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valenhou001

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
franch(金幣+2): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:07:35
hnuzhoulin(金幣+10): 2011-06-03 10:32:10

ifort的靜態(tài)鏈接選項： -i-static
pgi的pgf90的靜態(tài)鏈接選項： -Bstatic

或者用man ifort， man pgf90查一下。

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11樓2011-05-15 15:22:53

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hnuzhoulin

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2011-05-14 21:58:06:
在makefile中增加"靜態(tài)鏈接"的選項，以得到靜態(tài)鏈接編譯的vasp模塊，
或者將在~/.bashrc文件中把該庫所在的路徑加到LD_LIBRARY_PATH環(huán)境變量的附值中。
或者在運行作業(yè)的腳步文件中通過export 的方式 ...

你好，一個奇怪問題，我使用兩個節(jié)點八個核可以提交
我用一個節(jié)點四個核就提交不上去。log如下
There are no available nodes allocated to this job. This could be because
no nodes were found or all the available nodes were already used.

Note that since the -nolocal option was given no processes can be
launched on the local node.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
A daemon (pid unknown) died unexpectedly on signal 1 while attempting to
launch so we are aborting.

There may be more information reported by the environment (see above).

This may be because the daemon was unable to find all the needed shared
libraries on the remote node. You may set your LD_LIBRARY_PATH to have the
location of the shared libraries on the remote nodes and this will
automatically be forwarded to the remote nodes.

這是什嗎情況？需要mkl和openmpi在所喲計算節(jié)點上安裝嗎？我的家目錄在各個節(jié)點上是可見的��！

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12樓2011-05-15 15:26:51

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valenhou001

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★
franch(金幣+1): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:07:47

最好能把你提交作業(yè)的腳本文件的內(nèi)容，以及nodes的文件或machinefile的文件的內(nèi)容貼出來。還有是用什么mpi？（openmpi, mpich2或其他的？）

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13樓2011-05-15 16:43:32

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ifmc1234

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【答案】應(yīng)助回帖

★
mazuju028(金幣+1): 謝謝交流 2011-05-15 18:52:31

引用回帖:

Originally posted by hnuzhoulin at 2011-05-12 21:14:53:
在諸位重蟲友的幫助下，vasp編譯通過了，在rocks前臺計算，一切正常，

當(dāng)我用qsub命令提交到后臺時，卻提示如下錯誤
host:
GPU-compute-2-0
GPU-compute-2-0
GPU-compute-2-0
GPU-compute-2-0
GPU-comp ...

回答你9樓提的問題
這和你說openmpi沒什么關(guān)系，庫找不到是因為沒有把庫的路徑給出來。
我是在腳本中加這樣一行
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t
這樣就可以了

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14樓2011-05-15 17:36:53

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引用回帖:

Originally posted by valenhou001 at 2011-05-15 16:43:32:
最好能把你提交作業(yè)的腳本文件的內(nèi)容，以及nodes的文件或machinefile的文件的內(nèi)容貼出來。還有是用什么mpi？（openmpi, mpich2或其他的？）

這是我的腳本文件
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -j oe
#PBS -V
#PBS -e vasp.err
#PBS -o vasp.log
#PBS -m abe
#PBS -q default
### 程序使用總內(nèi)存3500MB
#PBS -l mem=5000mb
### 程序使用總虛存3500MB
#PBS -l vmem=7500mb
### 單進(jìn)程使用虛存 1700MB
#PBS -l pvmem=900mb

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/Compiler/11.1/075/mkl/lib/em64t/:/home/zhoulin/openmpi-1.4.3/lib/ ##---這時后面加的
# The program we want to execute (modify to suit your setup)
EXEC=./vasp-20110516-0901
# Intel MPI Home
MPI_HOME=/home/zhoulin/openmpi-1.4.3
# setup hostfile
cat $PBS_NODEFILE >> $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "host: "
cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "---------------------------"
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"

#$MPI_HOME/bin/mpirun -nolocal -machinefile $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts  -np $NP $EXEC
$MPI_HOME/bin/mpirun -nolocal -machinefile $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts  -np $NP $EXEC > screen.out

# clean
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

nodes文件是這個腳本生成的，我用的是rocks，用的家目錄下面的安裝的openmpi-1.4.3

很奇怪啊，當(dāng)我用#PBS -l nodes=1:ppn=4，一個結(jié)點四個核計算時有錯誤，如樓上的，用#PBS -l nodes=2:ppn=4時就沒問題啊。

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15樓2011-05-16 09:19:27

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引用回帖:

Originally posted by ifmc1234 at 2011-05-15 17:36:53:
回答你9樓提的問題
這和你說openmpi沒什么關(guān)系，庫找不到是因為沒有把庫的路徑給出來。
我是在腳本中加這樣一行
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/10.2.5.035/lib/em64t
這樣就可以了

我加了的啊，見樓下的回復(fù)。
還是一樣的問題，兩個節(jié)點算沒問題，一個結(jié)點算問題如下，提示：

--------------------------------------------------------------------------
There are no available nodes allocated to this job. This could be because
no nodes were found or all the available nodes were already used.

Note that since the -nolocal option was given no processes can be
launched on the local node.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
A daemon (pid unknown) died unexpectedly on signal 1 while attempting to
launch so we are aborting.

There may be more information reported by the environment (see above).

This may be because the daemon was unable to find all the needed shared
libraries on the remote node. You may set your LD_LIBRARY_PATH to have the
location of the shared libraries on the remote nodes and this will
automatically be forwarded to the remote nodes.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process
that caused that situation.
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished

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16樓2011-05-16 09:20:38

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
hnuzhoulin(金幣+5): 謝謝您的回復(fù)。中間機(jī)房因為種種原因跳閘了一次，也許有什么系統(tǒng)文件壞掉了。 2011-05-16 14:28:15
franch(金幣+2): 謝謝回帖交流 2011-05-16 20:08:21

引用回帖:

Originally posted by hnuzhoulin at 2011-05-16 09:20:38:
我加了的啊，見樓下的回復(fù)。
還是一樣的問題，兩個節(jié)點算沒問題，一個結(jié)點算問題如下，提示：

--------------------------------------------------------------------------
There are no available nod ...

這是我想是你rock系統(tǒng)沒設(shè)好的問題。
和你提的找不到庫沒關(guān)了。
這個問題比較多。
你們自己組建的rock系統(tǒng)？
mpirun測試過沒？

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17樓2011-05-16 13:45:44

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好吧，我結(jié)貼算了。
這個問題其他方法解決
使用mpich來安裝

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18樓2011-05-27 09:30:39

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集群有問題，libmkl_lapack.so 沒有共享出去，在集群中的其他機(jī)子找不到libmkl_lapack.so

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19樓2014-01-10 14:08:55

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引用回帖:

7樓: Originally posted by liuds7792 at 2011-05-14 12:27:02
集群有問題，libmkl_lapack.so 沒有共享出去，在集群中的其他機(jī)子找不到libmkl_lapack.so

怎么設(shè)置才能讓它找著呢

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20樓2014-08-16 14:19:57

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