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劉仕晨

木蟲 (正式寫手)

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引用回帖:

29樓: Originally posted by gemucai at 2013-04-27 09:04:46
當(dāng)然兩個都可以，就看你喜歡用什么樣的坐標(biāo)系了...

不好意思，又要麻煩您了，前幾天在學(xué)習(xí)對體系進行full-relax,用vc-relax進行計算，在優(yōu)化后它會自動進行一次自洽計算，但是奇怪的是，兩次的原子位置卻有點不大一樣，我怎么看也不明白為什么，所以要麻煩您了，我給您把數(shù)據(jù)貼出來：
End of BFGS Geometry Optimization

   Final enthalpy = -167.8961699933 Ry
Begin final coordinates
   new unit-cell volume = 409.58929 a.u.^3 ( 60.69487 Ang^3 )

CELL_PARAMETERS (alat=  8.35030000)
1.016078133 0.000000000 0.000000000
0.000000000 1.016078133 0.000000000
0.000000000 0.000000000 0.681378067

ATOMIC_POSITIONS (crystal)
Cr    0.000000000 0.000000000  -0.000000000
Cr    0.500000000 0.500000000 0.500000000
O       0.304047718 0.304047718  -0.000000000
O       0.695952282 0.695952282 0.000000000
O       0.804047718 0.195952282 0.500000000
O       0.195952282 0.804047718 0.500000000
End final coordinates

   A final scf calculation at the relaxed structure.
   The G-vectors are recalculated for the final unit cell
   Results may differ from those at the preceding step.

   Parallelization info
   --------------------
   sticks: dense  smooth    PW    G-vecs: dense smooth    PW
   Min       858    858 234             35945 35945 5075
   Max       859    859 236             35946 35946 5076
   Sum       6869 6869 1877             287563 287563 40605

   bravais-lattice index    =          0
   lattice parameter (alat)  =    8.3503  a.u.
   unit-cell volume       =    409.5893 (a.u.)^3
   number of atoms/cell    =          6
   number of atomic types =          2
   number of electrons    =       36.00
   number of Kohn-Sham states=          22
   kinetic-energy cutoff    =    300.0000  Ry
   charge density cutoff    = 1200.0000  Ry
   convergence threshold    =    3.8E-12
   mixing beta             =    0.7000
   number of iterations used =          8  plain    mixing
   Exchange-correlation    = SLA-PZ-NOGX-NOGC ( 1 1 0 0 0)
   EXX-fraction             =       0.00

   celldm(1)= 8.350300  celldm(2)= 0.000000  celldm(3)= 0.000000
   celldm(4)= 0.000000  celldm(5)= 0.000000  celldm(6)= 0.000000

   crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
            a(1) = ( 1.016078 0.000000 0.000000 )
            a(2) = ( 0.000000 1.016078 0.000000 )
            a(3) = ( 0.000000 0.000000 0.681378 )

   reciprocal axes: (cart. coord. in units 2 pi/alat)
            b(1) = (  0.984176  0.000000  0.000000 )
            b(2) = (  0.000000  0.984176  0.000000 )
            b(3) = (  0.000000  0.000000  1.467614 )

   PseudoPot. # 1 for Cr read from file:
   /home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/Cr.pz-hgh.UPF
   MD5 check sum: 1ecfd84ed12b05c881064968d61b62c6
   Pseudo is Norm-conserving, Zval =  6.0
   Generated in analytical, separable form
   Using radial grid of 1183 points,  6 beta functions with:
            l(1) = 0
            l(2) = 0
            l(3) = 0
            l(4) = 1
            l(5) = 1
            l(6) = 2

   PseudoPot. # 2 for  O read from file:
   /home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/O.pz-hgh.UPF
   MD5 check sum: 9c3213c38e11527cd347dae851a6ebc4
   Pseudo is Norm-conserving, Zval =  6.0
   Generated in analytical, separable form
   Using radial grid of 1095 points,  1 beta functions with:
            l(1) = 0

   atomic species valence mass    pseudopotential
      Cr          6.00 52.00000    Cr( 1.00)
      O             6.00 16.00000    O( 1.00)

   Starting magnetic structure
   atomic species magnetization
      Cr          0.500
      O          0.000

   LDA+U calculation, Hubbard_lmax = 2
   atomic species  L Hubbard U  Hubbard alpha
      Cr          2 0.220496 0.000000

