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iamback2011

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10樓: Originally posted by upc穆寧 at 2015-01-28 09:10:01
沒(méi)有...

那能不能講講你最后是怎么做的呢？？我苦惱了很久了，謝謝啦

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回復(fù)此樓

11樓2015-01-28 10:13:44

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upc穆寧

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引用回帖:

11樓: Originally posted by iamback2011 at 2015-01-28 10:13:44
那能不能講講你最后是怎么做的呢？？我苦惱了很久了，謝謝啦...

我直接放棄了

回復(fù)此樓

12樓2015-01-28 11:03:45

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12樓: Originally posted by upc穆寧 at 2015-01-28 11:03:45
我直接放棄了...

額。。。好吧，還是謝謝你能回復(fù)我

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回復(fù)此樓

13樓2015-01-28 14:33:52

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5樓: Originally posted by cg陳 at 2013-12-29 23:09:28
比如你畫(huà)好水分子比如在discover的dynamics中選擇file 然后savefile
緊接著你找到該分子的目標(biāo)文件夾（在硬盤(pán)上），里面就有個(gè).car文件你用editplus打開(kāi)編輯
剩下就是：
關(guān)于水分子的部分按照如下方式 ...

你好，我最近才開(kāi)始做水模擬，也遇到這個(gè)問(wèn)題了，我按照你的提示做了一個(gè)10個(gè)水分子的格子，修改.car文件后再把rattle語(yǔ)句加入inp文件后運(yùn)行該文件總是提示錯(cuò)誤：
Error: molGeom set: all arguments specifying distance must contain the same number of items
invoked from within
"if {$j != [object ats$i info nItems]} {
error "molGeom $geoOp: all arguments specifying $table must contain the same number of items"
      }"
("for" body line 2)
invoked from within
"for {$i = 1} {$i < $Nargs} {incr i} {
      if {$j != [object ats$i info nItems]} {
error "molGeom $geoOp: all arguments specifying $table must conta ..."
invoked from within
"if {$Nargs == 1} {
set sets [string tolower [subset get ats $args]]
database handle dbh $ats
if {$nargs > 1} {
      if {$sets != $table} {
error  ..."
(procedure "molGeom" line 93)
invoked from within
"molGeom set distance $bl $waterO $waterH2"
invoked from within
"if {$wtype == "SPC"} {
      vector bl 1.00
      vector wc -0.820
      molGeom set distance $bl $waterO $waterH1
      molGeom set distance $bl $waterO  ..."
invoked from within
"if {$type == "water"} {
#Check/set up water ff type
global env
if {[lindex $args 0] == "-waterType"} {
      if {$l < 2} {
error "rattle water: ..."
(procedure "rattle" line 48)
invoked from within
"rattle water -waterType TIP3P -tolerance 1e-4"
能不能幫我看看是什么問(wèn)題啊，為了這個(gè)問(wèn)題苦惱了很久了，謝謝啦

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回復(fù)此樓

14樓2015-03-10 11:05:39

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Sophiezx45

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引用回帖:

"然后重新打開(kāi)此文件，在此文件的基礎(chǔ)上進(jìn)行修改"具體修改什么？還有“單個(gè)水分子以END結(jié)束“中END的位置在文件的哪里？另起一行加，還是直接在rattle water - waterType SPC -tol erance l e-4后面加？

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回復(fù)此樓

15樓2015-04-13 10:04:43

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