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luolun2008

至尊木蟲 (著名寫手)

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最后死在L103啊

最后死在L103

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塵埃落定之前，一切皆有可能�。�！

11樓2010-08-30 20:36:44

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zhangmt

至尊木蟲 (著名寫手)

我叫MT

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引用回帖:

Originally posted by luolun2008 at 2010-08-30 20:36:44:
最后死在L103

唉，你這跟沒說沒啥兩樣。。。貼你的log文件啊。記得輸入文件的命令行要寫成
#p opt freq………………，然后貼輸出的log文件的最后至少20行。
其實(shí)本來就是P大點(diǎn)事，直接貼你的輸入文件，明眼人一眼都能看出來，你非要搞的這么神秘，怕別人偷了你的課題？

[ Last edited by zhangmt on 2010-8-30 at 21:03 ]

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一群自以為正義凜然的年輕人將一切不能以科學(xué)解釋的事情定性為封建迷信并大刀闊斧地進(jìn)行消滅，其實(shí)這是修養(yǎng)不足學(xué)識淺薄的一種體現(xiàn)，也是可惡的偏執(zhí)和愚蠢的自以

12樓2010-08-30 21:01:59

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lihb734

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)

站在計算化學(xué)入門的門檻上

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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

是內(nèi)存太小了？

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前途光明，出路難覓！

13樓2010-08-30 22:03:56

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luolun2008

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對不起了

引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2010-08-30 21:01:59:

唉，你這跟沒說沒啥兩樣。。。貼你的log文件啊。記得輸入文件的命令行要寫成
#p opt freq………………，然后貼輸出的log文件的最后至少20行。
其實(shí)本來就是P大點(diǎn)事，直接貼你的輸入文件，明眼人一眼都能看出來 ...

我并不是想弄的神秘，只怪我理解不好，不知道該貼出什么，對不起，我是虛心請教問題的。謝謝了

這是我的輸入文件：
%chk=00.chk
%mem=6MW
%nproc=1
#p opt(maxcycle=200) freq mp2/6-311++g(3df,3pd)

Title Card Required

0 2
Li             -4.06433762 -0.33990762 0.00000000
H                -0.70692976 -0.20795117 0.00000000
F                0.21236049 -0.17182023 0.00000000

輸出文件為：

%chk=00.chk
%mem=6MW
%nproc=1
Will use up to 1 processors via shared memory.
Default route:  MaxDisk=2000MB
-----------------------------------------------
#p opt(maxcycle=200) freq mp2/6-311++g(3df,3pd)
-----------------------------------------------
1/6=200,18=20,38=1/1,3;
2/9=110,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=4,6=6,7=1616,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=2,27=262144000/1;
9/15=2,16=-3,27=262144000/6;
10/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;
7/12=2/1,2,3,16;
1/6=200,18=20/3(1);
99//99;
2/9=110/2;
3/5=4,6=6,7=1616,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=2,27=262144000/1;
9/15=2,16=-3,27=262144000/6;
10/5=1/2;
7/12=2/1,2,3,16;
1/6=200,18=20/3(-8);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;
99//99;
Leave Link 1 at Tue Aug 31 09:56:30 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    1.0
(Enter d:\program files\g03\l101.exe)
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 2
Li                -4.06434  -0.33991 0.
H                   -0.70693  -0.20795 0.
F                   0.21236  -0.17182 0.

                  Isotopes and Nuclear Properties:

  Atom       1          2          3
IAtWgt=          7          1       19
AtmWgt= 7.0160045 1.0078250  18.9984033
IAtSpn=          3          1          1
AtZEff= 0.0000000 0.0000000 0.0000000
AtQMom=  -3.6600000 0.0000000 0.0000000
AtGFac= 3.2564240 2.7928460 2.6288670
Leave Link  101 at Tue Aug 31 09:56:30 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    0.0
(Enter d:\program files\g03\l103.exe)

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                        ----------------------------
                        ! Initial Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,2)                3.36          estimate D2E/DX2             !
! R2 R(1,3)                4.28          estimate D2E/DX2             !
! R3 R(2,3)                0.92          estimate D2E/DX2             !
--------------------------------------------------------------------------------
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-07
Number of steps in this run= 100 maximum allowed number of steps= 100.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

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14樓2010-08-31 10:15:02

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luolun2008

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文件太大，這是后一部分

**********************************************************************

         Population analysis using the SCF density.

