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gulubaozi

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10樓: Originally posted by lsloneil at 2015-01-08 12:06:48
介電常數(shù)用dielectric命令，電荷在data文件里給出，或者用set命令。好好研究下manual吧。...

哎，組里沒人做計(jì)算，我一個研一的，要是沒有小木蟲，就真成了單干了。
謝謝大神！

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11樓2015-01-08 15:53:45

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樓主，經(jīng)過兩天的郁悶弄清了LAMMPS手冊中coulomb表達(dá)式及其設(shè)置使用。
coulomb力的計(jì)算公式可以參看wiki ，通過力與勢能的關(guān)系，可得到coulomb勢，與LAMMPS手冊中所用公式對比，可得手冊中的C （energy-conversion constant）實(shí)際上是wiki 中coulomb力的那個常數(shù)項(xiàng)。
蟲子cgzhang_gg在他的帖子里計(jì)算了LAMMPS中的這個C值（帖子http://www.gaoyang168.com/html/201306/6016306.html），樓主通過計(jì)算coulomb力常數(shù)項(xiàng)表達(dá)式的值，并與上值對比，確信LAMMPS手冊中所用coulomb勢公式中的C （energy-conversion constant）就是coulomb力常數(shù)項(xiàng)，而LAMMPS公式中的epsilon（其值通過dielectric command設(shè)置）僅僅是個比例常數(shù)，不具備任何物理意義。

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12樓2015-01-08 16:56:49

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huachao90

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13樓2015-01-09 00:17:09

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引用回帖:

13樓: Originally posted by huachao90 at 2015-01-08 04:17:09
追問大神一個問題，我記得水的相對介電常數(shù)是78左右，lammps里面默認(rèn)的是1，那么如果我模擬水的體系的話，需要更改介電常數(shù)為78么？非常感謝...

http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8039822&target=self&page=2

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14樓2015-01-09 00:34:52

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14樓: Originally posted by lsloneil at 2015-01-09 00:34:52
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8039822&target=self&page=2...

大神，你好！又遇到問題了，望您不吝賜教。我的代碼如下：
#initialization
units metal
boundary p p p
#atom_style atomic
atom_style charge

#simulation box definition
read_data data_charge.UO2
#read_data data.UO2

#atomic properity
mass 1 238.02891
mass 2 15.999
#set type 1 2.40
#set type 2 -1.20

variable ilat equal 5.454
lattice fcc ${ilat}
region thi block -10.0 10.0 0.0 20.0 -5.0 5.0
region tlo block -10.0 10.0 -20.0 0.0 -5.0 5.0
region tobox union 2 thi tlo
group thi region thi
group tlo region tlo

#potential
#kspace_style pppm 1.0e-2
kspace_style pppm 0.1
pair_style hybrid/overlay coul/long 11.0 buck 11.0 buck 11.0 buck 11.0 morse 11.0
pair_coeff * * coul/long
pair_coeff 1 1 buck 1 294.7593 0.327022 0.0
pair_coeff 2 2 buck 2 1633.666 0.327022 3.95063
pair_coeff 1 2 buck 3 693.9297 0.327022 0.0
pair_coeff 1 2 morse 0.57745 1.65 2.369

#setting
neighbor 10000.0 bin
neigh_modify every 1 delay 10 check yes
timestep 0.002
restart 50000 tmp*.restart
運(yùn)行的結(jié)果如下：
Reading data file ...
  orthogonal box = (-54.54 -109.08 -27.27) to (54.54 109.08 27.27)
  4 by 4 by 2 MPI processor grid
  reading atoms ...
  96000 atoms
Lattice spacing in x,y,z = 5.454 5.454 5.454
46820 atoms in group thi
46820 atoms in group tlo
PPPM initialization ...
  G vector (1/distance) = 0.23096
  grid = 45 80 27
  stencil order = 5
  estimated absolute RMS force accuracy = 0.0151343
  estimated relative force accuracy = 0.00105102
  using double precision FFTs
ERROR on proc 10: Failed to allocate 607915927176 bytes for array pppm:density_brick (../memory.cpp:45)
錯誤的原因是內(nèi)存不夠
按照手冊kspace_style 推薦 coul/long 用kspace_style pppm或ewald，（我用pppm是因?yàn)槲恼律嫌玫氖沁@個，我想先把文章的結(jié)果重復(fù)出來），可是只要我用這個命令，設(shè)置的精度稍高一些就有這種問題。這是in script的問題還是coul/long + pppm 所不可避免的問題？

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15樓2015-01-09 16:44:04

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
月只藍(lán): 應(yīng)助指數(shù)+1 2015-01-13 14:20:05
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝耐心指導(dǎo)！ 2015-01-13 14:20:13

引用回帖:

15樓: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-08 20:44:04
大神，你好！又遇到問題了，望您不吝賜教。我的代碼如下：
#initialization
units metal
boundary p p p
#atom_style atomic
atom_style charge

#simulation box definition
read_data data_charge.U ...

