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reasonspare

木蟲(chóng) (著名寫手)

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amisking(金幣+8):good！ 2010-08-15 12:40:44

引用回帖:

Originally posted by adslye at 2010-08-07 20:53:27:
我想從一種抗旱植物中找到一些抗旱基因。

請(qǐng)問(wèn)有哪些方法？

我的思路是通過(guò)GENEBANK 找相似物種的抗旱序列，然后設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物P。

可否有其他方法？

多謝多謝�。�！

我想你的問(wèn)題：分為幾個(gè)部分來(lái)分析：今天帖子寫不完：
Ｐａｒｔ�。�
單獨(dú)找一些特殊表型（如耐鹽抗旱，耐酸，耐高溫）的基因的方法很多：
具體來(lái)講分兩種路線：Bottom-top, TOP-DOWN
前者：主要從轉(zhuǎn)錄水平入手：
ｃＤＮＡ－ＡＦＬＰ：找到差異ｍＲＮＡ的片斷，測(cè)序后找全長(zhǎng)基因，以及上下游的調(diào)控基因。
ＳＳＨ�。ㄏ麥p雜交），一種ＡＦＬＰ的提高版，功能類似。
上面兩種方法一般實(shí)驗(yàn)室都能完成。
找到基因后：首先要看其功能驗(yàn)證：（也就是TOP）,能不能表達(dá)，表達(dá)出什么樣的蛋白，轉(zhuǎn)入模式生物的表型，進(jìn)行突變，和恢復(fù)突變。

后者：主要從蛋白入手：
２Ｄ－ＭＳ／ＭＳ，雙向電泳找差異，差異蛋白點(diǎn)通過(guò)質(zhì)譜獲得氨基酸序列從而進(jìn)行蛋白鑒定。然后看通過(guò)ｗｅｓｔｅｒｎ－ｂｌｏｔ進(jìn)行驗(yàn)證，然后看看ＲＮＡ轉(zhuǎn)錄水平。和相關(guān)的調(diào)節(jié)基因。

ＭｕｄＰＩＴ　（多維蛋白質(zhì)鑒定技術(shù)），不需要２Ｄ，通過(guò)ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ實(shí)現(xiàn)高通兩的蛋白組學(xué)ｐｒｏｆｉｌｅ．

這一部分都是最基本找差異蛋白的方法，當(dāng)然還有很多其他的方法，都可以用。

ＰＡＲＴ�。病�

找一些抗旱植物中抗旱基因

這個(gè)相對(duì)容易，只要你的研究材料合適就好。

Part 3

通過(guò)GENEBANK 找相似物種的抗旱序列，然后設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物P。

這個(gè)問(wèn)題，的確省了不少麻煩，值得做，但是我有一個(gè)顧慮：與耐旱有關(guān)的基因很多，你找那個(gè)，你找?guī)讉€(gè)，那幾個(gè)最終確定下來(lái)進(jìn)行進(jìn)一步研究，要想清楚。

建議：
３－５備選基因：
設(shè)計(jì)通用引物
ＰＣＲ擴(kuò)增。
克隆測(cè)序
設(shè)計(jì)特意引物（兩種引物都要考慮如果可能的話，２００左右的做ｑＰＣＲ，和基因全場(chǎng)）
ＲＴ－ＰＣＲ
這一部的結(jié)果，就初步證明的你篩選的基因是否存在。
ＲＴ－ＰＣＲ
不同處理的基因表達(dá)情況。
到這里你就可以說(shuō)你的基因和抗旱是否有關(guān)了。
－－－－

[ Last edited by reasonspare on 2010-8-11 at 07:20 ]

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11樓2010-08-10 11:54:24

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lmzxcom1

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我有個(gè)菌種，想做個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，怎么樣~~~

————————————————————————

見(jiàn)下樓，by reasonspare

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[ Last edited by reasonspare on 2010-8-11 at 07:36 ]

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12樓2010-08-10 13:07:18

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reasonspare

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lstt09nk(金幣+3):R版好辛苦~~ 2010-08-11 17:22:04

引用回帖:

Originally posted by lmzxcom1 at 2010-08-10 13:07:18:
我有個(gè)菌種，想做個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，怎么樣~~~

當(dāng)然可以。
1：你的菌種為細(xì)菌？真菌？
2：PCR 16S？ 18s?
測(cè)序后。就可以進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的建立：

ncbi 上通過(guò)比對(duì)后，找到很多相似的序列，當(dāng)然ncbi 也可以建樹(shù)，但是不怎么漂亮也不是用。

你可以下載下來(lái)，自己建樹(shù)：
建樹(shù)要注意方法的選擇，distance tree:常用： Neighbor-Jionting, UPGMA方法。后者在系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)常用。
另外bootstrap 值也是很關(guān)鍵的一個(gè)1000 為宜。

Mega 能夠基本滿足你，也是免費(fèi)軟件，好用，不用學(xué)。哈哈

如果你是多個(gè)基因一起建樹(shù)就得用 ML tree.

