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wangfei天空

銅蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 工程熱物理相關交叉領域

您好請問您計算擴散系數(shù)用的是forcite還是discover呢我已經(jīng)用sorption做完了兩種分子AB在孔隙中的吸附下面要進行AB各自擴散系數(shù)的計算現(xiàn)在正在看各個帖子學習怎樣計算擴散有幾個問題希望得到您的幫助
1.你是用的哪個進行的擴散呢？是要先吸附了再擴散，還是直接在擴散里面可以輸入A分子100個、B分子100個的等摩爾擴散呢？
2.能量最小化一般縮小5000嗎？
3.我想計算一定溫度壓力下的一個擴散系數(shù)，是否只是NPT一下就行呢？
4.你運行1.5ns總共運行了多久時間呢？
非常感謝您

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11樓2014-11-23 16:39:40

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趙紅霞

鐵桿木蟲 (著名寫手)

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專業(yè): 理論和計算化學

引用回帖:

9樓: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-11 15:33:17
您好！我最近對之前的結構又進行了1.5ns的NVT動力學，發(fā)現(xiàn)：2次重復得到的擴散系數(shù)值變化不大了，所以非常感謝您的建議！
我現(xiàn)在還想請教您的一個問題是：通過模擬得到的擴散系數(shù)值與實驗得到的擴散系數(shù)值相差20- ...

力場參數(shù)是可以修改的，關鍵你要怎么改得有依據(jù)呀，不能為了吻合實驗數(shù)據(jù)瞎改呀，模擬數(shù)據(jù)與實驗數(shù)據(jù)不吻合很正常呀，模擬中物質(zhì)所處的條件與真實實驗的條件不完全一樣

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12樓2014-11-24 08:57:11

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敏sunflower

金蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 化學反應工程

引用回帖:

11樓: Originally posted by wangfei天空 at 2014-11-23 16:39:40
您好請問您計算擴散系數(shù)用的是forcite還是discover呢我已經(jīng)用sorption做完了兩種分子AB在孔隙中的吸附下面要進行AB各自擴散系數(shù)的計算現(xiàn)在正在看各個帖子學習怎樣計算擴散有幾個問題希望得到您的幫助
...

你好！由于我做的是聚合物吸附帶苯環(huán)的較大分子，聚合物密度在1g/cm3左右，此時，用sorption模塊吸附不上去，就沒有做吸附過程。直接做的擴散，擴散模型中A、B分子的數(shù)量，是根據(jù)聚合物分子對A、B的飽和吸附量確定的。
計算擴散系數(shù)的話，forcite和discover都可以；
至于你提的第二個問題，我沒有看懂；
第三個問題，我做NPT是因為建立初始模型的密度比實驗值低很多，所以要通過NPT來增大模型密度。當密度達平衡后，還有通過NVT進行300PS的弛豫，此時能量已達到平衡，這樣就進一步用NVT，相當于收集計算擴散系數(shù)的數(shù)據(jù)；
第四個問題，我的服務器24核，使用23核進行NVT的話，總原子數(shù)7000左右，需要接近80小時；

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13樓2014-11-24 09:23:56

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敏sunflower

金蟲 (小有名氣)

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引用回帖:

12樓: Originally posted by 趙紅霞 at 2014-11-24 08:57:11
力場參數(shù)是可以修改的，關鍵你要怎么改得有依據(jù)呀，不能為了吻合實驗數(shù)據(jù)瞎改呀，模擬數(shù)據(jù)與實驗數(shù)據(jù)不吻合很正常呀，模擬中物質(zhì)所處的條件與真實實驗的條件不完全一樣...

你好，我現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)建立模型的初始密度對擴散系數(shù)影響很大�？吹胶芏辔恼律�，為防止建立初始模型時聚合物鏈段過度堆疊，將初始密度設置為遠小于實際密度的值，然后經(jīng)NPT不斷增大密度，至密度達到平衡。我在建立模型時也是這樣做的。平衡時密度比實驗值小，誤差在3%。NPT是壓力設置為1atm，即：0.0001GPa。最后算的擴散系數(shù)是實驗擴散系數(shù)的20-40倍。
但最近從新做了一下，將NPT的壓力增大為0.25GPa時，平衡密度值比實驗密度稍大，誤差也在3%。但通過這個模型計算的擴散系數(shù)與實驗值較吻合，是實驗值的10倍以內(nèi)。
我想請教你的是，我在建模型時，將NPT的壓力設置為遠大于1atm是否合理吶？

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14樓2014-11-24 09:30:51

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豆豆sk8

銀蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 化工熱力學和基礎數(shù)據(jù)