**********************************************************************

Orbital symmetries:
Alpha Orbitals:
   Occupied  (SG) (SG) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG)
   Virtual (SG) (PI) (PI) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) (SG) (PI)
               (PI) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI) (SG) (SG) (PI)
               (PI) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (DLTA)
               (DLTA) (PHI) (PHI) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI)
               (SG) (PI) (PI) (SG) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI)
               (SG) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (SG) (DLTA) (DLTA)
               (PI) (PI) (SG) (SG) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI)
               (SG) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI)
               (PHI) (PHI) (DLTA) (DLTA) (SG) (SG) (PI) (PI)
               (PI) (PI) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI) (SG) (SG)
Beta  Orbitals:
   Occupied  (SG) (SG) (SG) (SG) (PI) (PI)
   Virtual (SG) (PI) (PI) (SG) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) (PI)
               (PI) (DLTA) (DLTA) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) (SG)
               (PI) (PI) (SG) (SG) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (DLTA)
               (DLTA) (PHI) (PHI) (SG) (DLTA) (DLTA) (SG) (PI)
               (PI) (PI) (PI) (SG) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI)
               (SG) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI) (SG) (DLTA) (DLTA)
               (PI) (PI) (SG) (SG) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI)
               (SG) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI) (SG) (PI) (PI)
               (PHI) (PHI) (DLTA) (DLTA) (SG) (SG) (PI) (PI)
               (PI) (PI) (SG) (DLTA) (DLTA) (PI) (PI) (SG) (SG)
The electronic state is 2-SG.
Alpha  occ. eigenvalues --  -26.28758  -2.49910  -1.59055  -0.75851  -0.63965
Alpha  occ. eigenvalues -- -0.63965  -0.21267
Alpha virt. eigenvalues -- 0.00506 0.00829 0.00829 0.01915 0.03165
Alpha virt. eigenvalues -- 0.03503 0.03503 0.09535 0.12554 0.13551
Alpha virt. eigenvalues -- 0.13551 0.13888 0.14011 0.14011 0.14332
Alpha virt. eigenvalues -- 0.14332 0.17876 0.27471 0.32648 0.32648
Alpha virt. eigenvalues -- 0.38162 0.48179 0.48539 0.48539 0.56730
Alpha virt. eigenvalues -- 0.57061 0.57061 0.60040 0.60040 0.60253
Alpha virt. eigenvalues -- 0.60253 0.62515 0.63121 0.63121 0.63403
Alpha virt. eigenvalues -- 0.63403 0.63909 0.67510 0.67510 0.72943
Alpha virt. eigenvalues -- 1.04169 1.28912 1.28912 1.48312 1.48312
Alpha virt. eigenvalues -- 1.52449 1.58292 1.58292 1.71134 2.19856
Alpha virt. eigenvalues -- 2.19856 2.37211 2.67665 2.67665 2.67866
Alpha virt. eigenvalues -- 2.67866 2.70041 2.79777 3.33517 3.36027
Alpha virt. eigenvalues -- 3.36027 3.82842 3.82842 3.98249 4.57047
Alpha virt. eigenvalues -- 4.98715 4.98715 5.44746 5.44746 5.70259
Alpha virt. eigenvalues -- 6.98202 6.98202 7.17111 7.17111 7.38330
Alpha virt. eigenvalues -- 7.38330 7.67520 8.05516 8.27307 8.27307
Alpha virt. eigenvalues -- 8.73368 8.73368  10.56782  20.10330  20.10330
Alpha virt. eigenvalues -- 20.33878  20.33878  20.80998  69.07490
  Beta  occ. eigenvalues --  -26.28719  -2.48106  -1.58923  -0.75625  -0.63935
  Beta  occ. eigenvalues -- -0.63935
  Beta virt. eigenvalues -- -0.00134 0.01458 0.01458 0.01741 0.03142
  Beta virt. eigenvalues -- 0.05665 0.05732 0.05732 0.10159 0.14935
  Beta virt. eigenvalues -- 0.14935 0.15190 0.15190 0.15932 0.16160
  Beta virt. eigenvalues -- 0.16914 0.16914 0.18903 0.28759 0.32778
  Beta virt. eigenvalues -- 0.32778 0.38424 0.48579 0.49330 0.49330
  Beta virt. eigenvalues -- 0.58062 0.58278 0.58278 0.61427 0.61427
