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jmforever123新蟲 (初入文壇)
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[求助]
石墨烯上的水滴的模擬 已有1人參與
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本人模擬的是石墨烯表面的水分子的運(yùn)動(dòng)情況，但用vmd顯示后，石墨烯片總是破壞掉了，感覺z方向要使用非周期性邊界條件，但是水分子有長程力作業(yè)，pppm又必須使用周期性邊界條件，本人菜鳥，求大神指教。謝謝。 dimension 3 boundary p p p atom_style full read_data h2o.data pair_style hybrid lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 10.0 12.0 lj/cut 10.0 tersoff pair_coeff 1 1 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000 pair_coeff 1 2 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000 pair_coeff 2 2 lj/cut/tip4p/long 0.16275 3.16435 pair_coeff 1 3 lj/cut 0.0000 0.0000 pair_coeff 2 3 lj/cut 0.3876 3.262 pair_coeff * * tersoff SiC.tersoff NULL NULL C kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 timestep ${dt} thermo $d graphene.png |
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 材料 | 分子動(dòng)力學(xué)模擬 |
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jmforever123: 金幣+5, ★★★很有幫助 2016-06-14 15:19:55
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這里有個(gè)例子，你參考一下能用不 units metal dimension 3 boundary p p f atom_style full read_data mixed-graph-water.dat neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes # set potential function and parameters ### Create Groups ### group hy type 2 # H_water group ox type 3 # O_water set group ox charge -0.8476 #給氫 氧原子帶電 set group hy charge 0.4238 region box block INF INF INF INF INF INF units box group graphite type 1 group boxes region box ### Flexible SPC/E Potential Parameters ### ### Zhang et al., Fluid Phase Equilibria, 262 (2007) 210-216 ### ### 設(shè)置氫氧原子間的作用 pair_style hybrid/overlay rebo lj/cut/coul/long 10.0 pair_coeff * * rebo ./potential/CH.airebo C NULL NULL pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 # C-H pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.013 2.71 # C-O pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 # H-H pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0 # H-O pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.0067 3.166 # O-O bond_style harmonic bond_coeff 1 7.669 1.0 angle_style harmonic angle_coeff 1 1.829 109.47 kspace_style pppm 1.0e-5 #final npt relaxation kspace_modify slab 3.0 thermo 1 thermo_style custom step pe etotal press temp thermo_modify norm no dump myatom all custom 500 atom.dat id group slab type 1 # graphite_slab group water type 2 3 timestep 0.0001 velocity all create 10.0 482748 dist gaussian fix freaze_slab slab move linear 0.0 0.0 0.0 #This can be useful for boundary or other atoms, whose movement can influence nearby atoms. # move style args fix zwall water wall/reflect zhi EDGE # wall/reflect face arg ... keyword value ... fix 1 all nve fix 2 all temp/rescale 10 10.0 10.0 0.02 1.0 ##溫度設(shè)置為10度 # temp/rescale N Tstart Tstop window fraction fix shake_1 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 # 算法固定鍵長鍵角 化學(xué)鍵的斷裂、生成 dump 1 graphite custom 1 graphite.lammpstrj id type xs ys zs # style tol iter N constraint values constraint values dump dcd_1 all dcd 100 nve_10.dcd run 10000 write_restart restart.10.* unfix 2 unfix shake_1 undump dcd_1 fix 3 all temp/rescale 10 10.0 100.0 0.02 1.0 fix shake_2 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_2 all dcd 100 nve_10_100.dcd run 10000 write_restart restart.10_100.* unfix 3 unfix shake_2 undump dcd_2 fix 4 all temp/rescale 10 100.0 200.0 0.02 1.0 fix shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 fix shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_3 all dcd 100 nve_100_200.dcd run 10000 write_restart restart.100_200.* unfix 4 unfix shake_3 undump dcd_3 fix 5 all temp/rescale 10 200.0 298.0 0.02 1.0 fix shake_4 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_4 all dcd 100 nve_200_298.dcd run 10000 write_restart restart.200_298.* unfix 5 unfix shake_4 undump dcd_4 fix 6 all temp/rescale 10 298.0 298.0 0.02 1.0 fix shake_5 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1 dump dcd_5 all dcd 100 nve_298_298.dcd run 10000 write_restart restart.298.* |
2樓2016-06-13 19:54:50
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我覺得你可以把z方向的盒子邊長擴(kuò)大，相當(dāng)于在z方向構(gòu)建一個(gè)汽液界面。這樣就相當(dāng)于在三個(gè)方向都使用了周期性邊界條件。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
5樓2016-06-14 19:15:13
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可以的，因?yàn)楦鶕?jù)周期性邊界條件，上方擴(kuò)充之后，下方的C其實(shí)也是處于汽固界面的。這其實(shí)跟你擴(kuò)充下方是一樣的。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
7樓2016-06-15 00:08:32
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