bash你不寫這行也無所謂的，反正又沒有用什么bash特有的語法。
energy[$try]=$('grep "reached" OSZICAR | tail -1 | awk ' ...

好的。我試運(yùn)下，謝謝大俠的幫助。

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18樓2010-04-25 19:16:37

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還是出問題了，呵呵，麻煩你了。我把#!/bin/bash去了運(yùn)行了錯(cuò)現(xiàn)了如下錯(cuò)誤：

': not a valid identifier
./run: line 21: syntax error: unexpected end of file

計(jì)算的魅力

19樓2010-04-25 20:37:27

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tjyl

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你看提示吧。。。
21行
你注意別寫錯(cuò)了之類的

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-04-25 20:37:27:

還是出問題了，呵呵，麻煩你了。我把#!/bin/bash去了運(yùn)行了錯(cuò)現(xiàn)了如下錯(cuò)誤：

': not a valid identifier
./run: line 21: syntax error: unexpected end of file