  Beta virt. eigenvalues -- 0.61604 0.61604 0.63010 0.65119 0.65119
  Beta virt. eigenvalues -- 0.65393 0.65416 0.65416 0.68500 0.68500
  Beta virt. eigenvalues -- 0.73996 1.04943 1.28913 1.28913 1.48366
  Beta virt. eigenvalues -- 1.48366 1.52530 1.58357 1.58357 1.71217
  Beta virt. eigenvalues -- 2.19891 2.19891 2.37492 2.68107 2.68107
  Beta virt. eigenvalues -- 2.68330 2.68330 2.70116 2.80166 3.33574
  Beta virt. eigenvalues -- 3.36047 3.36047 3.82905 3.82905 4.00248
  Beta virt. eigenvalues -- 4.57141 4.98731 4.98731 5.44812 5.44812
  Beta virt. eigenvalues -- 5.70369 6.98220 6.98220 7.17115 7.17115
  Beta virt. eigenvalues -- 7.38355 7.38355 7.67556 8.05589 8.27344
  Beta virt. eigenvalues -- 8.27344 8.73367 8.73367  10.56813  20.10343
  Beta virt. eigenvalues -- 20.10343  20.33934  20.33934  20.81062  69.07515
      Condensed to atoms (all electrons):
            1       2       3
   1  Li 2.999434 0.007545  -0.010191
   2  H 0.007545 0.298507 0.203186
   3  F -0.010191 0.203186 9.300980
Mulliken atomic charges:
            1
   1  Li 0.003212
   2  H 0.490763
   3  F -0.493975
Sum of Mulliken charges= 0.00000
Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms:
            1
   1  Li 0.003212
   2  H 0.000000
   3  F -0.003212
Sum of Mulliken charges= 0.00000
      Atomic-Atomic Spin Densities.
            1       2       3
   1  Li 0.998075 0.003244  -0.005348
   2  H 0.003244  -0.004533 0.002113
   3  F -0.005348 0.002113 0.006439
Mulliken atomic spin densities:
            1
   1  Li 0.995971
   2  H 0.000825
   3  F 0.003204
Sum of Mulliken spin densities= 1.00000
Electronic spatial extent (au):  = 171.9407
Charge=    0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X=    0.0000 Y=    0.0000 Z= -3.5026  Tot=    3.5026
Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
XX= -13.4353 YY= -13.4353 ZZ= -6.3251
XY=    0.0000 XZ=    0.0000 YZ=    0.0000
Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
XX= -2.3701 YY= -2.3701 ZZ=    4.7401
XY=    0.0000 XZ=    0.0000 YZ=    0.0000
Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
  XXX=    0.0000  YYY=    0.0000  ZZZ= 12.9804  XYY=    0.0000
  XXY=    0.0000  XXZ= 17.4138  XZZ=    0.0000  YZZ=    0.0000
  YYZ= 17.4138  XYZ=    0.0000
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX= -40.2606 YYYY= -40.2606 ZZZZ=  -340.0431 XXXY=    0.0000
XXXZ=    0.0000 YYYX=    0.0000 YYYZ=    0.0000 ZZZX=    0.0000
ZZZY=    0.0000 XXYY= -13.4202 XXZZ= -88.5973 YYZZ= -88.5973
XXYZ=    0.0000 YYXZ=    0.0000 ZZXY=    0.0000
N-N= 8.987480609517D+00 E-N=-2.753482651066D+02  KE= 1.074140999647D+02
Symmetry A1 KE= 9.489187410753D+01
Symmetry A2 KE= 3.978044553381D-35
Symmetry B1 KE= 6.261112928587D+00
Symmetry B2 KE= 6.261112928587D+00
                        Isotropic Fermi Contact Couplings
      Atom                a.u.    MegaHertz    Gauss    10(-4) cm-1
   1  Li(7)             0.22404    389.22668    138.88575    129.83204
   2  H(1)             -0.00016    -0.70988    -0.25330    -0.23679
   3  F(19)             0.01254    52.77874    18.83276    17.60509
--------------------------------------------------------
   Center       ----  Spin Dipole Couplings  ----
                  3XX-RR       3YY-RR       3ZZ-RR
--------------------------------------------------------
   1 Atom    -0.001307    -0.001307    0.002614
   2 Atom    -0.006796    -0.006796    0.013593
   3 Atom    -0.021365    -0.021365    0.042729
--------------------------------------------------------
                     XY          XZ          YZ
--------------------------------------------------------
   1 Atom       0.000000    0.000000    0.000000
   2 Atom       0.000000    0.000000    0.000000
   3 Atom       0.000000    0.000000    0.000000
--------------------------------------------------------

