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felixtian

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10樓: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-11 02:29:54
我做了minimization,能量是正值，而且dynamics過程中輸出的能量也是正值。LAMMPS輸出的結(jié)果可以用lmparc.exe工具將輸出的軌跡文件轉(zhuǎn)換成arc格式，就可以用MS打開...

追問下，前面帖子里你說計(jì)算結(jié)果沒有問題是基于什么標(biāo)準(zhǔn)呢？因?yàn)槲易鲞^一個(gè)優(yōu)化測(cè)試，LAMMPS有沒有靜電力優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)是不一樣的，LAMMPS沒有靜電力優(yōu)化出來的結(jié)果和MS的結(jié)果差不多。就是LAMMPS用力場(chǎng)分配電荷計(jì)算時(shí)優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)和MS是不一樣的。這樣來說LAMMPS和MS兩個(gè)必然有個(gè)優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)是錯(cuò)的，我傾向認(rèn)為L(zhǎng)AMMPS優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)不合理。
還有，問下關(guān)于電荷的問題，我對(duì)LAMMPS對(duì)電荷處理不是很清楚，可能問題比較淺顯，望見諒。電荷在計(jì)算過程中是不變的吧，是不是要設(shè)置計(jì)算過程電荷重新平衡，電荷才會(huì)變化？最后優(yōu)化結(jié)構(gòu)的電荷我在log.lammps里沒有找到，需要在in文件加入?yún)?shù)才能輸出嗎？謝謝。

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11樓2015-11-12 09:17:26

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zs806750658

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11樓: Originally posted by felixtian at 2015-11-12 09:17:26
追問下，前面帖子里你說計(jì)算結(jié)果沒有問題是基于什么標(biāo)準(zhǔn)呢？因?yàn)槲易鲞^一個(gè)優(yōu)化測(cè)試，LAMMPS有沒有靜電力優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)是不一樣的，LAMMPS沒有靜電力優(yōu)化出來的結(jié)果和MS的結(jié)果差不多。就是LAMMPS用力場(chǎng)分配電荷計(jì) ...

Lammps在計(jì)算過程中電荷是不變的，完全按照in文件里賦予的電荷參數(shù)執(zhí)行。優(yōu)化結(jié)果不一樣可能是優(yōu)化設(shè)置不同吧，這個(gè)我沒有對(duì)比過。優(yōu)化結(jié)構(gòu)的電荷據(jù)我所知不會(huì)輸出到log.lammps. 至于查看方法，我只知道將lammps輸出的軌跡文件輸入到可視化軟件里如MS或VMD中查看。我是輸入到MS里，體系原子的電荷大小沒有變化，只是所有的電荷都是正值

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12樓2015-11-12 11:33:49

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felixtian

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12樓: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-12 11:33:49
Lammps在計(jì)算過程中電荷是不變的，完全按照in文件里賦予的電荷參數(shù)執(zhí)行。優(yōu)化結(jié)果不一樣可能是優(yōu)化設(shè)置不同吧，這個(gè)我沒有對(duì)比過。優(yōu)化結(jié)構(gòu)的電荷據(jù)我所知不會(huì)輸出到log.lammps. 至于查看方法，我只知道將lammps輸 ...

謝謝，你所說的軌跡文件是dump出來的嗎，軌跡文件是minimization還是MD計(jì)算出來的？軌跡文件如果可以用MS讀出charge的話，應(yīng)該在文件里就可以找到相應(yīng)的charge值，假設(shè)軌跡文件是文本文件的話。
MS里體系原子電荷變化有幾個(gè)可能：
1. LAMMPS計(jì)算過程中電荷變化了，正到負(fù)（不大可能），因?yàn)殡姾蓻]有平衡所以計(jì)算過程電荷應(yīng)該沒變。
2. LAMMPS計(jì)算給出的電荷在MS讀入時(shí)所有電荷都變正了，MS讀入是忽略了正負(fù)號(hào)。
3. LAMMPS計(jì)算給出的電荷沒有讀入，MS重新賦予原子電荷（不大可能），因?yàn)镸S賦予電荷不會(huì)全部都是正值。
所以最有可能的就是2. 這個(gè)有可能從軌跡文件中得到驗(yàn)證，如果軌跡文件是文本就能找出LAMMPS輸出的電荷。
現(xiàn)在我對(duì)這個(gè)short-range的ecoul一般為正值很不理解，想象下一個(gè)向NaCl的電荷點(diǎn)陣，正負(fù)電荷是距離最近的，總的能量應(yīng)該是負(fù)值才對(duì)，不知你對(duì)這個(gè)有什么好的理解。謝謝。

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13樓2015-11-12 13:51:09

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zs806750658

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13樓: Originally posted by felixtian at 2015-11-12 13:51:09
謝謝，你所說的軌跡文件是dump出來的嗎，軌跡文件是minimization還是MD計(jì)算出來的？軌跡文件如果可以用MS讀出charge的話，應(yīng)該在文件里就可以找到相應(yīng)的charge值，假設(shè)軌跡文件是文本文件的話。
MS里體系原子電荷 ...

