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zhangmao511鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Gromacs里關(guān)于截?cái)喟霃降囊粋�(gè)問(wèn)題，謝謝��！ 已有1人參與
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在讀Gromacs手冊(cè)的時(shí)候，有2段話(huà)描述了截?cái)喟霃�。�?duì)這2段和rlist,rcoulomb,rvdw比較疑惑，想請(qǐng)教各位大蝦一下。 1. GROMACS employs a pair list that contains those particle pairs for which non-bonded forces must be calculated. The pair list contains atoms i, a displacement vector for atom i, and all particles j that are within rlist of this particular image of atom i. The list is updated every nstlist steps, where nstlist is typically 10. 2. In the neighbor list, all interaction pairs that fall within rlist are stored. Furthermore, the interactions between pairs that do not fall within rlist but do fall within max(rcoulomb,rvdw) are computed during NS. The forces and energy are stored separately and added to short-range forces at every time step between successive NS. If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation. 我對(duì)上面部分的理解是，兩個(gè)原子間的距離小于rlist的時(shí)候才計(jì)算這些原子之間的短程相互作用。相互作用的原子對(duì)，如果距離在rlist之內(nèi)的就被存儲(chǔ)下來(lái)，沒(méi)有落到rlist內(nèi)但是落到max(rcoulomb,rvdw)內(nèi)的，會(huì)在鄰近搜索期間被計(jì)算。 那么rlist和rcoulomb, rvdw具體是什么關(guān)系呢？？不知道能不能解釋的詳細(xì)點(diǎn)，謝謝！ 還有最后一句話(huà)，“If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation”，不怎么理解，請(qǐng)大家指教，謝謝！！ |
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awaken2013
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rlist=rc=rw的時(shí)候，你的理解完全正確。 當(dāng)rlist《rw=rc的時(shí)候，已經(jīng)是雙程截?cái)嗟母拍盍�。此時(shí)rlist內(nèi)的原子計(jì)算非鍵相互作用，如鍵角力 鍵伸縮 二面角等，短程力（但是不包括庫(kù)侖力和范德華力，這兩個(gè)力被分離出去）此時(shí)rlist的力就算完了。 （這里開(kāi)始可以?huà)侀_(kāi)rlist的概念） rc和rw是范德華力的截?cái)�，在此范圍�?nèi)的范德華力和庫(kù)侖力是短程范圍內(nèi)的力，由此計(jì)算，屬于短程力。 rlistlong一般比rw和rc大0.3.。而且在mdp中會(huì)被自動(dòng)設(shè)置為-1 自動(dòng)調(diào)整。當(dāng)兩個(gè)原子距離等于rlistlong時(shí) 短程的力被開(kāi)關(guān)函數(shù)調(diào)節(jié)為0. 在rlistlong之外的力，按照P長(zhǎng)程力計(jì)算。。 |
11樓2015-01-20 23:14:13
awaken2013
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【答案】應(yīng)助回帖
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rlist是在短程截?cái)喟虢飪?nèi) 所需要計(jì)算的非鍵相互作用。（某些力場(chǎng)排除1-4相互作用，或則按照0.5加成計(jì)算） rcoulmob是短程庫(kù)侖力截?cái)喟霃剑诖酥畠?nèi)的計(jì)算靜電力。在此之外的按照PME實(shí)空間和虛空間算 rvwd是短程范德華力的截?cái)喟霃�，在此之�?nèi)的原子對(duì)計(jì)算范德華力，在此之外的力為0 或范德華力矯正。 以上為3種不同的力的計(jì)算截?cái)唷?br /> 因?yàn)樯婕暗洁徑斜硭阉鱊S計(jì)算。 rlist=rcoulmob=rvwd 計(jì)算快，精度較高 rlist<rc/rw 計(jì)算資源高，精度更高 第三種，精度有限。因此第一種用的比較多。 |
2樓2015-01-20 00:21:05
awaken2013
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3樓2015-01-20 00:46:06
zhangmao511
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感謝你的講解。  1. 你說(shuō)rlist是是非共價(jià)鍵相互作用的截?cái)喟霃�。而非共價(jià)鍵就包括了靜電相互作用和范德華力 ，那我能理解rlist包含了rcoulmob和rvwd嗎？那既然是這樣，為什么要把rcoulmob和rvwd這個(gè)2個(gè)力單獨(dú)提出來(lái)計(jì)算呢？？謝謝 2.我是看到有不少文獻(xiàn)的method里，用的是rlist < rcoulmob = rw，而Gromacs官方的例子用的卻是rlist=rcoulmob=rvwd， 當(dāng)時(shí)我還很疑惑呢��！我這里想問(wèn)一下，為什么當(dāng)rlist < rcoulmob = rw的時(shí)候計(jì)算資源高，精度更高？？二rlist=rcoulmob=rvwd 計(jì)算快，精度較高？？ 感謝�。� |
4樓2015-01-20 09:16:17
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