---------------------------------------------------------------------------------
            Anisotropic Spin Dipole Couplings in Principal Axis System
---------------------------------------------------------------------------------

   Atom          a.u. MegaHertz Gauss  10(-4) cm-1       Axes

            Baa -0.0013 -0.271 -0.097 -0.090  1.0000  0.0000  0.0000
   1 Li(7)  Bbb -0.0013 -0.271 -0.097 -0.090  0.0000  1.0000  0.0000
            Bcc    0.0026    0.542    0.193    0.181  0.0000  0.0000  1.0000

            Baa -0.0068 -3.626 -1.294 -1.210 -0.0001  1.0000  0.0000
   2 H(1) Bbb -0.0068 -3.626 -1.294 -1.210  1.0000  0.0001  0.0000
            Bcc    0.0136    7.252    2.588    2.419  0.0000  0.0000  1.0000

            Baa -0.0214 -10.730 -3.829 -3.579  0.0000  1.0000  0.0000
   3 F(19)  Bbb -0.0214 -10.730 -3.829 -3.579  1.0000  0.0000  0.0000
            Bcc    0.0427 21.460    7.657    7.158  0.0000  0.0000  1.0000

---------------------------------------------------------------------------------

No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Tue Aug 31 09:57:38 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    1.0
(Enter d:\program files\g03\l701.exe)
Compute integral first derivatives.
... and contract with generalized density number  2.
Leave Link  701 at Tue Aug 31 09:57:38 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    0.0
(Enter d:\program files\g03\l702.exe)
L702 exits ... SP integral derivatives will be done elsewhere.
Leave Link  702 at Tue Aug 31 09:57:38 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    0.0
(Enter d:\program files\g03\l703.exe)
Compute integral first derivatives, UseDBF=F.
Integral derivatives from FoFDir, PRISM(SPDF).
Use density number 2.
Petite list used in FoFDir.
MinBra= 0 MaxBra= 3 Meth= 1.
IRaf=    0 NMat= 1 IRICut=    1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 1 JSym2E=1.
Leave Link  703 at Tue Aug 31 09:57:45 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    6.0
(Enter d:\program files\g03\l716.exe)
Use density number 2.
Dipole       =-5.70047295D-19-4.81414460D-18-1.39283277D+00
***** Axes restored to original set *****
-------------------------------------------------------------------
Center    Atomic                Forces (Hartrees/Bohr)
Number    Number             X             Y             Z
-------------------------------------------------------------------
1       3          0.000049383 0.000001941 0.000000000
2       1       -0.000089642 -0.000003523 0.000000000
3       9          0.000040259 0.000001582 0.000000000
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max    0.000089642 RMS    0.000036688
Leave Link  716 at Tue Aug 31 09:57:46 2010, MaxMem= 6291456 cpu:    0.0
(Enter d:\program files\g03\l103.exe)

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
NTrRot=-1 NTRed=    3 NAtoms= 3 NSkip= -1
Problem with coordinate system.
Error termination via Lnk1e in d:\program files\g03\l103.exe at Tue Aug 31 09:57:46 2010.
Job cpu time:  0 days  0 hours  1 minutes 17.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    20 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

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15樓2010-08-31 10:19:53

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zhangmt

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

看起來確實(shí)挺復(fù)雜，先從log文件結(jié)尾的出錯提示開始：
Problem with coordinate system.
說明是坐標(biāo)的問題——gaussian不知道下一步的坐標(biāo)怎么處理了。
一般這種原因是由于優(yōu)化角度時180度是最大值，gaussian不知道181度其實(shí)就是179度。這是gaussian長久以來的一個問題。一般可以從降低體系對稱性，修改初始構(gòu)象，增加虛原子手工寫內(nèi)坐標(biāo)強(qiáng)制內(nèi)坐標(biāo)優(yōu)化等方法去規(guī)避。
你的體系是按照C無窮V的對稱性開始的，出這個錯誤也在情理之中的。
但再仔細(xì)看，你初始為Li……H—F構(gòu)型，怎么從化學(xué)的角度感覺不太對呢。。F的電負(fù)性很強(qiáng)，我猜應(yīng)該是Li……F—H構(gòu)型才對吧。同時不從直線結(jié)構(gòu)開始，把角度改成179，增加nosymm字，然后優(yōu)化，結(jié)果順利。
不知道你到底想研究什么，也不知道你從哪里文獻(xiàn)搞來的你說的那種初始結(jié)構(gòu)，我就亂說一氣了。

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16樓2010-08-31 13:12:26

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luolun2008

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你說的對

引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2010-08-31 13:12:26:
看起來確實(shí)挺復(fù)雜，先從log文件結(jié)尾的出錯提示開始：
Problem with coordinate system.
說明是坐標(biāo)的問題——gaussian不知道下一步的坐標(biāo)怎么處理了。
一般這種原因是由于優(yōu)化角度時180度是最大值，gaussian不 ...

你說的很對，從化學(xué)的角度看的確是Li……F—H構(gòu)型最穩(wěn)定，并且我也優(yōu)化出來了，它們?nèi)齻€也不在一條直線上。但我從一篇文獻(xiàn)上介紹到Li……H—F，說是一種新材料，我就想把它們兩個做個比較。謝謝你，向你致敬�。�！

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17樓2010-09-01 18:47:26

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manson1998

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Li……F—H中是H原子？Li……H—F是H負(fù)離子？

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18樓2010-09-07 09:52:14

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