你的neighbor怎么設(shè)那么大？lammps 對于metal unit默認(rèn)值是2.0
http://lammps.sandia.gov/doc/neighbor.html
neighbor太大的話內(nèi)存立馬溢出。

pppm精度應(yīng)該至少1e-4

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16樓2015-01-10 09:34:07

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引用回帖:

16樓: Originally posted by lsloneil at 2015-01-10 09:34:07
你的neighbor怎么設(shè)那么大？lammps 對于metal unit默認(rèn)值是2.0
http://lammps.sandia.gov/doc/neighbor.html
neighbor太大的話內(nèi)存立馬溢出。

pppm精度應(yīng)該至少1e-4...

我是這么考慮的，coulomb勢為長程作用，單這一項(xiàng)的系數(shù)值就是40多，cutoff 取 11.0，而分母上僅僅是距離的一次方，如果neighbor不夠大，那么coulomb勢這一項(xiàng)的精度就不夠，所以就設(shè)了那么大。依大神的經(jīng)驗(yàn)，要使 neighbor 和 pppm 的精度平衡一下，neighbor 設(shè)為多少比較合適？

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17樓2015-01-10 11:23:42

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引用回帖:

17樓: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-09 15:23:42
我是這么考慮的，coulomb勢為長程作用，單這一項(xiàng)的系數(shù)值就是40多，cutoff 取 11.0，而分母上僅僅是距離的一次方，如果neighbor不夠大，那么coulomb勢這一項(xiàng)的精度就不夠，所以就設(shè)了那么大。依大神的經(jīng)驗(yàn)，要使 n ...

The neighbor list and pppm precision are not significantly correlated. Try default neighbor value first.

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18樓2015-01-10 11:55:48

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18樓: Originally posted by lsloneil at 2015-01-10 11:55:48
The neighbor list and pppm precision are not significantly correlated. Try default neighbor value first....

樓主想向大神淘些經(jīng)驗(yàn)。
用LAMMPS做模擬，需要后處理，一般有些結(jié)構(gòu)分析LAMMPS可以做，還可以借助一些軟件，還有就是自己編程。大神偏愛哪種后處理方式？

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19樓2015-01-13 11:11:02

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月只藍(lán): 金幣+10, 感謝專家指導(dǎo)！ 2015-01-13 14:20:28

引用回帖:

19樓: Originally posted by gulubaozi at 2015-01-12 15:11:02
樓主想向大神淘些經(jīng)驗(yàn)。
用LAMMPS做模擬，需要后處理，一般有些結(jié)構(gòu)分析LAMMPS可以做，還可以借助一些軟件，還有就是自己編程。大神偏愛哪種后處理方式？...

很難說，具體取決于你的需要。后處理的話其實(shí)用lammps自帶的pizza.py結(jié)合VMD，有時再用一下lammps的rerun和各種compute命令，已經(jīng)能夠處理各種文件類型轉(zhuǎn)化，計(jì)算相互作用能量，部分熱力學(xué)性質(zhì)和rdf了。如果你的分析僅局限于這些，那么把這些掌握熟就足夠了（話說把這些掌握熟也不那么容易，pizza.py和VMD我就用得不好）。

編程的好處是靈活度高，尤其是用C或fortran編程，處理數(shù)據(jù)速度比腳本語言或者matlab都快不少。像我有時要計(jì)算精度比較高的MSD（lammps自帶的計(jì)算MSD功能沒有充分利用所有數(shù)據(jù)，精度較低），這時編程的優(yōu)勢就體現(xiàn)出來了。另外如果你要做一些pizza.py和VMD不能做的分析，比如各種時間關(guān)聯(lián)函數(shù)以及一些自由能計(jì)算，這時也需要自己編程。當(dāng)然編程一開始都比較費(fèi)時，幾百行的程序有時都能debug幾天（可能我debug能力比較弱）。

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20樓2015-01-13 12:05:52

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