   16 Sym.Ops. (with inversion)

Cartesian axes

   site n.    atom                positions (alat units)
      1          Cr  tau( 1) = ( 0.0000000 0.0000000  -0.0000000  )
      2          Cr  tau( 2) = ( 0.5080391 0.5080391 0.3406890  )
      3          O tau( 3) = ( 0.3089362 0.3089362  -0.0000000  )
      4          O tau( 4) = ( 0.7071419 0.7071419 0.0000000  )
      5          O tau( 5) = ( 0.8169753 0.1991028 0.3406890  )
      6          O tau( 6) = ( 0.1991028 0.8169753 0.3406890  )
這是在vc-relax的out文件里的，上面那個的意思應(yīng)該就是優(yōu)化好了，然后就直接自動進行了一次自洽，我認(rèn)為你應(yīng)該就用優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)參數(shù)把，為什么原子位置卻有點出入呢？謝謝!

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31樓2013-05-07 19:37:45

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gemucai

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31樓: Originally posted by 劉仕晨 at 2013-05-07 19:37:45
不好意思，又要麻煩您了，前幾天在學(xué)習(xí)對體系進行full-relax,用vc-relax進行計算，在優(yōu)化后它會自動進行一次自洽計算，但是奇怪的是，兩次的原子位置卻有點不大一樣，我怎么看也不明白為什么，所以要麻煩您了，我給 ...

記住，alat units的意思是以你晶格常數(shù)為單位，而在最后一步優(yōu)化中，晶格常數(shù)發(fā)生了變化，你應(yīng)該用最后一步的原子坐標(biāo)乘以最后一步的晶格常數(shù)，看看得到的是不是自洽計算的位置。

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32樓2013-05-08 08:24:51

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劉仕晨

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引用回帖:

32樓: Originally posted by gemucai at 2013-05-08 08:24:51
記住，alat units的意思是以你晶格常數(shù)為單位，而在最后一步優(yōu)化中，晶格常數(shù)發(fā)生了變化，你應(yīng)該用最后一步的原子坐標(biāo)乘以最后一步的晶格常數(shù)，看看得到的是不是自洽計算的位置。...

我明白您的意思，因為我曾經(jīng)問過您這個問題，但是自洽計算的晶格常數(shù)和full-relax后的晶格常數(shù)是一樣的，那么Cr的位置應(yīng)該是（0.5 0.5 0.3353）對吧，而不是自洽中的( 0.5080391 0.5080391 0.3406890 )我不明白的是，為什么0.5的位置變成了0.5080391，這是我糊涂的地方，麻煩您了，謝謝！

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33樓2013-05-08 13:11:16

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引用回帖:

33樓: Originally posted by 劉仕晨 at 2013-05-08 13:11:16
我明白您的意思，因為我曾經(jīng)問過您這個問題，但是自洽計算的晶格常數(shù)和full-relax后的晶格常數(shù)是一樣的，那么Cr的位置應(yīng)該是（0.5 0.5 0.3353）對吧，而不是自洽中的( 0.5080391 0.5080391 0.3406890 )我不 ...

呵呵，自洽計算給出的不是分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，它的總長度不是1，而是里面的a(1)，即1.016078，所以你看看0.5080391是不是它的一半。那么化成crystal坐標(biāo)是不是就變成了0.5。

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34樓2013-05-08 14:56:14

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34樓: Originally posted by gemucai at 2013-05-08 14:56:14
呵呵，自洽計算給出的不是分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，它的總長度不是1，而是里面的a(1)，即1.016078，所以你看看0.5080391是不是它的一半。那么化成crystal坐標(biāo)是不是就變成了0.5。...

明白了，看來還是以前就沒有搞清楚，謝謝，謝謝，真不知道沒有您，這個我該怎么理解這些東西，謝謝了！

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35樓2013-05-08 20:46:54

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9樓: Originally posted by huazhorg at 2013-03-25 22:13:02
強關(guān)聯(lián)體系，最好加U，另外要開啟spin極化，無論這個體系有沒有磁性，開啟spin都不會影響其結(jié)果；相反，如果體系有磁性但沒有開啟spin的話，結(jié)果肯定就是有問題的了。所以一般spin +U就夠了。如果要用模守恒贗勢， ...

我想請教:我算了一個162個原子的LDA+U體系，可是顯示atomic wfc used for LDA+U projector are not orthogonalized是什么原因，該怎么修改？

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36樓2018-04-01 09:05:33

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