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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gromacs里關(guān)于截斷半徑的一個問題，謝謝�。� 已有1人參與
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在讀Gromacs手冊的時候，有2段話描述了截斷半徑。對這2段和rlist,rcoulomb,rvdw比較疑惑，想請教各位大蝦一下。 1. GROMACS employs a pair list that contains those particle pairs for which non-bonded forces must be calculated. The pair list contains atoms i, a displacement vector for atom i, and all particles j that are within rlist of this particular image of atom i. The list is updated every nstlist steps, where nstlist is typically 10. 2. In the neighbor list, all interaction pairs that fall within rlist are stored. Furthermore, the interactions between pairs that do not fall within rlist but do fall within max(rcoulomb,rvdw) are computed during NS. The forces and energy are stored separately and added to short-range forces at every time step between successive NS. If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation. 我對上面部分的理解是，兩個原子間的距離小于rlist的時候才計算這些原子之間的短程相互作用。相互作用的原子對，如果距離在rlist之內(nèi)的就被存儲下來，沒有落到rlist內(nèi)但是落到max(rcoulomb,rvdw)內(nèi)的，會在鄰近搜索期間被計算。 那么rlist和rcoulomb, rvdw具體是什么關(guān)系呢？？不知道能不能解釋的詳細點，謝謝！ 還有最后一句話，“If rlist = max(rcoulomb,rvdw), no forces are evaluated during neighbor list generation”，不怎么理解，請大家指教，謝謝��！ |
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awaken2013
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3樓2015-01-20 00:46:06
awaken2013
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【答案】應(yīng)助回帖
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rlist是在短程截斷半斤內(nèi) 所需要計算的非鍵相互作用。（某些力場排除1-4相互作用，或則按照0.5加成計算） rcoulmob是短程庫侖力截斷半徑，在此之內(nèi)的計算靜電力。在此之外的按照PME實空間和虛空間算 rvwd是短程范德華力的截斷半徑，在此之內(nèi)的原子對計算范德華力，在此之外的力為0 或范德華力矯正。 以上為3種不同的力的計算截斷。 因為涉及到鄰近列表搜索NS計算。 rlist=rcoulmob=rvwd 計算快，精度較高 rlist<rc/rw 計算資源高，精度更高 第三種，精度有限。因此第一種用的比較多。 |
2樓2015-01-20 00:21:05
zhangmao511
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感謝你的講解。  1. 你說rlist是是非共價鍵相互作用的截斷半徑。而非共價鍵就包括了靜電相互作用和范德華力 ，那我能理解rlist包含了rcoulmob和rvwd嗎？那既然是這樣，為什么要把rcoulmob和rvwd這個2個力單獨提出來計算呢？？謝謝 2.我是看到有不少文獻的method里，用的是rlist < rcoulmob = rw，而Gromacs官方的例子用的卻是rlist=rcoulmob=rvwd， 當時我還很疑惑呢！！我這里想問一下，為什么當rlist < rcoulmob = rw的時候計算資源高，精度更高？？二rlist=rcoulmob=rvwd 計算快，精度較高？？ 感謝�。� |
4樓2015-01-20 09:16:17
awaken2013
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【答案】應(yīng)助回帖
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rlist確切的概念是鄰近列表搜索的范圍（跟cutoff的概念有點像 但又不完全一致 ，在rlist內(nèi)的原子對的力必須被每步計算 而在ns期間是保持的。為了節(jié)省計算資源 rlist外的力就不必每步計算。也就是當rlist=rw=rc時。只需要計算臨近列表內(nèi)的力即可。計算資源節(jié)省 當rw=rc》rlist時，也就是gromacs的雙程截斷，在rw和rlist間的距離是rlistlong，這范圍內(nèi)的力也是需要每步計算，當然計算資源就高了。（相比3個相等時） 當然第三種情況占用的資源和精度可想而知。 ps： 非鍵作用 可不止有三種。包括二面角 離面運動 鍵伸縮等多種勢能 [ 發(fā)自手機版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
5樓2015-01-20 09:46:30
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