同學，請問你做聚合物的時候用到了退火么？能不能留個扣扣咨詢點問題，非常感謝啊~

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Justskate

15樓2014-12-11 11:17:56

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敏sunflower

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專業(yè): 化學反應工程

引用回帖:

15樓: Originally posted by 豆豆sk8 at 2014-12-11 11:17:56
同學，請問你做聚合物的時候用到了退火么？能不能留個扣扣咨詢點問題，非常感謝啊~

沒有用到退火，我的材料常溫下就是橡膠態(tài)的，應該用不到退火了吧？
我對退火也不是很了解，可以相互交流一下

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16樓2014-12-11 21:54:11

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Awcse

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5樓: Originally posted by lsloneil at 2014-10-01 13:25:26
聚合物中如果有孔洞的話，嚴格意義上來講粒子在孔洞中的擴散是受限的。所以會出現(xiàn)粒子長時間只在某個區(qū)域的孔洞中運動的情況，這樣的話如果你從不同的初始條件開始而采樣時間不夠長的話，采集到的MSD只是粒子在某個 ...

你好，看你做的是化學方面的計算，不知道周期性的晶體是否可以做某種離子遷移情況的模擬和計算，比如鋰電池中鋰離子的計算。我想統(tǒng)計他的MSD來表征其遷移的能力，不知道您是否有什么高見，還望不吝賜教，謝謝

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17樓2015-12-22 10:00:04

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lsloneil

專家顧問 (正式寫手)

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管轄: 分子模擬

引用回帖:

17樓: Originally posted by Awcse at 2015-12-21 14:00:04
你好，看你做的是化學方面的計算，不知道周期性的晶體是否可以做某種離子遷移情況的模擬和計算，比如鋰電池中鋰離子的計算。我想統(tǒng)計他的MSD來表征其遷移的能力，不知道您是否有什么高見，還望不吝賜教，謝謝...

可以，前提是你有合適的力場。

鋰離子在電極材料中的擴散和其他普通離子在溶液中的擴散的最大區(qū)別是：鋰離子的擴散實質(zhì)上是化學反應。在這種情況下，需要專門的力場（反應性力場或者根據(jù)量子化學計算擬合的力場）來描述鋰離子與固體里其他原子的相互作用。這方面研究肯定有人做過，請查找相關文獻具體了解。

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18樓2015-12-22 23:33:22

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Awcse

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引用回帖:

18樓: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合適的力場。

鋰離子在電極材料中的擴散和其他普通離子在溶液中的擴散的最大區(qū)別是：鋰離子的擴散實質(zhì)上是化學反應。在這種情況下，需要專門的力場（反應性力場或者根據(jù)量子化學計算擬合的力場 ...

感謝您的回復，我做的是第一性原理的vasp，模擬的體系較小，現(xiàn)在遇到了生成的數(shù)據(jù)不會處理的問題，XDATCAR保留了每一步模擬的結構我想根據(jù)這個結構的數(shù)據(jù)求出他的MSD不知道您是否知道有哪些軟件可以做這個事情

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19樓2015-12-24 08:52:46

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lsloneil

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19樓: Originally posted by Awcse at 2015-12-23 12:52:46
感謝您的回復，我做的是第一性原理的vasp，模擬的體系較小，現(xiàn)在遇到了生成的數(shù)據(jù)不會處理的問題，XDATCAR保留了每一步模擬的結構我想根據(jù)這個結構的數(shù)據(jù)求出他的MSD不知道您是否知道有哪些軟件可以做這個事情...

會編程么？如果會編程，寫個小程序讀取軌跡文件，然后計算MSD，一兩百行差不多搞定。

不會編程的話，可以借助某些MD軌跡分析代碼，比如MDAnaylisis
https://mdanalysis.googlecode.com/git/package/doc/html/index.html
可能需要翻-墻
注意MDAnalysis無法讀取VASP軌跡文件格式
https://mdanalysis.googlecode.co ... nates/init.html#id1
可能需要用個工具把你的VASP軌跡文件轉成MDAnalysis可以讀取的文件（比如xyz格式），然后調(diào)用MDAnalysis里MSD分析的模塊，這里有示例
http://www.mdanalysis.org/mdanal ... /waterdynamics.html

MDAnalysis是基于python的，使用之前要在電腦上裝python

VASP畢竟還是一個第一性原理軟件，所做的MD應該主要也是ab initio MD。ab inito MD的缺點是軌跡都很短（大多都幾十個或100個ps），所以能分析的MSD時間段并不長，充其量也就算個30-50 ps的MSD。

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20樓2015-12-24 11:14:17

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