是的，我所說的軌跡文件是MD跑完后dump出來的。我檢查了dump出的軌跡文件和其他同時(shí)輸出的文件，都沒有發(fā)現(xiàn)原子的電荷。我贊同你對(duì)MS體系電荷發(fā)生變化的第二種可能性。我對(duì)ecoul為正值也不理解，只能理解lammps運(yùn)算時(shí)是負(fù)值，但輸出時(shí)忽略了正負(fù)號(hào)。

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14樓2015-11-12 23:11:37

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felixtian

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14樓: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-12 23:11:37
是的，我所說的軌跡文件是MD跑完后dump出來的。我檢查了dump出的軌跡文件和其他同時(shí)輸出的文件，都沒有發(fā)現(xiàn)原子的電荷。我贊同你對(duì)MS體系電荷發(fā)生變化的第二種可能性。我對(duì)ecoul為正值也不理解，只能理解lammps運(yùn)算 ...

我現(xiàn)在想了下，ecoul為什么是正值也許可以從以下方式理解。正如我前面所述的NaCl電荷點(diǎn)陣分布，因?yàn)樽罱恼?fù)電荷其實(shí)在力場(chǎng)中已經(jīng)有成鍵的參數(shù)bond coeffs來描述，所以這部分吸引力在計(jì)算時(shí)就不計(jì)在內(nèi)，后面自然是從次近鄰的電荷之間的靜電力算起，次近鄰是同性電荷所以結(jié)果是能量為正值。如果把原子電荷的描述從full改成charge的話，那么最近鄰的電荷之間就是異性電荷，能量為負(fù)值，我測(cè)試過個(gè)例子，把a(bǔ)tom style從full改成charge計(jì)算出來的能量的確為負(fù)值。但是這種理解方式卻不能解釋elong有時(shí)候比ecoul絕對(duì)值大，至少NaCl應(yīng)該不能解釋，有可能一些電荷的排布方式會(huì)造成ecoul絕對(duì)值小于elong。

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15樓2015-11-16 08:55:01

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brigsun

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15樓: Originally posted by felixtian at 2015-11-16 08:55:01
我現(xiàn)在想了下，ecoul為什么是正值也許可以從以下方式理解。正如我前面所述的NaCl電荷點(diǎn)陣分布，因?yàn)樽罱恼?fù)電荷其實(shí)在力場(chǎng)中已經(jīng)有成鍵的參數(shù)bond coeffs來描述，所以這部分吸引力在計(jì)算時(shí)就不計(jì)在內(nèi)，后面 ...

你好！
我也遇到類似問題，但根據(jù)我的測(cè)試，我傾向于懷疑是lammps中special_bonds的設(shè)置問題。
默認(rèn)情況下，lammps是不計(jì)算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我懷疑這個(gè)設(shè)置MS和lammps不一樣，但因?yàn)槲也椴坏組S是如何設(shè)置的，所以我對(duì)比了不同的情況，最后發(fā)現(xiàn)，如果在lammps中不計(jì)算1-2,1-3，但計(jì)算1-4，所得到的LJ能和靜電能（Ecoul+Elong）和MS中是基本一致的。
簡(jiǎn)單來說，就是在lammmps中加一句
special_bonds lj/coul 0 0 1
但這僅限于我的case，不過我建議樓主試一下。

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16樓2015-12-16 18:20:59

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felixtian

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16樓: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好！
我也遇到類似問題，但根據(jù)我的測(cè)試，我傾向于懷疑是lammps中special_bonds的設(shè)置問題。
默認(rèn)情況下，lammps是不計(jì)算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我懷疑這個(gè)設(shè)置MS和lammps不一樣，但因?yàn)槲也?...

我不是樓主，但是很感謝你的指點(diǎn)，因?yàn)槲乙彩潜贿@個(gè)問題困擾。根據(jù)你的見解，我搜索了下，lammps論壇有帖子說使用pcff力場(chǎng)最好加入1-4pair interaction. 雖然現(xiàn)在我還沒測(cè)試1-4pairwise interaction加入后是否能與MS結(jié)果一致，我覺得應(yīng)該是你說的沒錯(cuò)了。樓主看來對(duì)分子力學(xué)方面和lammps比較了解，希望有機(jī)會(huì)能請(qǐng)教些問題，謝謝。

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17樓2015-12-18 09:17:25

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沫水a(chǎn)bc

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你可以試試write_data命令輸出當(dāng)前狀態(tài)的坐標(biāo)等，會(huì)輸出和data文件相同的格式，包括電荷

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你若盛開清風(fēng)自來

18樓2016-02-29 09:17:56

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zs806750658

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感謝回復(fù)，你的方法是正確的，lammps默認(rèn)不計(jì)算1-4原子的pairwise energy, 但是MS里面默認(rèn)是計(jì)算該能量的，至于MS如何設(shè)置，需要打開Forcite模塊下的力場(chǎng)文件，里面可以設(shè)置，見附圖。如果想關(guān)閉1-4原子的pairwise energy的計(jì)算，需要把COU_EXCLUDE_1-4后面的F改成T. 至于Discover模塊，可以在相應(yīng)模塊里面的設(shè)置中修改。

LAMMPS輸出的庫倫能為什么是正值，而MS的discover算出的庫倫能是負(fù)值

forcefield.jpg

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19樓2016-06-23 06:02:33

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同學(xué)你好，按照你的方法在in文件中添加了special_bonds lj/coul 0 0 1，但是出現(xiàn)了如下問題：ERROR on proc 1: Bond atoms 1071 1075 missing on proc 1 at step 25591 (../neigh_bond.cpp:65)，導(dǎo)致運(yùn)算無法進(jìn)行，請(qǐng)問此狀況如何解決呢，希望給與指導(dǎo)。

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20樓2016-06-24 10:06:34

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