PAUP, 和PHYLIP比較常用，其他的也很多，但是需要你學(xué)習(xí)以下，關(guān)鍵是有關(guān)的參數(shù)的設(shè)置。
PAUP 比較權(quán)威點(diǎn)，個(gè)人感覺(jué)：如果你有LUNiX 或者蘋果電腦的，可以裝窗口操作
如果windows,就需要寫下命令了，其實(shí)也不難。
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2124582 ，有很多其他備選軟件。

如果你還有其他問(wèn)題請(qǐng)直接恢復(fù)。

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13樓2010-08-11 07:34:27

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njauzx

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[quote]Originally posted by reasonspare at 2010-08-10 11:28:31:

感謝reasonspare詳細(xì)的答復(fù)，感覺(jué)你的思維很發(fā)散，你提的看法我得再消化一會(huì)，呵呵

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補(bǔ)充見(jiàn)16樓 by reasonspare
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[ Last edited by reasonspare on 2010-8-12 at 05:10 ]

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14樓2010-08-11 14:16:15

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引用回帖:

Originally posted by reasonspare at 2010-08-11 07:34:27:

當(dāng)然可以。
1：你的菌種為細(xì)菌？真菌？
2：PCR 16S？ 18s?
測(cè)序后。就可以進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的建立：

ncbi 上通過(guò)比對(duì)后，找到很多相似的序列，當(dāng)然ncbi 也可以建樹(shù)，但是不怎么漂亮也不是用。

你可 ...

我的是細(xì)菌，16sRNA測(cè)序過(guò)了，我先按照你的方法試試~3q~~~

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15樓2010-08-11 17:13:06

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lstt09nk(金幣+2):勤勞的小蜜蜂~~ 2010-08-14 09:53:37

引用回帖:

Originally posted by njauzx at 2010-08-11 14:16:15:
[quote]Originally posted by reasonspare at 2010-08-10 11:28:31:

感謝reasonspare詳細(xì)的答復(fù)，感覺(jué)你的思維很發(fā)散，你提的看法我得再消化一會(huì)，呵呵

哈哈，那時(shí)你的課題太大了，沒(méi)辦法具體，因?yàn)槊恳粋€(gè)展開(kāi)來(lái)，都是一個(gè)不小的課題。
就拿改變ATP流而言，轉(zhuǎn)基因這個(gè)過(guò)程，選什么樣的啟動(dòng)子,要考慮好，（有專利），因?yàn)锳TP 主要為TCA 循環(huán)中產(chǎn)生，是生物體本身生活的關(guān)鍵東西，所以改造過(guò)程需要很多的思考。其中主要的問(wèn)題是困難是，菌體的健康程度（活性），畢竟人為的抽走大部分ATP，菌株自身怎么辦。菌株不健康了，你還怎么拿走ATP.

多多考慮。這是個(gè)非常有潛力的課題。

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16樓2010-08-12 05:08:57

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你好，我有個(gè)問(wèn)題想尋求答案

我想生產(chǎn)神經(jīng)節(jié)苷脂，可是我不想從腦組織提取。有其他的方法嗎？
1、可不可以利用神經(jīng)細(xì)胞培養(yǎng)來(lái)做，要是可以的話用什么樣的細(xì)胞做。
大體思路。
2、其他可行的方案

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17樓2010-08-12 15:28:26

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Originally posted by fykxy_206 at 2010-08-12 15:28:26:
你好，我有個(gè)問(wèn)題想尋求答案

我想生產(chǎn)神經(jīng)節(jié)苷脂，可是我不想從腦組織提取。有其他的方法嗎？
1、可不可以利用神經(jīng)細(xì)胞培養(yǎng)來(lái)做，要是可以的話用什么樣的細(xì)胞做。
大體思路。
2、其他可行的方案

真是不好意思，你的問(wèn)題我沒(méi)有能力回答。請(qǐng)開(kāi)貼，救助把。

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18樓2010-08-14 07:51:39

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sqhnsd

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Originally posted by reasonspare at 2010-08-07 11:07:34:
如果你想你的問(wèn)題由針對(duì)性地解答，或者苦于你的問(wèn)題沒(méi)有人回復(fù)：
那么請(qǐng)將你的問(wèn)題將給reasonspare聽(tīng)聽(tīng)，或許他有另一番見(jiàn)解。

所有解答不要任何金幣，（當(dāng)然你給我也要）
所有回答不一 ...

版主好牛啊，以后想你多請(qǐng)教MS數(shù)據(jù)處理的問(wèn)題了

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19樓2010-08-15 08:33:16

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Originally posted by sqhnsd at 2010-08-15 08:33:16:

版主好牛啊，以后想你多請(qǐng)教MS數(shù)據(jù)處理的問(wèn)題了

哈哈哈，常交流。

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20樓2010-08-17 05:55:15

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