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花神之息

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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9樓: Originally posted by Fleaves at 2014-03-30 21:24:26
還有這個(gè)基因的表達(dá)在不同的細(xì)胞和不同的時(shí)間上都是不一樣的
...

嗯，cell-type-specific and sensitive to gene microenvironment.但是做模擬不能面面俱到，只能非常粗略的簡(jiǎn)化處理。。。

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11樓2014-03-30 21:28:06

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Fleaves

至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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引用回帖:

11樓: Originally posted by 花神之息 at 2014-03-30 21:28:06
嗯，cell-type-specific and sensitive to gene microenvironment.但是做模擬不能面面俱到，只能非常粗略的簡(jiǎn)化處理。。。...

這樣的話(huà)，我覺(jué)得你最好先選定你的研究對(duì)象吧

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12樓2014-03-30 21:33:13

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liuderong

鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
花神之息: 金幣+20, ★有幫助, 3 2014-03-31 09:49:36
gyesang: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-03-31 22:17:45

如果按一個(gè)基因一個(gè)啟動(dòng)子計(jì)算，那大腸桿菌大概是4000，酵母約6000，果蠅1萬(wàn)5不到，人類(lèi)是2-3萬(wàn)，植物可能會(huì)比人類(lèi)多一點(diǎn)。不同的物種基因數(shù)不一樣的，你如果不說(shuō)明“一個(gè)細(xì)胞”是什么細(xì)胞，那就不好定了。轉(zhuǎn)錄因子和啟動(dòng)子的結(jié)合很簡(jiǎn)單，但是轉(zhuǎn)錄因子為什么和啟動(dòng)子結(jié)合就復(fù)雜的不得了，不知道你建的模型要考慮多少因素。

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13樓2014-03-30 23:25:14

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怎么都行

銀蟲(chóng) (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

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gyesang: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-03-31 22:23:11

正如樓上所說(shuō)，不同的物種基因組大小不一樣，基因的數(shù)目也就千差萬(wàn)別，真核生物基本上是每個(gè)真實(shí)表達(dá)的基因都有啟動(dòng)子區(qū)，可從該物種的表達(dá)譜倒推出有多少啟動(dòng)子，但不排除基因組中某些假基因（pseudogene）還保留著啟動(dòng)子的可能。原核生物基因數(shù)目少，甚至還有重疊基因使用基因組中同一段序列，相同的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)。所以你這個(gè)題目需要具體到物種來(lái)分析。

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14樓2014-03-31 00:48:30

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yudaoqian88

至尊木蟲(chóng) (知名作家)

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-03-31 22:23:20

做的好高級(jí)呀！比俺們天天跑膠有前途！真核生物啟動(dòng)子和基因是一一對(duì)應(yīng)的，有多少基因就有多少啟東子！原核一個(gè)啟東子對(duì)應(yīng)多條相關(guān)基因！一個(gè)細(xì)胞某一特定時(shí)刻表達(dá)的基因一般占總基因的15%左右！具體多少個(gè)基因就看什么生物了！

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特別喜歡家門(mén)口開(kāi)門(mén)的瞬間，寶寶那個(gè)高興呀，蹦蹦跳跳，好不熱鬧！

15樓2014-03-31 01:05:44

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lansong9783

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-03-31 22:23:29

你做的很有意思，但是現(xiàn)在還沒(méi)法定量說(shuō)有多少啟動(dòng)子，并且轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)核轉(zhuǎn)錄需要一些信號(hào)刺激，并且現(xiàn)在也沒(méi)法定量核內(nèi)有多少轉(zhuǎn)錄因子，而有些轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合DNA后會(huì)空間位阻影響其他轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。我不知道你怎么建立模型，怎么設(shè)定參數(shù)？

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16樓2014-03-31 03:16:58

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引用回帖:

13樓: Originally posted by liuderong at 2014-03-30 23:25:14
如果按一個(gè)基因一個(gè)啟動(dòng)子計(jì)算，那大腸桿菌大概是4000，酵母約6000，果蠅1萬(wàn)5不到，人類(lèi)是2-3萬(wàn)，植物可能會(huì)比人類(lèi)多一點(diǎn)。不同的物種基因數(shù)不一樣的，你如果不說(shuō)明“一個(gè)細(xì)胞”是什么細(xì)胞，那就不好定了。轉(zhuǎn)錄因子 ...

灰常灰常感謝這位朋友，其實(shí)我只要知道一個(gè)大概數(shù)量級(jí)就行了，比如10e-3到10e-5

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17樓2014-03-31 09:26:19

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14樓: Originally posted by 怎么都行 at 2014-03-31 00:48:30
正如樓上所說(shuō)，不同的物種基因組大小不一樣，基因的數(shù)目也就千差萬(wàn)別，真核生物基本上是每個(gè)真實(shí)表達(dá)的基因都有啟動(dòng)子區(qū)，可從該物種的表達(dá)譜倒推出有多少啟動(dòng)子，但不排除基因組中某些假基因（pseudogene）還保留著 ...

非常感謝，能得到內(nèi)行的詳細(xì)觀(guān)點(diǎn)

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18樓2014-03-31 09:28:05

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15樓: Originally posted by yudaoqian88 at 2014-03-31 01:05:44
做的好高級(jí)呀！比俺們天天跑膠有前途！真核生物啟動(dòng)子和基因是一一對(duì)應(yīng)的，有多少基因就有多少啟東子！原核一個(gè)啟東子對(duì)應(yīng)多條相關(guān)基因！一個(gè)細(xì)胞某一特定時(shí)刻表達(dá)的基因一般占總基因的15%左右！具體多少個(gè)基因就看 ...

非常感謝！問(wèn)題具體點(diǎn)是：比如人體巨噬細(xì)胞（macrophage，隨便哪一種），其中表達(dá)IL-6（白介素-6）的基因，大概是什么數(shù)量級(jí)呢？

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19樓2014-03-31 09:31:07

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biostar2009

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gyesang: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-03-31 22:23:39

你這個(gè)是生物物理學(xué)的范疇，這個(gè)已經(jīng)有一些模型。
這個(gè)我比較生疏，書(shū)也不在手邊，但是我肯定看到過(guò)
建議你去找到這本剛翻譯過(guò)來(lái)不久的《細(xì)胞的生物物理學(xué)》，里面肯定有轉(zhuǎn)錄模型
這本書(shū)的其他內(nèi)容對(duì)你應(yīng)該也有很大幫助
http://www.amazon.cn/%E7%BB%86%E ... 9%E7%90%86%E5%AD%A6

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20樓2014-03-31 09:40:18

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